Phantasy Garden

はじめに

これはWRF/WPSという気象解析予報モデルプログラム及びその初期化プログラムに関して、色々なトラブルに見舞われつつインストール&使用していった時の覚え書きです。

現在の利用環境は以下の通り。CentOS は Red Hat Enterprise Linux (RHEL) のクローンOSですので、RHEL互換OSではほぼ同様と考えて良いかと思います。

  • CentOS 6.6 64bit
  • WRF 3.6.1
  • WPS 3.6.1

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紙媒体での閲覧用にPDF版を作成しました。(最終更新: 2015年3月1日)

目次

はじめに

WRF/WPSのインストール

WRF/WPSの使用

はじめに

インストールに関する基礎知識

Linuxをインストール後、各種プログラムのインストールにはコマンドライン端末を使う。背景が灰色、インデント有り、コマンドラインのシンボル($、#)があれば、コマンドの実行を示す。端末の立ち上げは、スタートメニューから「アプリケーション」→「システムツール」→「端末」を実行する。

$ vi

上記のコマンドは、vi(汎用テキストエディタ)プログラムを実行する。他に、gedit、emacsなどのテキストエディタがある。マニュアルではviコマンドの実行指示があるが、各自の使いやすいエディタへ適宜読み替えること。

#        ← root権限で実行するコマンド
$        ← ユーザ権限で実行するコマンド

上記の表記の違いは、プログラムを実行する権限の違いを示している。権限の一時的な切り替えにはsuコマンドを用いる。{User_Name}は実際のユーザ名に読み替えること。

$ su {User_Name}
$ exit
$ su -
#

コマンドオプションにハイフンを用いると、そのユーザでのログインを行う。用いない場合、権限のみの変更となる。またユーザ名を省略するとrootでのログインを試す。ユーザの一時切り替えを終わるには、exitコマンドを用いる。

各プログラムをインストールするための圧縮ファイルは、/tmpにダウンロードされていると仮定する。他のディレクトリにダウンロードしてある場合は、mvコマンド等を用いて/tmpに移動しておくことを勧める。

コード表記のうち、ダブルスラッシュ(//)で始まる行は解説のためのもので、実際に記述する必要はない。

各種インストールの事前準備

はじめに、WRF/WPSを使用するためのプログラムをインストールするために、開発ツールやライブラリが必要となる。以降のインストールにおける依存性を解決するソフトウェアをインストールしておく。

CentOSではいくつかの開発ツール、ライブラリが外部リポジトリから持ってくる必要がある。具体的にはepelリポジトリ。管理ツールをインストールする前に、外部リポジトリを認識させる。

CentOS 6(64bit版)のEPELリポジトリをyum(ソフトウェアマネージャ)からインストールする。

# yum install epel-release

yumのgroupinstall機能で、開発ツール・ライブラリをまとめてインストールしておく。

# yum groupinstall "development tools"

グループインストールされない開発ライブラリをyumのinstall機能で個別に追加する。

# yum install jasper-devel
# yum install hdf5-devel hdf5-static
# yum install netcdf-devel netcdf-static
# yum install ncview
# yum install ncl-devel
# yum install openmpi-devel

MPI設定

WRFをマルチプロセッサで走らせるため、OpenMPIの設定を行う。ユーザ権限に移動し、環境設定を記述しておく。

$ vi ~/.bashrc
// ---------------- Add to end of the file ----------------
# OpenMPI
export MPI="/usr/lib64/openmpi"
export PATH="$PATH:$MPI/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:$MPI/lib"

編集が終わったら、環境設定を有効にする。

$ . ~/.bashrc

WRF/WPSをインストール

WRF 3.6.1

WRF: Weather Research and Forecasting Model(気象解析予報モデル)。気象シミュレーション解析プログラムの一種。WRF Downloadからダウンロード可能だが、ダウンロードにはユーザ登録が必要。

WRFはユーザ権限でインストールする。インストール設定のために、環境設定を記述しておく。

$ cd ~
$ vi ~/.bashrc
// ---------------- Add to end of the file ----------------
# WRF
export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1

編集が終わったら、環境設定を有効にする。

$ . ~/.bashrc

mkdirでWRF用のディレクトリを作成する。圧縮ファイルを解凍。

$ mkdir ~/Model
$ cd ~/Model
$ tar zxvf /tmp/WRFV3.6.1.TAR.gz

修正パッチを適用する。修正点は次のとおり。

$ patch -p0 < /tmp/WRFV3.6.1.patch
  • 2015/03/01までに公開されたKnown Problemsのbugfix

WRFV3内に移動。NetCDFのシンボリックリンクを作成する。

$ cd WRFV3
$ mkdir netcdf_links
$ ln -s /usr/include netcdf_links/include
$ ln -s /usr/lib64 netcdf_links/lib

configureを実行する。netcdf_links利用にyと入力。設定は34(x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc (dmpar))を採用。ネスティング設定は1のbasicを採用。configureが終了したらログをとりつつ、コンパイル。

$ ./configure
$ ./compile em_real > log 2>&1

mainディレクトリにndown.exe、real.exe、wrf.exeが作成されていればコンパイル成功。

WPS 3.6.1

WPS: WRF Preprocessing Systemの略。WRFの前処理プログラム。WRF DownloadのページからWPSをダウンロードする。また地理データ(geog_complete.tar.bz2)もダウンロードすること。

$ cd ~/Model
$ tar zxvf /tmp/WPSV3.6.1.TAR.gz
$ mkdir GEOG
$ tar jxvf /tmp/geog_complete.tar.bz2 -C GEOG

WRF同様、修正パッチを適用する。修正点は次のとおり。

$ patch -p0 < /tmp/WPSV3.6.1.patch
  • arch/configure.defaults コンパイル設定修正
  • arch/preamble ライブラリ設定修正

WPS内へ移動。NetCDFのシンボリックリンクを作成する。

$ cd WPS
$ mkdir netcdf_links
$ ln -s /usr/include netcdf_links/include
$ ln -s /usr/lib64 netcdf_links/lib

configureで設定。netcdf_links利用にyと入力。設定モードは3(Linux x86_64, gfortran (dmpar))を選択する。設定後、コンパイルを実行。

$ ./configure
$ ./compile > log 2>&1

geogrid.exe、ungrib.exe、metgrid.exeの3つが出力されていればコンパイル完了。

ARWpost 3.1

ARWpost: WRFで出力したNetCDFファイルを可視化するために用いる。ここではGrADSで読み込むことを想定している。NetCDF出力のままで充分であれば、インストールする必要はない。

WRF DownloadからARWpostをダウンロードする。解凍後、ディレクトリへ移動。

$ cd ~/Model
$ tar zxvf /tmp/ARWpost.tar.gz

修正パッチをあてる。修正点は次のとおり。

$ patch -p0 < /tmp/ARWpost_V3.patch
  • src/Makefile ライブラリ設定修正
  • src/input_module.f90 2D配列処理バグ修正。

2D配列処理バグ修正は本サイト独自のパッチだが、この修正がない場合、gfortranではmemory corruptionを引き起こす。一通り修正コードは確認しているが、パッチの正当性は保証されない。

ARWpost内へ移動後、NetCDFのシンボリックリンクを作成する。

$ cd ARWpost
$ mkdir netcdf_links
$ ln -s /usr/include netcdf_links/include
$ ln -s /usr/lib64 netcdf_links/lib

configureで設定。netcdf_links利用にyと入力。設定モードは3(PC Linux i486 i586 i686 x86_64, gfortran compiler)を選択。設定後、コンパイルを実行。

$ ./configure
$ ./compile > log 2>&1

ARWpost.exeが出力されていればコンパイル完了。

WRF/WPSの使用

WPSラン

WPSを使うにはFNLデータを必要とする。WRF Downloadにある「WPS test data」(avn_data.tar.gz)をダウンロードし、適当なディレクトリを作成して解凍。

$ cd ~/Model
$ mkdir -p FNL/sample
$ tar zxvf /tmp/avn_data.tar.gz -C FNL/sample

ここではテスト用として配布されているFNLデータを用いるが、UCARのサイトで配布されているNCEP FNL Operational Model Global Tropospheric Analysesから実用的なFNLデータをダウンロードできる。ダウンロードにはユーザ登録が必要である。まずWPSディレクトリへ移動。

$ cd ~/Model/WPS

FNLデータへのリンク、及びVtableへのリンクを作成する。

$ ./link_grib.csh ../FNL/sample/*
$ ln -sf ungrib/Variable_Tables/Vtable.GFS Vtable

WPSの各プログラムを実行する際に必要となる設定ファイルを記述する。

$ vi namelist.wps
// ---------- Edit the file ----------
&share
 wrf_core          = 'ARW',
 max_dom           = 2,
 start_date        = '2000-01-24_12:00:00', '2000-01-24_12:00:00',
 end_date          = '2000-01-25_00:00:00', '2000-01-25_00:00:00',
 interval_seconds  = 21600,
 io_form_geogrid   = 2,
/

&geogrid
 parent_id              = 1,1,
 parent_grid_ratio      = 1,5,
 i_parent_start         = 1,30,
 j_parent_start         = 1,30,
 e_we                   = 100,201,
 e_sn                   = 100,201,
geog_data_res           = '10m','2m',
 dx                     = 10000,
 dy                     = 10000,
 map_proj               = 'mercator',
 ref_lat                =  33.00,
 ref_lon                = 131.00,
 truelat1               =  33.00,
 truelat2               =   0.00,
 stand_lon              = 131.00,
 geog_data_path         = '../GEOG',
 ref_x                  = 50.0,
 ref_y                  = 50.0,
/

&ungrib
 out_format  = 'WPS',
 prefix      = 'FILE',
/

&metgrid
 fg_name          = 'FILE',
 io_form_metgrid  = 2,
/

geogrid.exe、ungrib.exe、metgrid.exeの順にプログラムを実行する。

$ ./geogrid.exe
$ ./ungrib.exe
$ ./metgrid.exe

上記3つのプログラムが成功すると、複数のncファイルが生成される。WRFのテストランを実行するディレクトリへ移動させる。

$ mv *.nc ~/Model/WRFV3/test/em_real

WRFラン

WPSで作成したテストデータを置いたディレクトリへ移動。

$ cd ~/Model/WRFV3/test/em_real

実行ディレクトリにあるnamelist.inputも編集する。

$ vi ~/Model/WRFV3/test/em_real/namelist.input
&time_control            
 run_days           = 0,
 run_hours          = 12,
 run_minutes        = 0,
 run_seconds        = 0,
 start_year         = 2000,   2000,
 start_month        = 01,     01,
 start_day          = 24,     24,
 start_hour         = 12,     12,
 start_minute       = 00,     00,
 start_second       = 00,     00,
 end_year           = 2000,   2000,
 end_month          = 01,     01,
 end_day            = 25,     25,
 end_hour           = 00,     00,
 end_minute         = 00,     00,
 end_second         = 00,     00,
 interval_seconds   = 21600,
 input_from_file    = .true., .true.,
 history_interval   = 180,    60,
 frames_per_outfile = 1000,   1000,
 restart            = .false.,
 restart_interval   = 5000,
 io_form_history    = 2,
 io_form_restart    = 2,
 io_form_input      = 2,
 io_form_boundary   = 2,
 debug_level        = 0,
/

&domains
 time_step                   = 60,
 time_step_fract_num         = 0,
 time_step_fract_den         = 1,
 max_dom                     = 2,
 e_we                        = 100,     201
 e_sn                        = 100,     201,
 e_vert                      = 30,      30,
 p_top_requested             = 5000,
 num_metgrid_levels          = 27,
 num_metgrid_soil_levels     = 2,
 dx                          = 10000,   2000,
 dy                          = 10000,   2000,
 grid_id                     = 1,       2,
 parent_id                   = 0,       1,
 i_parent_start              = 1,       30,
 j_parent_start              = 1,       30,
 parent_grid_ratio           = 1,       5,
 parent_time_step_ratio      = 1,       5,
 feedback                    = 1,
 smooth_option               = 0,
/

&physics                 
 mp_physics               = 3,       3,
 ra_lw_physics            = 1,       1,
 ra_sw_physics            = 1,       1,
 radt                     = 30,      30,
 sf_sfclay_physics        = 2,       2,
 sf_surface_physics       = 2,       2,
 bl_pbl_physics           = 2,       2,
 bldt                     = 0,       0,
 cu_physics               = 1,       0,
 cudt                     = 10,      10,
 isfflx                   = 1,
 ifsnow                   = 1,
 icloud                   = 1,
 surface_input_source     = 1,
 num_soil_layers          = 4,
 sf_urban_physics         = 0,       0,
 mp_zero_out              = 2,
 mp_zero_out_thresh       = 1.e-8,
/

&fdda                    
/

&dynamics                
 w_damping           = 0,
 diff_opt            = 0,
 km_opt              = 1,
 diff_6th_opt        = 0,       0,
 diff_6th_factor     = 0.12,    0.12,
 base_temp           = 290.,
 damp_opt            = 0,
 zdamp               = 5000.,   5000.,
 dampcoef            = 0.2,     0.2,
 khdif               = 0,       0,
 kvdif               = 0,       0,
 non_hydrostatic     = .false.,  .true.,
 moist_adv_opt       = 1,       1,
 scalar_adv_opt      = 1,       1,
/

&bdy_control             
 spec_bdy_width = 5,
 spec_zone      = 1,
 relax_zone     = 4,
 specified      = .true.,  .false.,
 nested         = .false., .true.,
/

&grib2                   
/

&namelist_quilt          
 nio_tasks_per_group = 0,
 nio_groups          = 1,
/

初期値・境界値データを作成する。スタックサイズに制限がある場合はreal.exeを実行する前にスタックサイズを無制限にしておく。mpirunでプロセス数を指定して実行。

$ ulimit -s unlimited
$ mpirun -np 4 ./real.exe

初期値・境界値データがwrfbdy、wrfinputというファイルで作成される。MPIを使ったランではエラーやメッセージ等の出力は同階層にrsl.*ファイルに出力されているので、確認したい場合はそれらのファイルを参照すること。この後、wrf.exeを実行してシミュレーションを行う。

$ mpirun -np 4 ./wrf.exe

WRFの実行は時間がかかる。CPUプロセスに余裕をもてる時に実行するのが望ましい。計算範囲やタイムステップによって実行時間は大きく変化する。シミュレーションが終了すると、wrfoutファイルが作成される。

ARWpostラン

WRFで作成されたファイルはNetCDFのファイル形式をとっている。この出力ファイルをGrADSで表示できるように変換する。WRFで作成したファイルをARWpostディレクトリに移動する。

$ cd ~/Model/ARWpost
$ mv ~/Model/WRFV3/test/em_real/wrfout* .

GrADS変換プログラムを走らせるために、namelist.ARWpostを編集する。

$ vi namelist.ARWpost
// ---------- Edit the file ----------
&datetime
 start_date           = '2000-01-24_12:00:00',
 end_date             = '2000-01-25_00:00:00',
 interval_seconds     = 3600,
/

&io
 input_root_name      = './wrfout_d02*'
 output_root_name     = './sample'
 plot                 = 'all_list'
 fields               = 'height,pressure,tk,tc'
 mercator_defs        = .false.
/

&interp
 interp_method = 1,
 interp_levels = 1000.,925.,850.,700.,600.,500.,400.,300.,250.,200.,150.,100.,
/

編集が終了したら、変換プログラムを走らせる。

$ ./ARWpost.exe

出力が完了すると、GrADS形式のsample.ctlとsample.datが作成される。GrADSを起動し、出力を確認する。

$ grads
ga-> open sample.ctl
ga-> set t 10
ga-> d t2
ga-> d skip(u10,10,10);v10

設定通りに行うと、以下のような画像が出力される。

WRF出力サンプル画像1

Comment

Commented by daydreamer 2008-09-27 11:46:31

はじめまして。daydreamerと申します。いつもHP楽しませてもらってます。大学院生活とはいろいろ大変なんだな、遊びも研究も精力的に取り組んでいらっしゃるなと感心しています。最近は御巫さんの撮る水中写真に癒されてます。私はダイビングはしたことはありませんが、シュノーケルで沖縄県の瀬底には潜ったことがあります。HPで写真を拝見する度に、その当時のことを思い出してリラックスさせてもらってます。 
 さて私は気象学に興味があって、以前からWRF/WPSやGrADSのインストールを御巫さんのHP記述を読みながらやっていました。OSはVine Linux 4.2を使っています。しかしあまりコンピュータに詳しくありません。最近新しいPCを買ったので、それにGrADSやWRF/WPSをインストールしようとしています。そこでトラブルに見舞われたので、こうして質問を出すことにしました。

  2008年5月24日更新のWRF/WPSユーザガイドのうち、以下の項目は無事インストールが完了しました。
 # Intel C/C++ Compiler 10.1
 # Intel Fortran Compiler 10.1
 
 しかしNetCDF3.6.2のインストールでつまづきました。
------------御巫さんの本文より抜粋----------------------------------------------------------
インストール先のディレクトリを作成し、インストール用スクリプトを実行する。
# mkdir -p /usr/local/netcdf-3.6.2
# sh install 
----------------------------------------------------------------------------------

 上記のところまではやったのですが、以下のようなエラーが出ました。
 
------------------エラーの内容------------------------------------------------------------------
configure: netCDF 3.6.2
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
configure: checking user options
checking whether CXX is set to ''... no
checking whether FC is set to ''... no
checking whether F90 is set to ''... no
checking whether documentation is to be installed... no
checking whether Fortran compiler(s) should be tested during configure... yes
checking whether configure should try to set compiler flags... yes
checking whether FFIO will be used... no
checking whether to skip C++, F77, or F90 APIs if compiler is broken... yes
checking whether only the C library is desired... no
checking whether examples should be built... yes
checking whether F77 API is desired... yes
checking whether F90 API is desired... yes
checking whether fortran type sizes should be checked... yes
checking whether C API is desired... yes
checking where to get netCDF C-only library for separate fortran libraries...
checking whether CXX API is desired... yes
checking whether v2 netCDF API should be built... yes
checking whether the ncgen/ncdump should be built... yes
checking whether large file (> 2GB) tests should be run... no
checking whether extreme numbers should be used in tests... yes
checking where to put large temp files if large file tests are run... .
checking whether a win32 DLL is desired... no
checking whether separate fortran libs are desired... no
configure: finding C compiler
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲット `test' を make するルールがありません。中止。
make: `install' に対して行うべき事はありません。
------------------------------------------------------------------------------------------------

  これは何がいけないのでしょうか。ここで作業が止まっています。「#sh install」しても/usr/local/netcdf-3.6.2/には何もファイルやフォルダが生成されていません。
なおNetCDFはヴァージョンが4.0に上がっているようですが、御巫さんのテキストに沿っ てWRF/WPSまでインストールすることを考えて、古いヴァージョンの3.6.2をインストールしようとしました。

 またGrADSも使うので、上記の段階を放棄してオプションツールのSzipもインストールしようと試みました。そこでまたエラーが出て作業が止まってしまっています。Szipのソースは以下のURLからもらってきました。
ftp://ftp.hdfgroup.org/lib-external/szip/
 作業は以下のところまでやっています。
-----------御巫さんの本文より抜粋---------------------------------------------------------------
インストール先ディレクトリを作成し、スクリプトを実行する。
# mkdir -p /usr/local/szip-2.1
# sh install
------------------------------------------------------------------------------------------------
 そうすると以下のようなエラーが出ました。

------------------------------------------------------------------------------------------------
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-pc... no
checking for config linux-gnu... found
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず、makefile も見つかりません。中止。
make: `install' に対して行うべき事はありません。
------------------------------------------------------------------------------------------------
 上記のエラー表示が出て、結局 /usr/local/szip-2.1には何もファイルが生成されませんでした。ググってみても情報はほとんどなく、困り果てています。英語は苦手なので日本語サイトしかチェックしてませんが。なおGrADSはヴァージョンが2.0に上がっているようですが、御巫さんのテキストに沿ってWRF/WPSをインストールすることを考えて、古いヴァージョン(1.9b4)をインストールしようとしました。

  周囲にこんなことを聞ける友人知人がいないので、一人悶々としています。ROM専から脱皮して、恥を忍んでお聞きします。お時間のあるときで構いませんので、お返事宜しくお願いします。

Commented by 悠 2008-09-28 14:18:48

>daydreamer氏
はじめまして。管理人の御巫 悠(みかなぎ ゆう)と申します。
旧HN「みかぐら」を御存じのようで、ようこそというのが適切かどうかは分かりませんが、ようこそ辺境のブログへいらっしゃいました。
私の趣味と暇潰しで成り立っているこのブログでお楽しみ頂いているならば、管理人として嬉しく思います。

ご質問いただいたエラーについてですが、NetCDFでは、
checking whether CXX is set to ''... no
checking whether FC is set to ''... no
checking whether F90 is set to ''... no
とあるように、環境変数の設定が行われていないようです。インストール用スクリプトにて、これらの環境変数を正しく記述しているかどうかご確認ください。
記述されているのに設定が行われないのであれば、コンパイラのインストール時のパス設定がおかしかったのかもしれません。端末にて、
# icc -v
# ifort -v
# icpc -v
などと入力し、正しくバージョン番号が返ってくることをご確認ください。

GrADSのエラーでは、
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
とあるので、Cコンパイラとして「icc」という設定を認識しているようですが、Cコンパイラが正しく機能していないよ うです。NetCDFと同様にiccのパスが通っているかどうかをご確認ください。

もし、コンパイラが動かないようでしたら、コンパイラのインストールに何か問題があったのかもしれません。問題を切り分けるために、
# icc -v
# /opt/intel/cc/10.1.015/bin/icc -v
と入力し、結果を比較してみてください。上はパス、インストールともに正しければバージョンが返ってきます。下はiccコンパイラの位置を指定し実行していますので、上で失敗し下が成功すれば、インストールに問題はなくパスの設定の問題かと 思われます。~/.bashrcに正しい記述がなされているかどうかをご確認ください。
また、~/.bashrcの記述は新しい端末ウィンドウから適用されるので、一度端末を閉じて新しいウィンドウを立ち上げてください。

どちらともバージョンが返ってこなければ 、インストールのミスの可能性があります。コンパイラをアンインストール(/opt/intel/cc/.../bin/uninstall.shをrootで実行)し、再度インストールを試みてください。

Commented by 押領司 功 2009-07-23 12:18:53

はじめまして、以下のページを参照し連絡をいたしました。
http://www.spherewind.com/id-1174316400.html
「G2clib 1.1.8」ライブラリを入手しようとしたところ、リンクされているページでは「G2clib 1.1.9」しか入手できませんでした。(色々と探してみたのですが・・・)しかたないので、「G2clib 1.1.9」にてmakefileの変更を行ってみたのですが、makeした時に・・・
[root@localhost g2clib-1.1.9]# make
icc -c -I/usr/include -DUSE_JPEG2000 -DUSE_PNG gridtemplates.c
make: execvp: icc: ディレクトリではありません
make: *** [libgrib2c.a(gridtemplates.o)] エラー 127
というメッセージが出てしまいます。
「G2clib 1.1.9」ではダメなのでしょうか?
というか・・・この問題の解決方法を教えてもらえませんか?

Commented by 悠 2009-07-23 19:39:42

>押領司 功氏
はじめまして。

ご質問の件ですが、こちらの環境(ガイドに沿ってIntelコンパイラ、NetCDF等全てコンパイル済み)ではG2clib-1.1.8、G2clib-1.1.9ともにコンパイルできることを確認しました。
同様の事例がないか検索してみたところ、iccへのパスが通っていないのではないかと推測されます。
# icc -v
として、iccのバージョン表示が行われるかどうかを確認してみてください。

Commented by 功 2009-07-23 22:36:18

早々の連絡有難うございます。
教えて頂いたとおり、以下を実行したところ・・・
[root@localhost ***]# icc -v
bash: icc: command not found
と言う結果でした・・・
事前作業の「# yum install csh」が影響することはないのでしょうか??
Linuxを扱い始めて、まだ一月位しかないもので・・・申し訳ありません。

Commented by 功 2009-07-23 23:33:37

申し訳ありません。
再度、設定内容を確認しなおしたところ、私の間違いを発見しました。
「g2clib-1.1.9」が make できました。
悠さんの指摘どおり、iccへのパスの通し方が間違っていたようです。
本当に申し訳ありません。
引き続きGrADSの作業に入りたいと思います。
ちなみに、GrADSは「a6」の最新でも大丈夫でしょうか?
もう一つ質問・・・WRFのバージョンは何故「3.1」ではないのですか?

Commented by 功 2009-07-24 09:59:59

お忙しいところ、何度も何度もすいません 
GrADSの作業に入ったところ・・・以下のような結果となりました。

gxdxwd.c(16): catastrophic error: could not open source file "X11/Xmu/WinUtil.h"
#include

この source file は、どの様に入手・・・? すればよいのでしょうか??
悲劇的な状況でしょうか??

念のため、install.sh を実行した後の様子も以下につけました。
ホントに何度も申し訳ありません。お時間の許す限りで構いませんので御教授下さい。
*****************************************
[root@localhost grads-2.0.a5]# sh grads-2.0.a5.sh
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no

Checking for programs
------------------
checking for gawk... (cached) gawk
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether icc accepts -g... yes
checking for icc option to accept ISO C89... none needed
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether icpc accepts -g... yes
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether ln -s works... yes

Setting host specific options
-------------------------
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
Host machine: i686-pc-linux-gnu

Checking system libraries, headers, and compiler features
-----------------------------------------
checking for cos in -lm... yes
checking how to run the C preprocessor... icc -E
checking for X... libraries , headers
checking for gethostbyname... yes
checking for connect... yes
checking for remove... yes
checking for shmat... yes
checking for IceConnectionNumber in -lICE... yes

checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking malloc.h usability... yes
checking malloc.h presence... yes
checking for malloc.h... yes
checking sys/file.h usability... yes
checking sys/file.h presence... yes
checking for sys/file.h... yes
checking for unistd.h... (cached) yes

checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking whether byte ordering is bigendian... no
checking for strtod... yes
checking for off_t... yes
checking for special C compiler options needed for large files... no
checking for _FILE_OFFSET_BITS value needed for large files... 64
checking for _LARGEFILE_SOURCE value needed for large files... no

Checking for optional feature support
------------------------------------
checking for supplibs directory... not found
checking whether to use dynamic linking... yes (Warning: binaries may not be suitable for distribution)

Checking for libraries to support GUI interface ...
checking for main in -lXext... yes
checking for main in -lXt... no
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes
checking for XAW7... no
checking for main in -lXt... (cached) no
- GUI disabled


Checking in system locations for libraries to support command line editing ...
checking for a readline compatible library... -lreadline
checking readline.h usability... no
checking readline.h presence... no
checking for readline.h... no
checking readline/readline.h usability... yes
checking readline/readline.h presence... yes
checking for readline/readline.h... yes
checking whether readline supports history... yes
checking history.h usability... no
checking history.h presence... no
checking for history.h... no
checking readline/history.h usability... yes
checking readline/history.h presence... yes
checking for readline/history.h... yes
+ Command line editing enabled

- geotiff disabled


Checking in system locations for libraries to support printim ...
checking for GD... yes
checking gd.h usability... yes
checking gd.h presence... yes
checking for gd.h... yes
checking for gdImageCreate in -lgd... yes
checking for gdCompareInt... no
+ printim enabled


Checking in system locations for grib2 libraries ...
checking grib2.h usability... yes
checking grib2.h presence... yes
checking for grib2.h... yes
checking for main in -lgrib2c... yes
checking for main in -lpng12... yes
checking for main in -lz... yes
checking for main in -ljasper... yes
+ grib2 enabled


Checking in system locations for libraries to support hdf ...
checking udunits.h usability... yes
checking udunits.h presence... yes
checking for udunits.h... yes
checking for utInit in -ludunits... yes
checking for SZ_BufftoBuffCompress in -lsz... yes
checking for deflate in -lz... yes
checking for jpeg_start_compress in -ljpeg... yes
checking for Hopen in -ldf... yes
checking for SDstart in -lmfhdf... yes
checking for mfhdf.h with compiler... yes
checking for mfhdf.h with preprocessor... yes
checking for sd_ncopen... yes
checking hdf4_netcdf.h usability... yes
checking hdf4_netcdf.h presence... yes
checking for hdf4_netcdf.h... yes
checking for netcdf.h with compiler... yes
checking for netcdf.h with preprocessor... yes
+ hdf4 enabled


Checking in system locations for libraries to support netcdf ...
checking for udunits.h... (cached) yes
checking for utInit in -ludunits... (cached) yes
configure: searching netcdf includes in
checking for netcdf.h with compiler... yes
checking for netcdf.h with preprocessor... yes
checking for netcdf 3 interface... yes
+ netcdf enabled


Checking in system locations for libraries to support OPeNDAP access ...
checking for udunits.h... (cached) yes
checking for utInit in -ludunits... (cached) yes
checking for NC_DAP... no
checking for opendap-config... no
checking for ncdap-config... no
checking DODS specific root... disabled
checking for DAP... no
checking for DAP_CLIENT... no
checking for DAP_SERVER... no
checking for dap-config... no
checking for libdap version >= 3.5.0... no
configure: The dap-config script could not be found.
checking for opendap-config... no
checking for libdap with opendap-config... no
checking for ncdap-config... (cached) no
checking for libnc-dap version >= 3.5.0... no
configure: The ncdap-config script could not be found.
checking for libnc-dap with opendap-config... no
checking for netcdf.h with compiler... yes
checking for netcdf.h with preprocessor... yes
checking gadap.h usability... no
checking gadap.h presence... no
checking for gadap.h... no
- gradsdap (OPeNDAP/netCDF) build disabled

+=========================================================================+
GrADS 2.0.a5 : Built Fri Jul 24 09:19:43 JST 2009 for i686-pc-linux-gnu
+=========================================================================+

+----------------------------------+
| |
| Configuration Summary |
| |
| + readline enabled |
| + printim enabled |
| + netcdf enabled |
| + hdf4 enabled |
| + grib2 enabled |
| - geotiff disabled |
| - GUI disabled |
| |
| Build Summary |
| |
| + grads enabled |
| - gradsdap (OPeNDAP) disabled |
| |
| + Dynamic linking enabled |
| |
+----------------------------------+
configure: creating src/VERSION
configure: creating src/buildinfo.h
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile
config.status: creating src/Makefile
config.status: creating src/config.h

Run 'make && make install' to build GrADS.
Executables will be installed to bin/ in current dir, unless prefix was specified.

Making all in src
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' に入ります
make all-am
make[2]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' に入ります
icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include -I/usr/local/szip-2.1/include -I/usr/local/hdf-4.2r4/include -I/usr/local/udunits-1.12.9/include -I/usr/local/g2clib-1.1.9 -O2 -rdynamic -c gxdxwd.c
gxdxwd.c(16): catastrophic error: could not open source file "X11/Xmu/WinUtil.h"
#include
^

compilation aborted for gxdxwd.c (code 4)
make[2]: *** [gxdxwd.o] エラー 4
make[2]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' から出ます
make[1]: *** [all] エラー 2
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' から出ます
make: *** [all-recursive] エラー 1
Making install in src
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' に入ります
icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include -I/usr/local/szip-2.1/include -I/usr/local/hdf-4.2r4/include -I/usr/local/udunits-1.12.9/include -I/usr/local/g2clib-1.1.9 -O2 -rdynamic -c gxdxwd.c
gxdxwd.c(16): catastrophic error: could not open source file "X11/Xmu/WinUtil.h"
#include
^

compilation aborted for gxdxwd.c (code 4)
make[1]: *** [gxdxwd.o] エラー 4
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' から出ます
make: *** [install-recursive] エラー 1
*****************************************

Commented by 悠 2009-07-24 16:29:17

>功氏
iccのほうは通ったようで、何よりです。

GrADSのコンパイルエラーですが、”X11/Xmu/WinUtil.h”というファイルがない、というものですね。
これはコンパイルで読み込まれるヘッダファイルが足りてないということです。
# yum install libXmu-devel
で、X開発ライブラリを導入してみてください。/usr/include/X11/Xmu/WinUtil.h にファイルがインストールされるかと思います。

他、開発ライブラリが足りないという場合もあるかと思いますが、グループインストールである程度必要な環境をまとめてインストールしておくと早いかと。
# yum groupinstall "X software development"

ちなみに、こちらの環境ではGrADS-2.0.a6もコンパイルと動作を確認しました。使い込んでいませんので細かな動作の差異はあるかもしれませんが、基本的に同じように扱えると思います。
WRFの3.1についてですが、現在WRF 2.2.1を使用中ですので、環境を一新する機会がなくインストールも行っておりません。おおよそ春頃に環境を更新していますので、申し訳ありませんが次の更新をお待ち下さい。

Commented by 功 2009-07-24 21:26:57

またまた、早々の回答を有難うございます。
早速、今から試してみます。 悠さん、今の私にとって神様のような存在です!! 貴重な時間を使わせてしまい申し訳ありません。

Commented by 功 2009-07-27 12:52:51

お世話になってます。
X開発ライブラリ等を導入し、「GrADS-2.0.a5」のインストールに成功したようです。
ありがとうございました。

しかしながらWRFV2,WPSをそれぞれインストールし、WRF2GrADSをサイト上で探したところ見当たらず、ためしにARWpost2.1(現在、WRF2GrADSに変わるもの?)を導入してみました。namelist.ARWpostを編集し、実行しようとしたところ、どうもWRFV2、WPSの出力結果「wrfout」を読み込みできないようでした。
やっぱり、「WRF2GrADS」じゃないとダメなのでしょうか??
そもそも私がインストールしたARWpostはconfigure.arwpというファイルの27行目に
「WRF_DIR = ../WRFV3」なーんて書かれてますし・・・
・・・ここを「../WRFV2」と無理矢理に編集し実行したのですが・・・

ちなみに、WRF3.1を導入しようとした場合、このページに書かれている設定方法とは大きく異なってくるのでしょうか? 他に必要なライブラリ等が多くあるのでしょうか?

ホントに何度も申し訳ありません!!

以下、実行結果
#################################################
・・・最新ARWpostの結果・・・
[XXXX@localhost ARWpost2.1]$ ./ARWpost.exe
!!!!!!!!!!!!!!!!
ARWpost v2.1
!!!!!!!!!!!!!!!!

FOUND the following input files:
/home/XXXX/WRF2.1/2002.1.21_data/wrfout_d02_2002-01-21_06

Error: No valid value for io_form_input was specified in the namelist.
Valid io_form_input values are:
#######################################################

・・・一つ古いARWpostの結果・・・
[XXXX@localhost ARWpost]$ ./ARWpost.exe

!!!!!!!!!!!!!!!!
ARWpost v2.1
!!!!!!!!!!!!!!!!

FOUND the following input files:
/home/XXXX/WRF2.1/2002.1.21_data/wrfout_d02_2002-01-21_06

START PROCESSING DATA
Interpolating to PRESSURE levels


Processing time --- 2002-01-20_18:00:00
Found 2002-01-21_06:00:00
Date is close enough - continue
forrtl: severe (66): output statement overflows record, unit 11, file /home/XXXX/WRF2.1/ARWpost/2002_01_21_06.dat
Image PC Routine Line Source
ARWpost.exe 081CDEFD Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 081CCCF5 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0818B3D8 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 08140EC9 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0814085B Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0816F3EE Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0816D077 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0805851E Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 08061720 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0806000C Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0804B780 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0804A191 Unknown Unknown Unknown
libc.so.6 006436E5 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0804A0A1 Unknown Unknown Unknown
####################################################

Commented by 悠 2009-07-27 20:13:45

>功氏
こちらでも確認してみました。今はARWpostというのが、wrf2vis5dとwrf2gradsの代替プログラムとなっているようですね。
本記事中からリンクされているDownloadページではARWpostのバージョン1.0が説明されているので、バージョン2以降はWRF V3以降と対応していると考えられます。

一応、”Convert WRF model output in netCDF to GrADS format”というリンクでWRF2GrADSがダウンロードできるようなので、そちらをお試しになってみて下さい。

Commented by 功 2009-07-28 22:56:02

WRF2GrADSを本日入手し、Installしました。
後は、使い方を覚えて・・・!? 頑張ります。

今日は、NCL/NCARG の入手 Install にチャレンジしてみました。
・・・つまづきました・・・悔しいのでまた明日チャレンジします。・・・

有難うございました。

Commented by 功 2009-08-07 11:59:56

こんにちは・・・またお世話になりたくて・・・
現在、RIP4.5のインストールを試みております。
進めていく中で、NCL/NCARG も完全にインストールできていないことが判明しました。
NCL/NCARGのバージョンは5.1.1でやったのですが、できた中身をよくよく確認すると
「idt」ができていなかったり・・・
そもそも、このページの説明にある「# apt-get install ncurses ncurses-devel」
を入力すると私のFedora10では
####################################################################
[root@localhost XXXX]# apt-get install ncurses ncurses-devel
bash: apt-get: command not found
####################################################################
・・・となってしまいます。
あと、/ncl_ncarg-5.1.1/config/LINUX.INTEL 等の
### ./config/LINUX.INTEL line:24-25 の始めに記載されている
#define ArchRecLibSearch -L/usr/X11R6/lib ・・・
#define ArchRecIncSearch -I/usr/X11R6/include・・・
そもそも、この「/usr/X11R6」が存在してないことに気がつきました。

「# apt-get install ncurses ncurses-devel」及び「/usr/X11R6」の入手設定の件で
何かアドバイス頂けると嬉しいのですが・・・

ちなみに以前、教えて頂いた
# yum install libXmu-devel
# yum groupinstall "X software development" は実行済みです。
そして、「/usr/include/X11」ディレクトリには色々なファイル入っていますが、
「/usr/lib/X11」は何も入っていません。

お盆休み開けでも結構ですので、何卒、御教授お願いします。

Commented by 悠 2009-08-08 17:30:09

>功氏
参考情報のプログラムインストールについて、現在はNCLを使用していないのでインストール情報が古くなっていることと、ディストリビューションを以前はVineで使用したのでその名残があることを申し添えておきます。

まずapt-getというのは、Debian系やVine Linuxで使われているアップデートマネージャです。Fedoraではyumがこれに該当します。
なので、Fedoraでのncursesの導入には、
# yum install ncurses ncurses-devel
とすればOKです。

/usr/X11R6については、これは古いLinux(更新の遅いVineも含まれています)のX環境において使用されていたディレクトリで、現在のFedora等では/usr下に同じように置いています。ですので、
/usr/X11R6/lib => /usr/lib
/usr/X11R6/include => /usr/include
のように読み替えてください。

FedoraでNCLを導入したことはないのでどの程度インストール情報が当てはまるのかが分かりかねますが、ifortのパス等も以前のバージョン用になっている箇所がございますので、変更の必要があります。パッチを当てる必要はないかもしれません。

Commented by 功 2009-08-08 23:11:54

御教授、有難うございます。
色々と(初心者の)質問にお付き合い頂きあり難うございます。
教えて頂いたことに関しては理解しました。 ホントにすいません!

ですが「ncl_ncarg-5.1.1」のインストールではやはり同じ状況が続いています。 所々でエラーが出ています。 ・・・とほほ、です。

明日もMy、Fedoraと格闘してみます。

Commented by ひろ 2009-12-02 19:30:59

はじめまして
すみません 教えていただきたいことがあるのですが
WRF/WPSを使用(サンプルモード)のところで
WPSを使うために「WRF Preprocessing System test data」をダウンロードして
「geogrid.exe」ー「ungrib.exe」の順番にプログラムを走らせようと思ったのですが
「ungrib.exe」を走らせると

**************************************************************************
Start_date = 2000-01-24_12:00:00 , End_date = 2000-01-25_00:00:00
output format is WPS
Path to intermediate files is ./
ERROR: Grib2 file or date problem, stopping in edition_num.
**************************************************************************

というエラーが出てしまうのですがどうしたらいいでしょうか?
お時間があれば何かアドバイスをいただいてもいいですか?

Commented by ひろ 2009-12-03 14:24:46

すいません
解決しました!

Commented by daydreamer 2010-06-03 20:57:05

管理人様、ご無沙汰しております。2010年4月26日更新分のマニュアルに沿って、インストール作業を行っていたところ、リンク切れに気づきました。Intel Compiler 非商用版のダウンロードページへのリンクが切れているようです。2010年6月3日現在、有効なアドレスは以下の通りです。

http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-development/

お時間のある折に、マニュアルを修正していただけると助かります。

P.S. Ubuntu10.04でもGrADSのインストールまでは上手くいきました。それ以降の手順はまだ試していません。

Commented by 悠 2010-06-04 19:23:20

>daydreamer氏
お久しぶりです。

ご連絡有り難うございます。修正しておきました。

Commented by jo 2010-11-17 14:56:42

はじめまして。こちらのHPを大変参考にさせていただいております。ディストリビューションはUbuntu09.10で、LINUX初心者です。
ユーザーガイドに従って、インストールをしておりますが、
HDF4.2.5とUdunits2.1.19でうまくいかず、お時間があるときに教えていただけますとありがたいです。よろしくお願いします。

icc -vではバージョン番号がでますが、Cコンパイラーが実効ファイルを作成できないようなメッセージがでます。
Udunitsで、sh install実効時のエラーは、以下です。
-----------------
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: in `/tmp/udunits-2.1.19':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず, makefile も見つかりません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.
----------------

Commented by 悠 2010-11-17 23:24:30

>jo氏
はじめまして。ようこそいらっしゃいました。

UbuntuではWRF等のインストールを行ったことがありませんが、iccがうまく動いていないのは確かなようです。
HDF及びUdunitsがインストール失敗ということですが、NetCDFはインストール完了されていますか?

ログから推測するに、iccコンパイラそのものがうまく動いてないように思えます。
この場合、良くあるのは外部の必須ライブラリが足りてない(glibc等)パターンです。Ubuntuではyumは存在しませんが、aptを使ってライブラリがインストールされていることを確認してください。

# sudo apt-get install build-essential

最新Verがインストールされていれば、外部ライブラリ等の問題はないと思います。

Commented by jo 2010-11-18 16:36:03

ご回答ありがとうございます。再度、教えていただけますでしょうか。OSを入れ直し、こちらのガイドに従って、1からやり直しました。

apt-get install build-essentialを行い、JAVA JRE5.0をインストールした状態で、
Intel C++ Composer XE for LinuxとIntel Fortran Composer XE for Linux(ともにia32)はインストールできました。

念のため、1つ前のバージョンのprofessional edition 11.1.073 ia32のインストールを試みました。
libstdc++.so.5はDebianのHPよりダウンロード、インストールしました。
しかし、glibcのカーネルバージョン及びbinutils(2.13以降)について、サポートされていないか、検出されないとのメッセージが出ました。原因がよく分からず、professional editionは諦めました(binutilsは2.20がインストールされています。glibcはglibc-doc2.10.1というものがインストールされています)。

仕方なく、Composer XEを、.bashrcに記載し、bashの実効、icc -vの実効でエラーがでないことを確認しました。

次に、netcdf3.6.3を、こちらのガイドに従って、インストールできました。.bashrcに記載し、bash実効でエラーはでていません。

今日は、szip2.1で以下のエラーが出てしまい、何かライブラリーが不足しているのかと思っています。
開発ツール/ライブラリーのインストールは、apt-get install build-essentialだけでは不十分なのでしょうか?
(途中でOpenRTM-aistというものもインストールしました)

(以下エラー)
----------------------------------------------------------------------
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-pc... no
checking for config linux-gnu... found
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず, makefile も見つかりません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.

Commented by 悠 2010-11-18 18:57:54

>jo氏
NetCDFのインストールは完了とのことなので、少なくともNetCDFのコンパイルに関するライブラリは問題ないと判断します。

とすれば、szipをコンパイルする際のチェックで引っかかると言うことなのでLDFLAGS等の環境変数がまずいんじゃないかと考えますが……。config.logはどうなっていますでしょうか?

念のため、icc及びgccのコンパイルテストは、次のようなCファイルを作ってコンパイルしてみてください。

--- test.c ---
#include <stdio.h>
int main(){
printf("OK!");
return 0;
}
--- ここまで ---

このコンパイルが問題なく終わり、端末に「OK!」と表示されればコンパイラそのものの問題ではないと思います。

Commented by jo 2010-11-19 07:55:32

ご回答ありがとうございます。お時間があるときに、教えて下さい。

上記のtest.cファイルを作成し、
icc test.cを実行しましたが、エラーも何も表示されずに、プロンプトの入力待ちになりました。
すみません。LDFLAGS等の環境変数は、初心者のため、何をみれば良いか分かりません。

Commented by jo 2010-11-19 14:56:30

度々失礼します。よろしくお願いします。

上記のtest.cを実行したところ、a.outというファイルが作成され、./a.outを実行したところ、端末に「OK!」が表示されました。コンパイルできたということかと思います。

szip-2.1のエラー時は相変わらずです。config.logの関係ありそうな部分を以下に示しました。

-----------------------
## ----------- ##
## Core tests. ##
## ----------- ##
(省略)
configure:2642: checking for gcc
configure:2669: result: icc
configure:2907: checking for C compiler version
configure:2914: icc --version >&5
./configure: line 2915: icc: command not found
configure:2917: $? = 127
configure:2924: icc -v >&5
./configure: line 2925: icc: command not found
configure:2927: $? = 127
configure:2934: icc -V >&5
./configure: line 2935: icc: command not found
configure:2937: $? = 127
configure:2960: checking for C compiler default output file name
configure:2987: icc -O2 conftest.c >&5
./configure: line 2988: icc: command not found
configure:2990: $? = 127
configure:3028: result:
configure: failed program was:
| /* confdefs.h. */
| #define PACKAGE_NAME "SZIP"
| #define PACKAGE_TARNAME "szip"
| #define PACKAGE_VERSION "2.1"
| #define PACKAGE_STRING "SZIP 2.1"
| #define PACKAGE_BUGREPORT "help@hdfgroup.org"
| #define PACKAGE "szip"
| #define VERSION "2.1"
| /* end confdefs.h. */
|
| int
| main ()
| {
|
| ;
| return 0;
| }
configure:3035: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.

Commented by 悠 2010-11-20 14:22:49

>jo氏
んー、ログを見ると、
icc: command not found
となっています。これがクサイですね。

jo氏がユーザ権限かルート権限かのどちらでszipをインストールされているかは分かりませんが、これはおそらくシェルを実行しているユーザorルートでiccのパスが通っていないと考えられます。

ソフトウェアのインストールは多くの場合ルート権限で行うので、もしユーザのみ.bashrcを書き換えているのでしたらルートにも.bashrcでiccを見えるようにしてあげてください。

# which icc
とすると、iccというコマンドがどこに配置されているか、パスが通っているかを確認できます。ユーザ、ルートでは使えるコマンドも異なるので、どちらにもコンパイラのパスを通しておくのが無難です。

Commented by jo 2010-11-24 11:13:11

悠様
ご回答ありがとうございます。
su -
which iccでは、
/opt/intel/composerxe-2011.0.084/bin/ia32/icc
と出ます。

勉強不足のため、悠様のユーザーガイドと同様の状況となるように、Fedora12に変更してみようかと思います。

Commented by jo 2010-11-25 11:27:29

悠様
申し訳ございません。度々失礼します。

Fedora12をインストールし、ライブラリーのバージョン以外はガイドに従い、GrADSの前までは順調でしたが、GrADSで以下のエラーが出ました。お時間があるときに教えて下さい。

checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no

Checking for programs
------------------
checking for gawk... (cached) gawk
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず, makefile も見つかりません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.

(config.log抜粋)
## ----------- ##
## Core tests. ##
## ----------- ##

configure:1946: checking for a BSD-compatible install
configure:2002: result: /usr/bin/install -c
configure:2013: checking whether build environment is sane
configure:2056: result: yes
configure:2084: checking for a thread-safe mkdir -p
configure:2123: result: /bin/mkdir -p
configure:2136: checking for gawk
configure:2152: found /bin/gawk
configure:2163: result: gawk
configure:2174: checking whether make sets $(MAKE)
configure:2195: result: yes
configure:2381: checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles
configure:2390: result: no
configure:2465: checking for gawk
configure:2492: result: gawk
configure:2551: checking for gcc
configure:2578: result: icc
configure:2816: checking for C compiler version
configure:2823: icc --version >&5
icc (ICC) 11.1 20100806
Copyright (C) 1985-2010 Intel Corporation. All rights reserved.

configure:2826: $? = 0
configure:2833: icc -v >&5
Version 11.1
configure:2836: $? = 0
configure:2843: icc -V >&5
Intel(R) C Compiler Professional for applications running on IA-32, Version 11.1 Build 20100806 Package ID: l_cproc_p_11.1.073
Copyright (C) 1985-2010 Intel Corporation. All rights reserved.
FOR NON-COMMERCIAL USE ONLY

configure:2846: $? = 0
configure:2869: checking for C compiler default output file name
configure:2896: icc -O2 -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include -I/usr/local/szip-2.1/include -I/usr/local/hdf-4.2.5/include -I/usr/local/udunits-2.1.19/include -I/usr/local/g2clib-1.2.1 conftest.c -lnetcdf -lsz >&5
ld: cannot find -lnetcdf
configure:2899: $? = 1
configure:2937: result:
configure: failed program was:
| /* confdefs.h. */
| #define PACKAGE_NAME "GrADS"
| #define PACKAGE_TARNAME "grads"
| #define PACKAGE_VERSION "2.0.a7.1"
| #define PACKAGE_STRING "GrADS 2.0.a7.1"
| #define PACKAGE_BUGREPORT "jma@iges.org"
| /* end confdefs.h. */
|
| int
| main ()
| {
|
| ;
| return 0;
| }
configure:2944: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.

Commented by jo 2010-11-25 16:01:03

悠様
失礼します。
些細な入力ミスで、シンボリックリンク(?:勉強不足ですみません)がうまくいっていなかったようです。無事、GrADSまでインストールできました。自己完結で申し訳ございません。
次に、WRF3.2のインストールに着手しようとしておりますが、WRFの英文ユーザーズガイドよりも、悠様のガイドでは手続きが多いようですので困惑しています。

Commented by 悠 2010-11-26 09:00:00

>jo氏
ガイドのバージョンは現在WRF3.1.1でして、これにはこのバージョン特有のTipsも含まれております。
バージョンアップによってどの程度変更があるかはまだ調査中ですが、他のソフトウェアではバージョンアップによってこのガイドの通りにインストールができないことを確認しています。

もしWRF3.2の導入を急がれるようでしたら、正規の英語版ガイドに従っていただくほうが無難かと。
来春ごろに、その時点での最新バージョンのソフトウェア導入を行う予定です。

Commented by jo 2010-11-26 15:17:14

>悠様
ご回答ありがとうございます。初心者のため、悠様のガイドに従い、WRF3.1.1をインストールします。

悠様のガイドでは、WRF-Var(WRF-DAV)をインストールしていませんが、観測データを取り込まない場合には必要ないということでしょうか。

また、WRF3.1.1と同時にリリースされたWRF-Chem3.1.1も利用したいと思っています。
v3英文ガイドを読むと、最初にWRFをuntarした後に、chem codeをWRFV3ディレクトリの中にuntarしなければならないことは分かりました。
英文ガイドでは、./configureのときに、
For WRF/Chem, do not use the shared memory OPENMP option (smpar, or dm + sm), these are not supported.
とあるのですが、
悠様のガイドのWRF3.1.1で示されているconfigure.defaultsファイルのままで大丈夫でしょうか。よろしくお願いします。

Commented by 悠 2010-11-27 00:59:16

>jo氏
このガイドでは、観測データの取り込みは考慮していません。
あくまでNCEP等のFNLデータを用い、hindcastに使うことを前提としています。
研究用に観測データの取り込み、予測を行う場合、別の手順が発生することも考えられます。
申し訳ありませんが、現状では私自身がhindcastくらいまでしか行っていないため、これ以上は保証できません。
ご了承くださいませ。

併せてWRF-Chemも、現段階ではインストールしていません。
ただし注意にあるOpenMPは現段階では利用していないため、関係ないと思われます。
こちらも私が保証できる限りではございません。

Commented by jo 2010-11-29 16:42:07

>悠様
お邪魔いたします。ご回答ありがとうございました。また、困っています。

WRF3.1.1のインストールを、悠様のガイドに従って行っておりますが、うまくいきません。
./compile em_real >& log &を実行すると、非常に長いlogファイルが作成され、runディレクトリにはwrf.exeしか生成されません。configure.wrfは、ガイド通りに編集しました。logファイルにみられるものをいくつか以下に示します。

: error #5118: ファイルの最初の文は続行していてはなりません。

io_grib_share.f90(13): error #5149: 文ラベルフィールドの不正な文字です [I]。
IMPLICIT NONE

(21): catastrophic error: errors が多すぎます。終了します。

コンパイルは io_grib_share.f90 で異常終了しました (コード 1)。
make[4]: [io_grib_share.o] エラー 1 (無視されました)

ar ru ./libio_grib_share.a io_grib_share.o get_region_center.o gridnav.o open_fi
le.o
ar: creating ./libio_grib_share.a
ar: io_grib_share.o: No such file or directory
make[4]: [thisdir_archive] エラー 1 (無視されました)

Commented by jo 2010-11-30 10:55:29

>悠様
失礼しました。再度、実行したところ、うまくいきました。
コンパイルには時間がかかるようでした(勉強不足ですみません)。
研究で忙しいなか、申し訳ございませんでした。

Commented by jo 2010-11-30 16:01:32

悠様
失礼します。いつもすみません。

WPSまでは順調にインストールできましたが、ARWpost2.2のインストールがうまくいかず、ARWpost.exeが生成されませんでした。logの最後の部分を以下に示しましたので、対処方法を教えて下さい。お願いします。

(logの最後の部分)

/bin/rm -f process_domain_module.f
/bin/rm -f ARWpost.o ARWpost.mod
/bin/cp ARWpost.f90 ARWpost.f
ifort -FR -c ARWpost.f -I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_netcdf -I/ho
me/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib_share -I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV
3/external/io_grib1 -I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_int -I/home/jo/W
RF/ARWpost/../WRFV3/inc
ARWpost.f(9): error #7002: コンパイル済みモジュールファイルを開くときのエラーで
す。INCLUDE パスを確認してください。 [GRIDINFO_MODULE]
USE gridinfo_module
-------^
ARWpost.f(11): error #7002: コンパイル済みモジュールファイルを開くときのエラーで
す。INCLUDE パスを確認してください。 [PROCESS_DOMAIN_MODULE]
USE process_domain_module
-------^
コンパイルは ARWpost.f で異常終了しました (コード 1)。
make: [ARWpost.o] エラー 1 (無視されました)
/bin/rm -f ARWpost.f
ifort -FR -o ARWpost.exe wrf_debug.o module_model_basics.o constants_module.o
gridinfo_module.o ARWpost.o input_module.o output_module.o module_map_utils.o v5
d_module.o misc_definitions_module.o module_date_pack.o module_debug.o process_d
omain_module.o queue_module.o module_get_file_names.o module_interp.o module_bas
ic_arrays.o module_diagnostics.o module_arrays.o module_pressure.o module_calc_h
eight.o module_calc_pressure.o module_calc_theta.o module_calc_tk.o module_calc_
tc.o module_calc_td.o module_calc_td2.o module_calc_rh.o module_calc_rh2.o modul
e_calc_uvmet.o module_calc_slp.o module_calc_dbz.o module_calc_cape.o module_cal
c_wdir.o module_calc_wspd.o module_calc_clfr.o \
\t\t/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/frame/module_internal_header_util.
o \
\t\t/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/frame/module_machine.o \
\t\t/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/frame/pack_utils.o \
\t\t-L/usr/local/netcdf-3.6.3/lib -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include
\
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib1 \
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_int \
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_netcdf \
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib_share \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_netcdf \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib1 \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_int \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib_share \
\t\t-lwrfio_int -lwrfio_nf -lio_grib1 -lio_grib_share -lnetcdf \
\t\t
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'ARWpost.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'v5d_module.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_interp.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_basic_arrays.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_diagnostics.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_arrays.o'
make: [ARWpost.exe] エラー 1 (無視されました)

Commented by 悠 2010-12-03 14:12:33

>jo氏
ARWpostのソースを確認してみました。
エラーの原因はモジュールのインクルード失敗によるものですが、該当するモジュールはARWpostのsrcディレクトリにある以下の二つのようです。

gridinfo_module.F90
process_domain_module.F90

おそらくこの二つを正常にコンパイルできなかったのではないでしょうか。
ログを見た限りではこの二つに関するコンパイル情報が含まれていないので、失敗の理由は分かりません。

cleanを実行した後、再度コンパイルを試してみてください。
それでも失敗する場合は、上記二つのコンパイルに何らかの問題があるものと考えられます。

Commented by jo 2010-12-07 14:22:28

>悠様
ご回答ありがとうございました。お陰様で、
ARWpostのインストールは、./cleanを実行後にうまくいきました。
ガイドに従い、WRF Portalでの操作も順調に進みました。

今回は、
sampleデータをWRFで計算する前段階で止まっています。
./real.exeを実行すると、
 bash: ./real.exe: そのようなファイルやディレクトリはありません
と出力されます。WRFがうまくインストールされていないのでしょうか?
ls -lでみると、
 real.exe -> ../../main/real.exe
ですが、runフォルダにreal.exeがあると思うのですが、関係ないでしょうか。
初心者で申し訳ございません。

*肩こり嫌ですね。私は首を回すとジャリッとします。

Commented by 悠 2010-12-08 18:34:46

>jo氏
WRFV3からreal.exe等はrunからmainへ移動していますね。
runにはシンボリックリンクのみ残っています。ガイドの説明は訂正されていませので、次の更新で修正します。

mainディレクトリにreal.exeがあるかどうかを確認してください。
もしrealやwrfといったexeファイルがなければ、WRFV3のインストールは失敗しています。

Commented by jo 2010-12-13 13:43:55

悠様
ご回答ありがとうございました。wrfのmain内に、exeファイルがなく、wrfのインストールが失敗していたようでしたので、wrfをインストールし直しました。
Portalで生成したsampleデータを移動させて、wrfを動かそうとしましたが、今回は、以下のエラーがでました。申し訳ございませんが、お時間があるときに教えて下さい。

(./real.exe実行後のエラー)
Namelist dfi_control not found in namelist.input. Using registry defaults for v
ariables in dfi_control
Namelist tc not found in namelist.input. Using registry defaults for variables
in tc
Error while reading namelist physics
Namelist scm not found in namelist.input. Using registry defaults for variables
in scm
Error while reading namelist dynamics
Are pd_moist, pd_chem, pd_tke, or pd_scalar still in your dynamics namelist?
-------------- FATAL CALLED ---------------
FATAL CALLED FROM FILE: stdin LINE: 12571
Replace them with moist_adv_opt, chem_adv_opt, tke_adv_opt and scalar_adv_opt,
respectively.
-------------------------------------------

Commented by 悠 2010-12-14 15:39:53

>jo氏
V3.1.1でのWPSとWRFでは、WPSが生成するnamelistに使用されている変数名がWRFにおいて「古い変数名」と認識されているようです。
他にも様々な理由で、WPSが自動生成したnamelistではWRFランでエラーが発生することを確認しています。

>Are pd_moist, pd_chem, pd_tke, or pd_scalar still in your dynamics namelist?
>Replace them with moist_adv_opt, chem_adv_opt, tke_adv_opt and scalar_adv_opt, respectively.

移流に関するオプション設定で旧変数名を新変数名へ変更しろという指示ですが、とりあえずテストランでは該当する変数をWPSでの設定時に削除しておくのが無難です。

これらの設定例はユーザーガイド中のWPS使用の箇所にありますで、参考にしてみて下さい。

Commented by jo 2010-12-20 12:59:08

>悠様
ご回答ありがとうございました。
Portalのnamelistで削除すべきところを、消していませんでした。
おかげさまで、悠様のガイドの最後まで実行できました!
大掃除や研究でお忙しいなか、大変ありがとうございました。

Commented by jo 2011-11-18 15:44:44

悠様

以前に質問させていただいたjoです。
大変、お忙しいなか申し訳ございませんが、
再度、教えていただけますでしょうか。
(ブログを拝見しました。御就職、おめでとうございます。)

前回までに、2010.4.26のユーザーガイドに従い、WRF3.1.1のサンプル計算の確認までは終了しております。
今回は、NCEPのNFLデータをダウンロードし、計算しようとしています。

(1)WRF計算用ディレクトリ
別のdomain内で計算/出力した*.ncと、namelist.inputを、
サンプル計算と同様に、WRFV3/test/em_real/の下に置いて、
WRFの計算を行うのでしょうか?
(2)namelist.input
サンプルをベースにnamelist.inputを作る場合、日付、時刻、全時間以外に、
物理/力学モデルの設定パラメーターの変更等、気をつけることはありますか?
(./real.exeや./wrf.exeが動かないような要素?)

よろしくお願いします。

Commented by 悠 2011-11-19 20:23:41

>jo氏
どうも、お久しぶりです。

計算のさせかたは同じです。test/em_realディレクトリにncファイルを置き、同様の手順で実行するだけです。

namelistの設定では、数値シミュレーション上妥当な値を設定する必要があります。
たとえば、空間解像度と時間解像度の関係性ですね。
これはCFL条件ともいわれ、空間解像度を細かくした場合は適宜時間解像度も細かくしないといけないというものです。

これはコメントで説明するのは難しいので、CFL条件などで検索してみてください。

もしくは、既に学術誌に掲載されている論文から、実験設定をそのまま利用してみるというのもいいと思います。

Commented by jo 2011-11-21 16:52:45

悠様
ありがとうございました。
ひとまず、サンプルデータで九州以外の地域の計算で練習してみます。
CFLは、Δx/Δtを情報伝達速度c以上にするということのようですが、いまいちcをどの程度に考えるのか分かりませんので、新たなNFLデータの計算時には、格子間隔とtime-stepの比をサンプル計算と同じようにしてみるつもりです。

Commented by 悠 2011-11-21 19:52:22

>jo氏
そうですね。色々試しながら調べるのも面白いと思います。

CFL条件は、計算する方程式系によって異なるので、一概に言えないところがあります。

たとえば非圧縮性流体の方程式系では音波(340m/s)は扱わなくてもよくなりますが、
圧縮性流体の方程式系では音波が最も高速で、CFL条件に加味されます。

※参考
http://www.eto.titech.ac.jp/contents/sub02/chapter09-1.html

気象モデルでは大気の密度を一定とすることが多いので、音波のCFL条件に合わない実験設定をしているものもあると思います。

他にも重力波、風などが比較的高速な情報伝達速度を持っています。
冬季のジェット気流の速度はおよそ200m/sに達することもあり、音速の半分程度です。

実験の空間スケールと時間スケールの参考になれば幸いです。

Commented by jo 2011-11-28 15:20:48

悠様
joです。大変お忙しいところ、お時間があればで結構ですので、教えて下さい。
FNLデータをダウンロードして計算を行うところです。
./real.exeで、num_metgrid_soil_levelsでエラーがあったので、修正し、wrfbdy,wrfinputファイルは生成できました。
./wrf.exeを実行したところ、次のエラーがでて、困っています。よろしくお願いします。

WRF V3.1.1 MODEL
*************************************
Parent domain
ids,ide,jds,jde 1 100 1 100
ims,ime,jms,jme -4 105 -4 105
ips,ipe,jps,jpe 1 100 1 100
*************************************
DYNAMICS OPTION: Eulerian Mass Coordinate
alloc_space_field: domain 1, 192793536 bytes allocated
med_initialdata_input: calling input_model_input
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 33 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
-------------- FATAL CALLED ---------------
FATAL CALLED FROM FILE: stdin LINE: 7412
module_ra_rrtm: error reading RRTM_DATA on unit 10

-------------------------------------------

Commented by 悠 2011-11-28 19:44:45

>jo氏
RRTM_DATAが読めない、というものですね。
このファイルはWRFV3/runディレクトリにあるはずです。
まずこのファイルが存在していることを確認してください。

ファイルが存在しているなら、wrf.exeはファイルの読み込みを始めます。
このファイルはソースを展開したときに配置されるもので、配布元ではビッグエンディアンで作られたようです。
(エンディアンをご存じなければ検索してみてください)

しかし、以前までリトルエンディアン形式でwrf.exeをコンパイルしていたため、読み込み時に不整合が発生します。
このため、RRTM_DATA等々、runディレクトリにある幾つかのファイルはリトルエンディアン形式に変換する必要があるのです。
新しいドキュメントからはwrf.exeをビッグエンディアンでコンパイルするようにしてあるので、不整合が発生しなくなっています。

前まではリトルエンディアンで変換したデータも配布していたのですが、サーバ容量の問題で削除しています。
runディレクトリにある*_DATAや*_DBLをリトルエンディアンに変換するか、新しいドキュメントでWRFをリコンパイルしてみてください。

Commented by jo 2011-11-28 21:04:54

悠様
ご丁寧にありがとうございました。
もう1度、endian_b2l.f90をコンパイルして対応したところ、
./wrf.exeが動いてくれました。毎回必要なのですね。。

以下、込み入ったお話で失礼かもしれませんので、お答えいただかなくても、よいのですが、、
こちらの日記を見ていると、悠様は相当数の論文や学会発表を行っているように思うのですが、学内の審査基準が厳しいのですか? というのも、分野は全く異なるのですが、来年から課程で勉強しようと思っており、参考に伺いたかったためです。

Commented by 悠 2011-11-29 20:20:44

>jo氏
runの都度というわけではないので、一度変換してしまえばOKです。

学位について、おおまかな話で良ければ。
学位審査基準は、どの大学でも論文数に関係すると思いますが、
私の場合は指導教員の意向も関係しています。
最終的に、指導教員が認めなければ学位は出ませんしね。

所属する研究室で求められる水準は個々に異なりますので、
指導教員との綿密な相談が必要だということだけ申し添えておきます。

Commented by jo 2011-11-30 17:29:01

悠様
いつもご親切にありがとうございます。
仕事との両立が大変かと思いますが、
良いD論が書けますことをお祈りいたします。
ご様子を励みにして、私も頑張ります。

Commented by th 2012-02-18 20:45:09

はじめまして
いつも楽しく拝見しております。このブログにコメントするのは
初めてですが、研究室の講習会などで非常に参考させていただいて
います。

お忙しいところ大変申し訳ございませんが、WRFver3.3のインストール
について、いくつかご質問させていただいてよろしいでしょうか。

来春から私の所属する研究室では、OSをそれまでのFedoraからCentOS6.2
に変更予定です。いま実験機に32bit版OSを入れていますが、WRFをインストールする際、netcdf-static,hdf5-static,ncl-devel,udunits-develがインストールされませんでした。最後まで入れた結果、ungrib.exe, ARWpost.exe のほかはインストールできていませんでした。前のソフトがインストールできなかったことや32bit版で行うことが影響しているのでしょうか?

Commented by 悠 2012-02-20 14:14:05

>th氏
はじめまして。
単なるメモですが、参考になれば幸いです。

WRFインストールに関して、ライブラリのインストール失敗の影響はYesです。
WRFコンパイル時に必要なライブラリがなければプログラムはコンパイルできません。

32bit版OSは64bit版OSとは全くライブラリが異なります。
前者はi686、後者はx86_64という種別になっていますし、インストール先も/usr/libか/usr/lib64かといった違いもあります。
32bit版であることは、利用するライブラリも異なることになるので、これもインストール失敗の原因と考えられます。

特にCentOSだと、アップデートのリポジトリはFedoraと異なります。
RPMForgeだけでなくEPELなどのリポジトリが必要ではないかと思います。
yum searchなどでインストールが可能かどうかを調べ、なければgoogle等で必要なライブラリが登録されているリポジトリを探し、yumに登録してみてください。

Commented by th 2012-02-20 19:34:22

さっそくお返事をしてくださってありがとうございます。
必要なライブラリが登録されているリポジトリをgoogleなどで
調べて、インストールできるように努力してみます。

これは余談ですが、先日Firefox10.0.1にアップデートしたと
ころ、「空想庭園」が閲覧不可となっていました。エラーによ
ると文に不備があるとのことでしたので、ご確認のほど
をよろしくお願いいたします。

Commented by 悠 2012-02-21 14:02:21

>th氏
エラー報告、ありがとうございます。

確認したところ、Linux版Firefoxのみ再現されました。
文字エンコードを判定して設定するスクリプトに不備があり、Shift_JISで読み込まれていたのが原因のようです。
現在は文字エンコード判定を修正し、正しくUTF-8を使用できるようになっていると思います。

Commented by yamato 2012-06-03 08:09:28

ARWpostのインストールで tar zxvf /tmp/ARWpost_V3.tar.gz
とするべきようですが、表記は tar zxvf /tmp/ARWpost.tar.gzとなっているようです。ご確認下さい

Commented by 悠 2012-06-17 23:48:41

>yamato氏
返事が遅くなりましたが、ご指摘ありがとうございます。
次回の更新時に反映させていただこうと思います。

Commented by Seikichi Izumi 2013-01-04 12:35:57

明けましておめでとうございます。
新年早々、はじめてメールする伊豆味という者デスが、貴殿のWRFーwps解説書に従つてシュミレートを試み ~/model/WRFV3/test/em_real rslout.000の中に
taskid: 0 hostname: localhost.localdomain
Quilting with 1 groups of 0 I/O tasks.
Namelist dfi_control not found in namelist.input. Using registry defaults for variables in dfi_control
Namelist tc not found in namelist.input. Using registry defaults for variables in tc
Namelist scm not found in namelist.input. Using registry defaults for variables in scm
Namelist fire not found in namelist.input. Using registry defaults for variables in fire
Ntasks in X 1 , ntasks in Y 1
--- NOTE: sst_update is 0, setting io_form_auxinput4 = 0 and auxinput4_interval = 0 for all domains
--- NOTE: sst_update is 0, setting io_form_auxinput4 = 0 and auxinput4_interval = 0 for all domains
--- NOTE: grid_fdda is 0 for domain 1, setting gfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: both grid_sfdda and pxlsm_soil_nudge are 0 for domain 1, setting sgfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: obs_nudge_opt is 0 for domain 1, setting obs nudging interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: grid_fdda is 0 for domain 2, setting gfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: both grid_sfdda and pxlsm_soil_nudge are 0 for domain 2, setting sgfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: obs_nudge_opt is 0 for domain 2, setting obs nudging interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: num_soil_layers has been set to 4
WRF V3.2.1 MODEL
*************************************
Parent domain
ids,ide,jds,jde 1 100 1 100
ims,ime,jms,jme -4 105 -4 105
ips,ipe,jps,jpe 1 100 1 100
*************************************
DYNAMICS OPTION: Eulerian Mass Coordinate
alloc_space_field: domain 1 , 199253712 bytes allocated
med_initialdata_input: calling input_input
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 33 CATEGORIES 2 SEASONS WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 27 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
*************************************
Nesting domain
ids,ide,jds,jde 1 171 1 171
ims,ime,jms,jme -4 180 -4 180
ips,ipe,jps,jpe 1 171 1 171
INTERMEDIATE domain
ids,ide,jds,jde 32 71 31 70
ims,ime,jms,jme 27 76 26 75
ips,ipe,jps,jpe 30 73 29 72
*************************************
alloc_space_field: domain 2 , 556832508 bytes allocated
alloc_space_field: domain 2 , 7670000 bytes allocated
*** Initializing nest domain # 2 from an input file. ***
med_initialdata_input: calling input_input
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 33 CATEGORIES 2 SEASONS WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 27 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 33 CATEGORIES 2 SEASONS WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 27 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 33 CATEGORIES 2 SEASONS WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 27 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
Timing for Writing wrfout_d01_2000-01-24_12:00:00 for domain 1: 1.50900 elapsed seconds.
Timing for processing lateral boundary for domain 1: 0.58800 elapsed seconds.
WRF NUMBER OF TILES FROM OMP_GET_MAX_THREADS = 1
WRF TILE 1 IS 1 IE 100 JS 1 JE 100
WRF NUMBER OF TILES = 1
Timing for Writing wrfout_d02_2000-01-24_12:00:00 for domain 2: 3.21200 elapsed seconds.
WRF NUMBER OF TILES FROM OMP_GET_MAX_THREADS = 1
WRF TILE 1 IS 1 IE 171 JS 1 JE 171
WRF NUMBER OF TILES = 1
Timing for main: time 2000-01-24_12:00:24 on domain 2: 64.45100 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:00:48 on domain 2: 24.04400 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:01:12 on domain 2: 15.75400 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_12:02:00 on domain 1: 164.24200 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_12:35:36 on domain 2: 6.08500 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_12:37:36 on domain 2: 6.09100 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:38:00 on domain 2: 6.09800 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:38:00 on domain 1: 33.50100 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_12:38:48 on domain 2: 6.08300 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:39:12 on domain 2: 6.08900 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:39:36 on domain 2: 6.09300 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_12:40:00 on domain 1: 33.85200 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_12:44:00 on domain 1: 34.52300 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_12:45:12 on domain 2: 6.12200 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:45:36 on domain 2: 6.10900 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:46:00 on domain 2: 6.10300 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:46:00 on domain 1: 33.62700 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:46:24 on domain 2: 6.16300 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:46:48 on domain 2: 6.11900 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:47:12 on domain 2: 6.12100 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:47:36 on domain 2: 6.11300 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:48:00 on domain 2: 6.12000 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:48:00 on domain 1: 33.68900 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:48:24 on domain 2: 6.12700 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:48:48 on domain 2: 6.11600 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:49:12 on domain 2: 6.13300 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_12:49:36 on domain 2: 6.12300 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_23:57:36 on domain 2: 6.77600 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_23:58:00 on domain 2: 6.77200 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_23:58:00 on domain 1: 50.16800 elapsed seconds.
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Timing for main: time 2000-01-24_23:58:48 on domain 2: 6.78900 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_23:59:12 on domain 2: 6.77800 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-24_23:59:36 on domain 2: 6.76500 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-25_00:00:00 on domain 2: 6.77700 elapsed seconds.
Timing for Writing wrfout_d02_2000-01-25_00:00:00 for domain 2: 1.20500 elapsed seconds.
Timing for main: time 2000-01-25_00:00:00 on domain 1: 38.53600 elapsed seconds.
Timing for Writing wrfout_d01_2000-01-25_00:00:00 for domain 1: 0.77300 elapsed seconds.
wrf: SUCCESS COMPLETE WRF と成功と言う情報があるが
WRFV3/test/em_real directoryには/home/izumi/model/WRFV3/test/em_real/wrfbdy_d01
/home/izumi/model/WRFV3/test/em_real/wrfinput_d01
/home/izumi/model/WRFV3/test/em_real/wrfinput_d02
/home/izumi/model/WRFV3/test/em_real/wrfout_d01_2000-01-24_12:00:00
/home/izumi/model/WRFV3/test/em_real/wrfout_d02_2000-01-24_12:00:00 と出て、wrfout_d02_2000-01-24_13:00:00〜wrfout_d02_2000-01-25_00:00
が出力されないのは何故か、rslout.0000に書き出されている 記録
を取り出す方法を教えて戴きたくお願い申し上げます。

            from Izumi
e_mail: sp7v4z29@true.ocn.ne.jp

Commented by 悠 2013-01-08 23:47:42

>Izumi氏
あけましておめでとうございます。そしてはじめまして。

私のWRFユーザガイドでは、計算結果はwrfoutに全て出力されております。
計算プロセスが進むにつれ、wrfoutのファイルサイズが増えていきませんでしたか?
ですので、手順通りにwrfoutを変換すれば、全ての計算結果を表示できます。

もし時間ごとに分けて出力されたい場合は、namelist.inputの時間設定の項目のどれかを変更すればよかったはずです。
何のパラメータだったか、今すぐには思い出せませんが……。

以上です。

Commented by Seikichi Izumi 2013-01-11 09:22:24

ご教示ありがとうございました。
再度 最初からやり直し、すべて成功しました。色々とご面倒を
お掛けして申し訳ありませんでした。
貴殿のご健康とご多幸をお祈り致します。

Commented by Seikichi Izumi 2013-01-21 09:29:42

再度、誠に申し訳ありませんが次のことについて、教示お願いしたくメールしました。

Intel fortran compiler(l_ccompxe_2011.1.107.tgz ,l_fcompxe_2011.1.107.tgz )で WRF、WPS、ARWPOSTをコンパイルして、モデルを実行したところ次のようなエラーが発生して
metgrid.exe実行できない。compilerに問題があるのでしょうか


Processing domain 1 of 2
Processing 2000-01-24_12
FILE
forrtl: severe (173): A pointer passed to DEALLOCATE points to an array that cannot be deallocated
Image PC Routine Line Source
metgrid.exe 00000000005DEC1A Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 00000000005DD795 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 0000000000587906 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 0000000000529445 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 0000000000565620 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 000000000047E49A Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 0000000000451339 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 000000000044C072 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 000000000040C271 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 00000000004048DC Unknown Unknown Unknown
libc.so.6 0000003E10621735 Unknown Unknown Unknown
metgrid.exe 00000000004047B9 Unknown Unknown Unknown
.404 --- = 0

Commented by 悠 2013-01-22 20:06:22

>Izumi氏
エラー内容を検索してみますと、WRFフォーラムでも同様の話題が挙がっていますね。
http://forum.wrfforum.com/viewtopic.php?f=20&t=3149

これを見る限り、ifort+WRF V3.3.1の組み合わせが問題になるようです。
gccを用いるかWRFのバージョンを変更するかが手っ取り早い解決策になります。

Commented by Seikichi Izumi 2013-01-24 14:14:18

度々、ご教示を戴き有難うございいました。
Intel fortran compilerの使用を止め、GCCを使用することにしました。

Commented by yuuu 2013-04-02 18:17:24

はじめまして。yuuuです。HPを参考にさせていただいています。研究生活で度々エラーが出てその度解決してきたんですが、今回のエラーの原因が分かりません。よろしければご意見いただきたいです。

エラーはwrf.exeを実行時に発生するものです。
real.exeは上手くいっていることは確認できるのですが、計算が止まってしまいます。
下記が設定ファイル(namelist.input)です。
&time_control
run_days = 32,
run_hours = 0,
run_minutes = 0,
run_seconds = 0,
start_year = 2005, 2005, 2005,
start_month = 08, 08, 08,
start_day = 01, 01, 01,
start_hour = 00, 00, 00,
start_minute = 00, 00, 00,
start_second = 00, 00, 00,
end_year = 2005, 2005, 2005,
end_month = 09, 09, 09,
end_day = 01, 01, 01,
end_hour = 00, 00, 00,
end_minute = 00, 00, 00,
end_second = 00, 00, 00,
interval_seconds = 21600,
input_from_file = .true., .true., .true.,
history_interval = 60, 10, 10,
frames_per_outfile = 720, 720, 720,
restart = .false.,
restart_interval = 18720,
io_form_history = 2,
io_form_restart = 2,
io_form_input = 2,
io_form_boundary = 2,
debug_level = 0,
auxinput4_inname = "wrflowinp_d",
auxinput4_interval = 360,
io_form_auxinput4 = 2,
/

&domains
time_step = 30,
max_dom = 3,
s_we = 1, 1, 1,
e_we = 50, 61, 61,
s_sn = 1, 1, 1,
e_sn = 50, 61, 61,
s_vert = 1, 1, 1,
e_vert = 55, 55, 55,
eta_levels = 1.0000,0.9940,0.9930,0.9920,0.9910,
0.9900,0.9890,0.9880,0.9840,0.9800,
0.9750,0.9700,0.9650,0.9600,0.9550,
0.9500,0.9450,0.9400,0.9350,0.9300,
0.9200,0.9100,0.9000,0.8800,0.8600,
0.8300,0.7980,0.7220,0.6810,
0.6410,0.5680,0.5340,0.4700,0.4400,
0.4120,0.3590,0.3340,0.2890,0.2680,
0.2280,0.1930,0.1760,0.1460,0.1320,
0.1190,0.0949,0.0838,0.0634,0.0541,
0.0453,0.0293,0.0221,0.0089,0.0029,
0.0000,

num_metgrid_levels = 27,
num_metgrid_soil_levels = 4,

dx = 9000, 3000, 1000,
dy = 9000, 3000, 1000,
grid_id = 1, 2, 3,
parent_id = 1, 1, 2,
i_parent_start = 1, 16, 20,
j_parent_start = 1, 13, 20,
parent_grid_ratio = 1, 3, 3,
parent_time_step_ratio = 1, 2, 3,
feedback = 1,
smooth_option = 0,


/

&physics
mp_physics = 3, 3, 3,
ra_lw_physics = 1, 1, 1,
ra_sw_physics = 1, 1, 1,
radt = 1, 1, 1,
sf_sfclay_physics = 2, 2, 2,
sf_surface_physics = 2, 2, 2,
sf_urban_physics = 0, 1, 1,
bl_pbl_physics = 2, 2, 2,
bldt = 0, 0, 0,
cu_physics = 1, 0, 0,
cudt = 5, 0, 0,
isfflx = 1,
ifsnow = 1,
icloud = 1,
surface_input_source = 1,
num_land_cat = 24,
mp_zero_out = 0,
maxiens = 1,
maxens = 3,
maxens2 = 3,
maxens3 = 16,
ensdim = 144,
slope_rad = 1,
topo_shading = 1,
sst_update = 1,
sst_skin = 1,
/

&fdda
/

&dynamics
w_damping = 1,
diff_opt = 1,
km_opt = 4,
diff_6th_opt = 0,
diff_6th_factor = 0.12,
&base_temp = 290.,
damp_opt = 1,
zdamp = 5000., 5000., 5000.,
dampcoef = 0.01, 0.01, 0.01,
khdif = 0, 0, 0,
kvdif = 0, 0, 0,
non_hydrostatic = .true., .true., .true.,
mix_full_fields = .true., .true., .true.,

/

&bdy_control
spec_bdy_width = 5,
spec_zone = 1,
relax_zone = 4,
specified = .true., .false., .false.,
nested = .false., .true., .true.,
/

&grib2
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group = 0,
nio_groups = 1,
/

wrf.exeを行った後、rsl.outファイルを確認すると特にエラーが出ずに計算が止まります。以下にそのファイルの中身を示します。
Namelist dfi_control not found in namelist.input. Using registry defaults for v
ariables in dfi_control
Namelist tc not found in namelist.input. Using registry defaults for variables
in tc
Namelist scm not found in namelist.input. Using registry defaults for variables
in scm
Namelist fire not found in namelist.input. Using registry defaults for variable
s in fire
Ntasks in X 2, ntasks in Y 4
--- NOTE: grid_fdda is 0 for domain 1, setting gfdda interval and ending t
ime to 0 for that domain.
--- NOTE: both grid_sfdda and pxlsm_soil_nudge are 0 for domain 1, setting
sgfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: obs_nudge_opt is 0 for domain 1, setting obs nudging interval an
d ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: grid_fdda is 0 for domain 2, setting gfdda interval and ending t
ime to 0 for that domain.
--- NOTE: both grid_sfdda and pxlsm_soil_nudge are 0 for domain 2, setting
sgfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: obs_nudge_opt is 0 for domain 2, setting obs nudging interval an
d ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: grid_fdda is 0 for domain 3, setting gfdda interval and ending t
ime to 0 for that domain.
--- NOTE: both grid_sfdda and pxlsm_soil_nudge are 0 for domain 3, setting
sgfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: obs_nudge_opt is 0 for domain 3, setting obs nudging interval an
d ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: num_soil_layers has been set to 4
WRF V3.2.1 MODEL
*************************************
Parent domain
ids,ide,jds,jde 1 50 1 50
ims,ime,jms,jme -4 32 -4 20
ips,ipe,jps,jpe 1 25 1 13
*************************************
DYNAMICS OPTION: Eulerian Mass Coordinate
alloc_space_field: domain 1, 29293644 bytes allocated
med_initialdata_input: calling input_input
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 39 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 36 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
*************************************
Nesting domain
ids,ide,jds,jde 1 61 1 61
ims,ime,jms,jme -4 42 -4 27
ips,ipe,jps,jpe 1 30 1 15
INTERMEDIATE domain
ids,ide,jds,jde 14 39 11 36
ims,ime,jms,jme 9 35 6 27
ips,ipe,jps,jpe 12 25 9 17
*************************************
d01 2009-07-31_00:00:00 alloc_space_field: domain 2, 69841020 b
ytes allocated
d01 2009-07-31_00:00:00 alloc_space_field: domain 2, 3297888 b
ytes allocated
d01 2009-07-31_00:00:00 *** Initializing nest domain # 2 from an input file. **
*
d01 2009-07-31_00:00:00 med_initialdata_input: calling input_input
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 39 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 36 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 39 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 36 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 39 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 36 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
Timing for Writing wrfout_d01_2009-07-31_00:00:00 for domain 1: 0.16810 elapsed seconds.
d01 2009-07-31_00:00:00 Input data processed for aux input 4 for domain 1
Timing for processing lateral boundary for domain 1: 0.02790 elapsed seconds.
WRF TILE 1 IS 1 IE 25 JS 1 JE 13
WRF NUMBER OF TILES = 1
*************************************
Nesting domain
ids,ide,jds,jde 1 61 1 61
ims,ime,jms,jme -4 42 -4 27
ips,ipe,jps,jpe 1 30 1 15
INTERMEDIATE domain
ids,ide,jds,jde 18 43 18 43
ims,ime,jms,jme 13 39 13 34
ips,ipe,jps,jpe 16 29 16 24
*************************************
d02 2009-07-31_00:00:00 alloc_space_field: domain 3, 69841020 b
ytes allocated
d02 2009-07-31_00:00:00 alloc_space_field: domain 3, 3297888 b
ytes allocated
d02 2009-07-31_00:00:00 *** Initializing nest domain # 3 from an input file. **
*
d02 2009-07-31_00:00:00 med_initialdata_input: calling input_input
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 39 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 36 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 39 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 36 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 39 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND 36 CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICAION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND 19 CATEGORIES
Timing for Writing wrfout_d02_2009-07-31_00:00:00 for domain 2: 0.20330 elapsed seconds.
WRF TILE 1 IS 1 IE 30 JS 1 JE 15
WRF NUMBER OF TILES = 1

このようにエラー文なしに計算が始まりません。
よろしくお願いします。

Commented by 悠 2013-04-08 15:18:08

>yuuu氏
はじめまして。管理人の悠です。
WRFのエラー表示がなく、そのままでは走らない場合、どこに問題があるのかが判断できません。
まずは問題の切り分けから行わないといけないかと思います。

1. 実行バイナリに関して、本サイトのテストケースなどWRFを動かせたことがあるか。動く設定がある場合、動かない設定との違いはどこか。
2. 一度も動かせたことがない場合、実行環境に問題がある可能性がある。想定されるケースは次の通り。
2-1. 実行環境のパワー不足により、計算の実行に極端に時間がかかる。
2-2. コンパイルの不備等によって実行バイナリそのものがおかしい。
2-3. 実行設定に大きな不備がある。

私がざっと挙げられるだけでは上記のとおりですが、いかがでしょうか。

Commented by hamu 2013-09-30 17:36:44

はじめまして。hamuと申します。
大学の卒業研究でWRFを使用して台風のシミュレーションを作成したいと思っています。
そこで悠さんが作成したWRF/WPSユーザーガイドを参考にさせていただいてます。
WRF Domain Wizardを使用し世界地図(日本の九州地方)をScale:100%にするとフリーズしてしまいます。50%だと拡大されます。原因は何なのでしょうか。また50%で進めていきGrid Table Name:Vtable.GFSというのが選択できません(表示されません)この原因も御指導願います。
ちなみに参考までに私のWRF環境を載せておきます。
OS:Linux Ubuntu    
WEFV3、WPS、NetCDF、Ncview、gfortran、WRFDomainWizard、avn_dataインストール済
LinuxOSは初心者で悠さん以外のWRFマニュアルで参考にしたのはhttp://www.seppyo.org/~sesig/wrf/wrf_install_instruction/になります。
乱文で読みにくいとは思いますが御指導方よろしくお願いします。

Commented by 悠 2013-10-02 13:32:52

>hamu氏
はじめまして、管理人の悠です。

Scaleを100%にするとフリーズする問題は、いつも必ず発生する(再現性のある)問題なのでしょうか。
必ず発生するのであれば、WRF Domain Wizard自体のバグか、ハードウェアに問題がある可能性があります。
GFSの表示がない問題も、その他の表示はあるけどもGFSだけがないということでしょうか。

問題を切り分けるためには、Wizardを使わずに、コンソールだけで(Without GUIで)WPSを実行してみてください。
問題なくWPSが実行でき、WRFのシミュレーションが行えるのであれば、WPSやWRFそのものの問題ではなく、Wizardのバグやハードウェアの制限が考えられます。
コンソールだけでも動かないのであれば、WPSのインストールに何らかの問題があったのかもしれません。

まずは原因箇所を明らかにすることから始めるのが良いかと思います。

Commented by hamu 2013-10-07 16:57:40

忙しい中、お返事ありがとうございます。
悠さんと環境を同じにするためFedoraの最新版をインストールしました。WRFのconfigureを実行したあとからこのような文章がでます。
checking for perl5... no
checking for perl... found /usr/bin/perl (perl)
** There is an existing ./netcdf_links file. Should I use? [y]
y
Will use NETCDF in dir: /home/otsukacal/Model/WRFV3/netcdf_links
PHDF5 not set in environment. Will configure WRF for use without.
which: no timex in (/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/otsukacal/.local/bin:/home/otsukacal/bin)
$JASPERLIB or $JASPERINC not found in environment, configuring to build without grib2 I/O...
------------------------------------------------------------------------
Please select from among the following supported platforms.

1. Linux x86_64, PGI compiler with gcc (serial)
2. Linux x86_64, PGI compiler with gcc (smpar)
3. Linux x86_64, PGI compiler with gcc (dmpar)
4. Linux x86_64, PGI compiler with gcc (dm+sm)
5. Linux x86_64, PGI accelerator compiler with gcc (serial)
6. Linux x86_64, PGI accelerator compiler with gcc (smpar)
7. Linux x86_64, PGI accelerator compiler with gcc (dmpar)
8. Linux x86_64, PGI accelerator compiler with gcc (dm+sm)
9. Linux x86_64 i486 i586 i686, ifort compiler with icc (serial)
10. Linux x86_64 i486 i586 i686, ifort compiler with icc (smpar)
11. Linux x86_64 i486 i586 i686, ifort compiler with icc (dmpar)
12. Linux x86_64 i486 i586 i686, ifort compiler with icc (dm+sm)
13. Linux i486 i586 i686 x86_64, PathScale compiler with pathcc (serial)
14. Linux i486 i586 i686 x86_64, PathScale compiler with pathcc (dmpar)
15. x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc (serial)
16. x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc (smpar)
17. x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc (dmpar)
18. x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc (dm+sm)
19. Cray XT CLE/Linux x86_64, PGI compiler with gcc (serial)
20. Cray XT CLE/Linux x86_64, PGI compiler with gcc (smpar)
21. Cray XT CLE/Linux x86_64, PGI compiler with gcc (dmpar)
22. Cray XT CLE/Linux x86_64, PGI compiler with gcc (dm+sm)
23. Cray XT CLE/Linux x86_64, Cray CCE compiler with gcc (serial)
24. Cray XT CLE/Linux x86_64, Cray CCE compiler with gcc (smpar)
25. Cray XT CLE/Linux x86_64, Cray CCE compiler with gcc (dmpar)
26. Cray XT CLE/Linux x86_64, Cray CCE compiler with gcc (dm+sm)

Enter selection [1-26] : 18
------------------------------------------------------------------------
Compile for nesting? (1=basic, 2=preset moves, 3=vortex following) [default 1]: 1

Configuration successful. To build the model type compile .
------------------------------------------------------------------------
testing for MPI_Comm_f2c and MPI_Comm_c2f
MPI_Comm_f2c and MPI_Comm_c2f are not supported
testing for MPI_Init_thread
MPI_Init_thread is not supported
testing for fseeko and fseeko64
fseeko64 is supported
------------------------------------------------------------------------

# Settings for x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc (dm+sm)
#
DMPARALLEL = 1
OMPCPP = -D_OPENMP
OMP = -fopenmp
OMPCC = -fopenmp
SFC = gfortran
SCC = gcc
CCOMP = gcc
DM_FC = mpif90 -f90=$(SFC)
DM_CC = mpicc -cc=$(SCC)
FC = $(DM_FC)
CC = $(DM_CC) -DFSEEKO64_OK
LD = $(FC)
RWORDSIZE = $(NATIVE_RWORDSIZE)
PROMOTION = # -fdefault-real-8 # uncomment manually
ARCH_LOCAL = -DNONSTANDARD_SYSTEM_SUBR
CFLAGS_LOCAL = -w -O3 -c -DLANDREAD_STUB
LDFLAGS_LOCAL =
CPLUSPLUSLIB =
ESMF_LDFLAG = $(CPLUSPLUSLIB)
FCOPTIM = -O3 -ftree-vectorize -ftree-loop-linear -funroll-loops
FCREDUCEDOPT\t= $(FCOPTIM)
FCNOOPT\t\t= -O0
FCDEBUG = # -g $(FCNOOPT)
FORMAT_FIXED = -ffixed-form
FORMAT_FREE = -ffree-form -ffree-line-length-none
FCSUFFIX =
BYTESWAPIO = -fconvert=big-endian -frecord-marker=4
FCBASEOPTS_NO_G = -w $(FORMAT_FREE) $(BYTESWAPIO)
FCBASEOPTS = $(FCBASEOPTS_NO_G) $(FCDEBUG)
MODULE_SRCH_FLAG =
TRADFLAG = -traditional
CPP = /lib/cpp -C -P
AR = ar
ARFLAGS = ru
M4 = m4 -G
RANLIB = ranlib
CC_TOOLS = $(SCC)

###########################################################
######################
# POSTAMBLE

FGREP = fgrep -iq

ARCHFLAGS = $(COREDEFS) -DIWORDSIZE=$(IWORDSIZE) -DDWORDSIZE=$(DWORDSIZE) -DRWORDSIZE=$(RWORDSIZE) -DLWORDSIZE=$(LWORDSIZE) \
$(ARCH_LOCAL) \
$(DA_ARCHFLAGS) \
-DDM_PARALLEL \
\
-DNETCDF \
\
\
\
\
\
\
\
\
-DUSE_ALLOCATABLES \
-DGRIB1 \
-DINTIO \
-DLIMIT_ARGS \
-DCONFIG_BUF_LEN=$(CONFIG_BUF_LEN) \
-DMAX_DOMAINS_F=$(MAX_DOMAINS) \
-DMAX_HISTORY=$(MAX_HISTORY) \
\t\t -DNMM_NEST=$(WRF_NMM_NEST)
CFLAGS = $(CFLAGS_LOCAL) -DDM_PARALLEL \
-DMAX_HISTORY=$(MAX_HISTORY)
FCFLAGS = $(FCOPTIM) $(FCBASEOPTS)
ESMF_LIB_FLAGS =
# ESMF 5 -- these are defined in esmf.mk, included above
ESMF_IO_LIB = -L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/esmf_time_f90 -lesmf_time
ESMF_IO_LIB_EXT = -L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/esmf_time_f90 -lesmf_time
INCLUDE_MODULES = $(MODULE_SRCH_FLAG) \
$(ESMF_MOD_INC) $(ESMF_LIB_FLAGS) \
-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/main \
-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_netcdf \
-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_int \
-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/frame \
-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/share \
-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/phys \
-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/chem -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/inc \
-I$(NETCDFPATH)/include \

REGISTRY = Registry

LIB_BUNDLED = \
$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/fftpack/fftpack5/libfftpack.a \
$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_grib1/libio_grib1.a \
$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_grib_share/libio_grib_share.a \
$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_int/libwrfio_int.a \
$(ESMF_IO_LIB) \
$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/RSL_LITE/librsl_lite.a \
$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/frame/module_internal_header_util.o \
$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/frame/pack_utils.o

LIB_EXTERNAL = \
-L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_netcdf -lwrfio_nf -L/home/otsukacal/Model/WRFV3/netcdf_links/lib -lnetcdf

LIB = $(LIB_BUNDLED) $(LIB_EXTERNAL) $(LIB_LOCAL)
LDFLAGS = $(OMP) $(FCFLAGS) $(LDFLAGS_LOCAL)
ENVCOMPDEFS =
WRF_CHEM\t=\t0
CPPFLAGS = $(ARCHFLAGS) $(ENVCOMPDEFS) -I$(LIBINCLUDE) $(TRADFLAG)
NETCDFPATH = /home/otsukacal/Model/WRFV3/netcdf_links
PNETCDFPATH =

bundled: wrf_ioapi_includes wrfio_grib_share wrfio_grib1 wrfio_int esmf_time fftpack
external: wrfio_nf $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/RSL_LITE/librsl_lite.a gen_comms_rsllite module_dm_rsllite $(ESMF_TARGET)

######################
------------------------------------------------------------------------
Settings listed above are written to configure.wrf.
If you wish to change settings, please edit that file.
If you wish to change the default options, edit the file:
arch/configure_new.defaults
grep: /home/otsukacal/Model/WRFV3/netcdf_links/include/netcdf.inc: そのようなファイルやディレクトリはありません
NetCDF users note:
This installation of NetCDF supports large file support. To enable large file
support in NetCDF, set the environment variable WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT
to 1 and run configure again. Set to any other value to avoid this message.


Testing for NetCDF, C and Fortran compiler

エントリ nc.o が書庫中にありません
One of compilers testing failed!
Please check your compiler


これは失敗ですか?

またWPSでは./compile > log 2>&1が実行しません。
いまのところgeogrid.exe ungrid.exe metgrid.exeが確認できません。geogridのファイルはWPS内でいいのでしょうか。

また、NetCDFはWRF WPS のファイル内でもなく単体で保存している形でいいのでしょうか?

御教授おねがいします。
今の環境
Fedora19
WRF3.3.1 WPS3.3.1 NetCDF4.0.1 geogridデータ が入っています。

C/C++コンパイラはIntelさんから返信メールがきていないのでインストールできてません。これが原因ですか?

Commented by 悠 2013-10-09 13:44:21

>hamu氏
ログをみると、「netcdf.incがない」ということが分かります。
このためコンパイルに失敗しているようですね。

NetCDFのインストールがうまくいっていないのかもしれません。
バージョンは問題ないと思いますがnetcdf_links下のサブディレクトリにnetcdf.incはありますでしょうか?
ファイル検索などでこのファイルが存在するかどうか、存在しなければNetCDFの再インストールを行う等の処置が考えられます。

現状ではIntelコンパイラは使用していませんので、Intelコンパイラは問題ないと思います。

Commented by hamu 2013-10-09 14:50:44

悠さん度々のお返事ありがとうございます。
ダウンロードしたNetcdfのデータを展開しただけでインストールを忘れていました。そこでまたつまづいてしまいました。
#vi installを打ってコマンド
#!/bin/bash


export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F90=ifort
export CFLAGS="-O2"
export FFLAGS="-O -mp"
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran"


DIR="/usr/local/netcdf-4.0.1"

mkdir -p $DIR
./configure --prefix=$DIR
make test
make install
を入力し# sh installを実行したのですが
以下のような文章が出てきます。

install: 行 1: //---------------: そのようなファイルやディレクトリはありません
install: 行 17: ./configure: そのようなファイルやディレクトリはありません
make: *** ターゲット `test' を make するルールがありません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.

よろしくお願いします

Commented by hamu 2013-10-09 16:11:17

度々すいません。
WRF Portalのページは改装されてしまったのですか?
wrf-portal.zipが見当たりません。。。

Commented by hamu 2013-10-09 16:45:22

なんとか昔のUbuntuからWRF Portalをとりいれました。
ご心配おかけしました。

Commented by 悠 2013-10-11 00:04:39

>hamu氏
書かれたスクリプト部分は問題ないと思います。
しかし、スクリプトファイルの1行目に不必要な文字があること、またconfigureがカレントディレクトリにないことからインストールに進まないようです。

インストールスクリプトの一行目は、シャープ記号とエクスクラメーション記号から始まるシェルプログラム本体の場所を指します。
この指定に間違いはありませんでしょうか?
また、configureがないとのことなので、カレントディレクトリにconfigureが展開されていることを確認してください。

Fedoraであれば、yumを使ってnetcdf-develとnetcdf-staticの2つを簡単にインストールできます。
netcdfを特に設定する必要がなければ、yumでのインストールをお奨めします。

Commented by hamu 2013-10-11 18:19:08

1行目のシェルスクリプト本体の場所は#!/bin/bashにしてます。

NetCDF4.0.1をダウンロードしなおしインストールスクリプトを実行するとconfigureの部分は直った?のですが実行されません。
configure: netCDF 4.0.1
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /usr/bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
configure: checking user options
checking whether CXX is set to ''... no
checking whether FC is set to ''... no
checking whether F90 is set to ''... no
checking whether a NCIO_MINBLOCKSIZE was specified... 256
checking whether this is a netCDF-4.x build... yes
checking whether extra valgrind tests should be run... no
configure: Processing NetCDF-4 options.
checking whether netCDF-4 is to be built... no
checking whether new netCDF-4 C++ API is to be built... no
checking whether HDF5 should do data conversions... no
checking whether extra example tests should be run... no
checking whether parallel IO tests should be run... no
checking whether a location for the HDF5 library was specified...
checking whether a location for the ZLIB library was specified...
checking whether a location for the SZLIB library was specified...
checking whether a default cache size for HDF5 was specified... 32000000
checking whether a default cache maximum number of elements for HDF5 was specified... 1000
checking whether a default cache preemption for HDF5 was specified... 0.75
checking whether netCDF-4 logging is enabled... no
checking whether DAP client is to be built... no
checking whether dap remote testing should be enabled... no
checking whether netCDF extra tests should be run (developers only)... no
checking whether documentation is to be installed... no
checking whether Fortran compiler(s) should be tested during configure... yes
checking whether FFIO will be used... no
checking whether to skip C++, F77, or F90 APIs if compiler is broken... yes
checking whether only the C library is desired... no
checking whether examples should be built... yes
checking whether F77 API is desired... yes
checking whether F90 API is desired... yes
checking whether fortran type sizes should be checked... yes
checking whether C API is desired... yes
checking where to get netCDF C-only library for separate fortran libraries...
checking whether CXX API is desired... yes
checking whether v2 netCDF API should be built... yes
checking whether the ncgen/ncdump should be built... yes
checking whether large file (> 2GB) tests should be run... no
checking whether benchmaks should be run (experimental)... no
checking whether extreme numbers should be used in tests... yes
checking where to put large temp files if large file tests are run... .
checking whether a win32 DLL is desired... no
checking whether separate fortran libs are desired... no
configure: finding C compiler
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲット `test' を make するルールがありません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.

ちなみにyumを使ってでのnetcdf-develとnetcdf-staticはインストール済みです。これが入っているとNetCDF4.0.1の導入は必要ないですか?

またWRFをインストール際にNetcdf4.0.1にはnetcdf.incは入っていないとのことで./configureが実行できません。

Commented by hamu 2013-10-11 18:28:43

再度失礼します。
WRFのconfigureを実行する際のnetcdf.incについてなのですが

grep: /home/*****/Model/WRFV3/netcdf_links/include/netcdf.inc: そのようなファイルやディレクトリはありません


Testing for NetCDF, C and Fortran compiler

エントリ nc.o が書庫中にありません
One of compilers testing failed!
Please check your compiler
とでます。質問攻めで申し訳ないです。

Commented by 悠 2013-10-15 00:47:49

>hamu氏
configureのほうは、Cコンパイラ関係のエラーで止まってますね。
Cのコンパイルが手元でできるかどうか確認してみてください。
yumで導入済みなら、NetCDFの導入は必要ないはずです。

netcdf.incは、yumで導入したならば/usr/includeやそのサブディレクトリ等にインストールされているかも知れません。

$ find /usr -name "netcdf.inc"

で、netcdf.incが/usr以下のどこかにインストールされてないか確認してみてください。
インストールされているなら、WRFのconfigure時に正しくそのインストール先にシンボリックリンクが貼られるようパスを設定してください。
WRFのconfigureでは、シンボリックリンクが正しく設定されていないとnetcdf.incを見つけることができず、実行に失敗します。

Commented by hamu 2013-10-18 21:08:47

いつも回答ありがとうございます。
yumでインストールした方はnet.incがみつかりませんでした。。。
なので違うバージョンのNetcdfをダウンロードしたところnet.incは確認できました。

また、先程気付いたのですがWRFの修正パッチをこちらの勘違いで適用していませんでした。./configureが適用しないのはこれが原因かと思いました。
この際にファイルをダウンロード後実行しようとしたのですがこのような表示がでます。

patch -p0 < /tmp/WRFV3.3.1.patch
bash: patch: コマンドが見つかりませんでした...

なぜでしょうか。御教授願います。

Commented by 悠 2013-10-18 23:37:03

>hamu氏
patchコマンドがない場合、開発ツール等々がインストールされていない可能性が高いです。
インストール前の準備段階にあるように、

# yum groupinstall "development tools"
# yum groupinstall "development libraries"
# yum groupinstall "x software development"

で、必要なライブラリ一式をインストールしてみてください。
patchは開発ツールの基本コマンドですので、どこかにあるはずです。

Commented by hamu 2013-10-19 16:17:27

# yum groupinstall "development tools"

# yum groupinstall "development libraries"

# yum groupinstall "x software development"

は最初の段階でインストールしてあったので大丈夫でした。
ですがパッチコマンドがみつからなかったので個人的に
# yum -y install patch
をインストールしパッチをあててみたところ

can't find file to patch at input line 4
Perhaps you used the wrong -p or --strip option?
The text leading up to this was:
--------------------------
|diff -crN WRFV3/arch/configure_new.defaults WRFV3-fix/arch/configure_new.defaults
|*** WRFV3/arch/configure_new.defaults\t2011-05-14 05:50:30.000000000 +0900
|--- WRFV3-fix/arch/configure_new.defaults\t2012-03-01 10:51:27.387673505 +0900
--------------------------
File to patch:
とでました。
この場合パッチファイルはどれを選択すればいいのでしょうか。

Commented by 悠 2013-10-21 16:29:42

>hamu氏
パッチファイルは、WRFにはWRFパッチ、WPSにはWPSパッチを適用します。
バージョンは、現在3.3.1のものとしています。

パッチファイルをあてる現在地(カレントディレクトリ)も重要で、WRFV3ディレクトリがlsで確認できるディレクトリ(ガイド中ではModelディレクトリ)でコマンドを実行する必要があります。
ディレクトリが異なると、patchコマンドのpオプションを変更する必要がありますので、ガイド通りに行ってみてください。

Commented by hamu 2013-10-21 21:31:50

おかげさまでWRFのパッチは当てれました。

ですがやはりgrep: /home/*****/Model/WRFV3/netcdf_links/include/netcdf.inc: そのようなファイルやディレクトリはありません





Testing for NetCDF, C and Fortran compiler



エントリ nc.o が書庫中にありません

One of compilers testing failed!

Please check your compiler

とでます。そこで悠さんから教えて頂いたコマンド$ find /usr -name "netcdf.inc"を入力したところ

$ find /usr -name "netcdf.inc"
find: ‘/usr/lib/firewalld’: 許可がありません
find: ‘/usr/share/polkit-1/rules.d’: 許可がありません
find: ‘/usr/libexec/initscripts/legacy-actions/auditd’: 許可がありません
とでてしまいます。

結果WRFの./configureが実行できません。
お忙しいと思いますが時間があったら教えてください。

Commented by hamu 2013-10-22 21:28:22

連投で申し訳ないですが教えてください。
あまりにもインストールがうまく進まないので初めからWRFのインストールを開始したいと思います。Fedora19を入れ直しました。

まだまだ先の話なのですがwrf-potral.zipをダウンロードするリンク先が一行にみつからないのでおしえていただけませんか?

よろしくお願いします。

Commented by 悠 2013-10-23 13:16:21

>hamu氏
WRF Portalを確認しましたが、どうもドメイン名が期限切れになってしまっているように見受けられます。
公式サイトからのリンクも辿れないので、WRFサーバ側で対応してもらわないとダウンロードできないですね。
どこかしらにミラー配布サイトがあるかもしれませんが……。

また、Fedora19のyumでインストールされるNetCDFのバージョンが問題になるかもしれません。
NetCDFはバージョン4.2以降、Fortran用のincludeファイルを含めなくなってしまったようで、WRFに使えなくなってしまっているようです。
私の使っていたFedora16がバージョン4.1.3でギリギリだったので、おそらくそのためにnetcdf.incが見つからなかったのだと思います。

バージョン4.1.3以前の旧バージョンを手動インストールするか、CentOS等の安定カーネル系OSを使ってみてください。

Commented by hamu 2013-10-23 18:27:37

確認ありがとうございます。
悠さんと同じようにWRF-Portalを使用したいので必死でミラーサイトを探します(汗笑)

やはりそうでしたか…
Fedora16 ver4.1.3を探してみます。
本当にありがとうございます!
早速探してみます。

また少し質問があります。
WRFの
$vi ~/.bashrcを実行した際の
// --------------- Add to end of the file --------------
この文字も打ち込むのですか?初歩的な質問申し訳ないです。

Commented by 悠 2013-10-24 10:34:03

>hamu氏
ダブルスラッシュから始まる行は解説のためにつけているものですので、記述の必要はありません。
次の改訂時にその注意書きも追加しておきますので、あしからずご了承ください。

Commented by hamu 2013-10-24 19:40:05

悠さん
マニュアルの作成お疲れさまです。

新しいマニュアルの2ページ目のWRF・WPSインストールのところ
3.3.1verになってるので訂正お願いします。

あとWRF3.3.1のパッチをダウンロードしようとしたのですが
リンク先が3.5.1になっているので3.3.1もダウンロードできるようにしていただきたいです。よろしくお願いします

Commented by 悠 2013-10-25 23:38:01

>hamu氏
ご指摘ありがとうございます。修正しておきました。

V3.3.1パッチは下記のアドレスにアクセスしてください。
http://www.spherewind.com/images/WRFV3.3.1.patch
http://www.spherewind.com/images/WPSV3.3.1.patch

Commented by hamu 2013-10-29 21:19:17

こんばんはhamuです。
悠さんのおかげでWRF/WPS/ARWpostのインストールが完了しました。
WPSのGUIも終わって今はWRFランを実行しようとしています。
ですが
$mpirun -n 4 ./real.exe
[proxy:0:0@ーーー] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:69): execvp error on file ./real.exe (No such file or directory)
[proxy:0:0@ーーー] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:69): execvp error on file ./real.exe (No such file or directory)
[proxy:0:0@ーーー] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:69): execvp error on file ./real.exe (No such file or directory)
[proxy:0:0@ーーー] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:69): execvp error on file ./real.exe (No such file or directory)
とエラーがでます。また$ mpirun -n 4 ./wrf.exeを実行しても同じような結果になります。ご教授お願いします。

またGUIを使わないWPS
$ cd ~/Model/WPS
[ーーー@ーーー WPS]$ ./link_grid.csh ../FNL/sample/*
bash: ./link_grid.csh: そのようなファイルやディレクトリはありません
とでます。できればこちらもご教授お願いします。

Commented by 悠 2013-10-30 14:42:23

>hamu氏
WRFV3/test/em_realディレクトリ下にあるreal.exeは正しくシンボリックリンクが貼られていますでしょうか?
WRFV3/main/real.exeがないと、WRFの実行はできません。
real.exeやwrf.exeがない場合、インストールに失敗していると考えられます。
インストール手順を確認し、em_realディレクトリでreal.exeやwrf.exeが正しくリンクされることを確認してください。

link_grib.cshはWPSにはじめから置かれているファイルです。
“grid”ではなく“grib”ですので、ご注意ください。

Commented by hamu 2013-10-30 18:18:03

em_realディレクトリ下にreal.exe確認しました。
WRFV3/main/real.exeはなくrunの中にありました。
runの中の各exeファイルはmainにリンクされているとプロパティで確認しました。ですがmainの中では各exeファイルが見当たりませんでした。失敗でしょうか?

Commented by hamu 2013-10-30 18:27:47

再度patchを当てインストールしなおそうと思ったのですがpatching file WRFV3/arch/configure_new.defaults
patching file WRFV3/arch/noopt_exceptions_f
patching file WRFV3/configure
patching file WRFV3/phys/module_cu_g3.F
Hunk #1 FAILED at 3119.
Hunk #2 FAILED at 3130.
Hunk #3 FAILED at 3591.
3 out of 3 hunks FAILED -- saving rejects to file WRFV3/phys/module_cu_g3.F.rej
patching file WRFV3/phys/module_mp_morr_two_moment.
とでていました。もしかするとこれをスルーしてインストールしたのでmainフォルダの中に.exeが存在しなかったのでしょうか。

Commented by 悠 2013-10-31 00:23:29

>hamu氏
mainディレクトリにreal.exeやwrf.exeの本体が置かれるので、ここになければインストールに失敗しています。

パッチのログメッセージを見る限り、更新に失敗しているようですね。
変更予定箇所の文字列が一致せず、更新できなかったことを示すメッセージです。
V3.3.1というバージョン番号は変わらずとも、マイナーアップデートされているのかもしれません。

現時点の情報ではこれ以上のことは分からないです。
どうしてもアップデートできないようでしたら、V3.5.1を使われることをお奨めします。

Commented by hamu 2013-10-31 15:51:55

ありがとうございます。
V3.5.1に変更してみます。
fedoraでは制限ある$mpirun -n 4 ./real.exeの部分やMPICH2のvi操作等はこのままfedora16のマニュアルを参考にしてもかまわないですか?

Commented by 悠 2013-11-01 19:30:04

>hamu氏
Fedora16では、MPICH2をyumでインストールしただけだと、mpirunやMPIライブラリが使えなかったように記憶しております。
仰るとおり、一部設定はFedora 16のマニュアルの方が良いと考えられます。

適宜参考にする・しないの取捨選択を行って貰うのがベストですが、行き詰まるようでしたらCentOSに変えた方が早いかもしれません。
Fedora 16は既に公式サポートされていないOSですし、私の方でも手元でもう確認することができませんので……。
CentOSはFedoraほど環境の変化はなく、長年のサポートが期待できます。
何度もOSを変えるのはご面倒かとは思いますが、ご検討ください。

Commented by hamu 2013-11-02 21:08:28

いつも返信ありがとうございます。
おかげさまではじめからやり直したらWRF/WPSなどのインストールは無事完了しました。
・WRF Domain Wizardのフリーズ(九州地方を拡大するところ)が多くなったのでGUIを使わないWPSをマニュアルどおりに動かそうと思っていたのですがこのような文がでます。

[ーーー@ーーー WPS]$ mv namelist.input geo_em.*.nc met_em.*.nc ~/Model/WRFV3/test/em_real
mv: `namelist.input' を stat できません: そのようなファイルやディレクトリはありません
なぜでしょうか。

Commented by hamu 2013-11-02 23:03:35

何度もすいません。
namelist.inputは何らかの形でWRFファイルに移動されていました。

今はWRFのファイルが出来上がるのを待っています。

Commented by hamu 2013-11-04 16:28:21

WRFファイルが完成して
./ARWpost.exeを起動させるところまできました

!!!!!!!!!!!!!!!!
ARWpost v3.1
!!!!!!!!!!!!!!!!
At line 93 of file gridinfo_module.f (unit = 10, file = 'namelist.ARWpost')
Fortran runtime error: Cannot match namelist object name io_form_input

最後の最後にこのようなエラーがでました。
io_form_inputがnamelistと合わないとういことですか?
ご教授ください。

Commented by 悠 2013-11-05 11:46:57

>hamu氏
io_form_inputはV3.1から削除されたパラメータです。
V3の設定をそのまま使うと表記のエラーが出ます。

V3.1の設定は、WRFV3.5.1バージョンの設定を参考にしてください。

Commented by hamu 2013-11-05 16:25:42

解決しました。ありがとうございます。
[ーーー@ーーー ARWpost]$ grads

Grid Analysis and Display System (GrADS) Version 2.0.1
Copyright (c) 1988-2011 by Brian Doty and the
Institute for Global Environment and Society (IGES)
GrADS comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY
See file COPYRIGHT for more information

Config: v2.0.1 little-endian readline printim grib2 netcdf hdf4-sds hdf5 opendap-grids athena geotiff shapefile
Issue 'q config' command for more detailed configuration information
Landscape mode? ('n' for portrait): open sample.ctl
GX Package Initialization: Size = 11 8.5
ga-> set t 10
SET Error: No files open yet
ga->

set t 10のところでファイルが開かないみたいなのでこちらの
解決方法もご教授ください。

Commented by 悠 2013-11-05 18:58:19

>hamu氏
まずはopenコマンドでctlファイルを開いてください。
その後でsetコマンドを使用しないと、GrADSではエラーとなります。

Commented by hamu 2013-11-05 19:21:18

勘違いでGradsコマンドを打ち込んでいたようです。
悠さんのおかげでサンプルの出力までたどり着けました。
本当にありがとうございました。
これからは別のサンプルデータをもとにやっていこうと思います。
短い間でしたがお世話になりました。
またわからないことがあったら質問させてください。

Commented by hamu 2013-11-13 19:30:26

ご無沙汰してますhamuです。
お忙しいとは思いますが質問させてください。
WPSの計算条件を設定する際の用語等を教えていただけると嬉しいです。
geogrid.exe内の
parent_id
parent_grid_ratio
i_parent_start
j_parent_start
e_we
e_sn
geog_data_res
dx
dy
ref_lat
ref_lon
true_lat
true_lat2
stand_lon
ref_x
ref_y
わかる範囲でいいので教えてください。
またndown.exeとreal.exeはどのような役割があるのでしょうか?

Commented by 悠 2013-11-15 14:37:12

>hamu氏
最近はWRFを使った実験を積極的に行っていないので、記憶を頼りに書くことになります。
裏付けが必要でしたら、本家WRFサイトのユーザーマニュアルをお読みいただくのが一番であることも申し添えておきます。

parent_id: ネストする際の親領域にあたるID。通常、1つ外側の領域のIDにあたる。最外領域の場合は0もしくは1。
parent_grid_ratio: 親領域の空間解像度に対する子領域の空間解像度。5であれば5倍細かいことを意味する。
i_parent_start: 親領域の東西方向の始点。
j_parent_start: 親領域の南北方向の始点。
e_we: 東西方向の格子数。
e_sn: 南北方向の格子数。
geog_data_res: 地図データの解像度。
dx: 東西方向の格子間距離。メートル単位。
dy: 南北方向の格子間距離。メートル単位。
ref_lat: 領域中央点の緯度。
ref_lon: 領域中央点の経度。
ref_x: 領域中央点の東西方向の格子点番号。
ref_y: 領域中央点の南北方向の格子点番号。

true_lat、true_lat2, stand_lonはメルカトル図法以外の図法(ランベルト図法、極投影図法等)で使用されるパラメータだったかと記憶しています。

ndown.exeはネスト実験で使用される実行ファイル、real.exeは初期値・境界値を含んだNetCDFファイルからWRF実行用に変換する実行ファイルだったはずです。

以上、ご参考までに。

Commented by hamu 2013-11-26 20:55:37

ご無沙汰しています。
他のサンプル資料を入手したのでそれをもとにやっています。
わからないことができたので時間があれば教えてください。
基本的にWRF等のインストールは終わっているのでWPSのvi namelist.wpsを編集すればいいと思うのですが...
このような感じでつまっています。
&share
wrf_core = 'ARW',
max_dom = 2,
start_date = '2006-08-16_12:00:00','2006-08-16_12:00:00',
end_date = '2006-08-16_18:00:00','2006-08-16_12:00:00',
interval_seconds = 21600
io_form_geogrid = 2,
/

&geogrid
parent_id = 1, 1,
parent_grid_ratio = 1, 3,
i_parent_start = 1, 31,
j_parent_start = 1, 17,
s_we = 1, 1,
e_we = 74, 112,
s_sn = 1, 1,
e_sn = 61, 97,
geog_data_res = '10m','2m',
dx = 30000,
dy = 30000,
map_proj = 'lambert',
ref_lat = 33.83
ref_lon = -81.03
truelat1 = 30.0,
truelat2 = 60.0,
stand_lon = -98,
geog_data_path = '../GEOG',
/

&ungrib
out_format = 'WPS',
prefix = 'FILE',
/
&metgrid
fg_name = 'FILE'
io_form_metgrid = 2,

という感じでgeogrid.exeは大丈夫なのですがungrib.exeで失パオしてしまいます。失敗画面は次のとおりです。
Subroutine DATINT: Interpolating 3-d files to fill in any missing data...
Looking for data at time 2006-08-16_12
ERROR: Data not found: 2006-08-16_12:00:00.0000
私が思うにFNLデータのリンク、リンク作成またはデータがみつからないと思うのですがどうでしょうか?
この場合、データ(2006-08-16_12:00:00:00.0000)というのをどこかでダウンロードしなければならないですか?

WRFというのは地形データや気象データはあるのでWPSを随時変更して使用するものでしょうか?
勘違いしていたら申し訳ないです。

Commented by hamu 2013-11-27 20:15:44

すいません。気象データはNCEPでダウンロードしました。
ダウンロードしたデータの中に2006-08-01-08-31のデータが入っているようなのですがこうなります。解決方法をご教授願います、、、
Subroutine DATINT: Interpolating 3-d files to fill in any missing data...
Looking for data at time 2006-08-16_12
Found file: FILE:2006-08-16_12
Looking for data at time 2006-08-16_18
ERROR: Data not found: 2006-08-16_18:00:00.0000

Commented by 悠 2013-11-29 13:50:06

>hamu氏
使用されている初期値データはNCEP-FNLですね。
2006年8月16日12時~18時の6時間積分の想定と判断しました。

この場合、12時のデータと18時のデータの2つをlink_grib.cshでリンクしてください。

WRFは気象計算ソフトウェアですので、WPSで初期値・境界値作りが必要になります。
ある日時の気象計算を行いたい場合は、その時刻の気象データをどこかから持ってきて(NCEP-FNL等)、WPSに読み込ませて初期値・境界値データを作る必要があります。
計算はできるけども、計算のもとになるデータはWRF/WPSだけではどうにもなりません。

Commented by hamu 2013-12-02 18:00:02

お返事、説明ありがとうございます。
2つのデータをリンクしてみたところ次のようなエラーが発生しました。。。
*** Starting program ungrib.exe ***
Start_date = 2006-08-16_12:00:00 , End_date = 2006-08-16_18:00:00
output format is WPS
Path to intermediate files is ./
ERROR: Grib2 file or date problem, stopping in edition_num.

Grib2とはなんでしょうか。

Commented by 悠 2013-12-05 11:23:05

>hamu氏
GRIBはアーカイブの圧縮形式で、バージョン1とバージョン2が存在します。
バージョン間には互換性がありませんので、適切な設定を行わないと表記のようなエラーが表示されます。

WPSを使用する場合、基本的にはバージョン1(GRIB1)を使用されることをお勧めします。
NCEPのWebサイトにもGRIB1とGRIB2の両バージョンが公開されているはずですので、GRIB1をダウンロードするようにしてください。

Commented by hamu 2013-12-05 19:22:44

NCEPから送られたデータによりますとGRIB2ということなので
NCEPでGRIB1バージョンも探してみました。
しかしありませんでした。
ありがとうござました。。。

Commented by hamu 2013-12-05 23:08:42

GRIB2をインストールする際に検索してみたところ
$ wget ftp://ftp.cpc.ncep.noaa.gov/wd51we/wgrib2/wgrib2.tgz
$ tar xzvf wgrib2
$ cd grib2/
$ make
# cp wgrib2/wgrib2 /usr/local/bin/ (パスの通ったディレクトリにコピー)を実行しました。
makeまではうまくいったのですが
次のcp(コピー)がうまくいきません。
cp: `wgrib2/wgrib2' を stat できません: そのようなファイルやディレクトリはありません
とでます

Commented by 悠 2013-12-06 10:53:04

>hamu氏
wgrib2のインストールについては不明ですが、makeの結果でwgrib2が生成されていない可能性が高いです。
また、GRIB2をWPSで使用するのであれば、WPSのインストールからやり直す必要がありますので、ご注意を。

GRIB1のFNLデータはこちらです。
http://rda.ucar.edu/datasets/ds083.2/index.html#sfol-wl-/data/ds083.2?g=1

Commented by hamu 2013-12-09 21:09:54

GRIB1のFNLデータ、本当に助かりました。
おかげさまでungrib.exeのとこから進むことができました。
今、参考にしているWRFのマニュアルなのですが入力データと出力データ日付時刻がメチャクチャでよくわかりません笑
例えばWPSで2006-08-16_12:00:00から2006-08-16_18:00:00の計算をしたいのにも関わらずWRFのnamelist.inputは2001-06-11_12:00:00から2001-06-12_12:00:00になっている。
また、WRFで生成されたwrfoutファイル名は2005-08-28_00:00:00になっている。このようによくわからないマニュアルになっています。。。
そこで質問なのですがWRF.exeを実行させたところwrfoutファイルが生成されないまま一瞬で終わってしまいます。
今のところWPSの計算条件viはこのとおりです。
&share
wrf_core = 'ARW',
max_dom = 2,
start_date = '2006-08-16_12:00:00','2006-08-16_12:00:00',
end_date = '2006-08-16_18:00:00','2006-08-16_18:00:00',
interval_seconds = 21600
io_form_geogrid = 2,
/

&geogrid
parent_id = 1, 1,
parent_grid_ratio = 1, 3,
i_parent_start = 1, 31,
j_parent_start = 1, 17,
s_we = 1, 1,
e_we = 74, 112,
s_sn = 1, 1,
e_sn = 61, 97,
geog_data_res = '10m','2m',
dx = 30000,
dy = 30000,
map_proj = 'lambert',
ref_lat = 34.83
ref_lon = -81.03
truelat1 = 30.0,
truelat2 = 60.0,
stand_lon = -98,
geog_data_path = '../GEOG',
/

&ungrib
out_format = 'WPS',
prefix = 'FILE',
/

&metgrid
fg_name = 'FILE'
io_form_metgrid = 2

WRFのvi namelist.inputはこのとおりです。
&time_control
run_days = 0,
run_hours = 6,
run_minutes = 0,
run_seconds = 0,
start_year = 2006, 2006,
start_month = 08, 08,
start_day = 16, 16,
start_hour = 12, 12,
start_minute = 00, 00,
start_second = 00, 00,
end_year = 2006, 2006,
end_month = 08, 08,
end_day = 16, 16,
end_hour = 18, 18,
end_minute = 00, 00,
end_second = 00, 00,
interval_seconds = 21600
input_from_file = .true., .true.,
history_interval = 180, 60,
frames_per_outfile = 1000, 1000,
restart = .false.,
restart_interval = 5000,
io_form_history = 2
io_form_restart = 2
io_form_input = 2
io_form_boundary = 2
debug_level = 0
/

&domains
time_step = 60,
time_step_fract_num = 0,
time_step_fract_den = 1,
max_dom = 2,
e_we = 74, 112,
e_sn = 61, 97,
e_vert = 28, 28,
p_top_requested = 5000,
num_metgrid_levels = 27,
num_metgrid_soil_levels = 2,
dx = 30000,
dy = 30000,
grid_id = 1, 2,
parent_id = 0, 1,
i_parent_start = 1, 31,
j_parent_start = 1, 17,
parent_grid_ratio = 1, 3,
parent_time_step_ratio = 1, 3,
feedback = 1,
smooth_option = 0,
/

&physics
mp_physics = 3, 3,
ra_lw_physics = 1, 1,
ra_sw_physics = 1, 1,
radt = 30, 30,
sf_sfclay_physics = 2, 2,
sf_surface_physics = 2, 2,
bl_pbl_physics = 2, 2,
bldt = 0, 0,
cu_physics = 1, 0,
cudt = 10, 10,
isfflx = 1,
ifsnow = 0,
icloud = 1,
surface_input_source = 1,
num_soil_layers = 4,
sf_urban_physics = 0, 0,
mp_zero_out = 2,
mp_zero_out_thresh = 1.e-8,
/

&fdda
/

&dynamics
w_damping = 0,
diff_opt = 0,
km_opt = 1,
diff_6th_opt = 0, 0,
diff_6th_factor = 0.12, 0.12,
base_temp = 290.,
damp_opt = 0,
zdamp = 5000., 5000.,
dampcoef = 0.2, 0.2,
khdif = 0, 0,
kvdif = 0, 0,
non_hydrostatic = .false., .true.,
moist_adv_opt = 1, 1,
scalar_adv_opt = 1, 1,
/

&bdy_control
spec_bdy_width = 5,
spec_zone = 1,
relax_zone = 4,
specified = .true., .false.,
nested = .false., .true.,
/

&grib2
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group = 0,
nio_groups = 1,
です。
悠さんのサンプルではMAPはmercatorで今使っているサンプルはlambertです。
どこかおかしい箇所がありましたご指摘ください。

Commented by 悠 2013-12-10 18:49:59

>hamu氏
wrfoutを吐かずに終わるということは、何かしらのエラーが生じているものと思います。
ただ、設定ファイルからそれを推測するのは困難です。
どのようなエラーがあったのかを書いてくださいませんでしょうか。

mercatorとlambertの違いは地図投影の仕方に表れます。
今回のエラーと関連性があるかどうか不明ですが、WPSが正しく動いていれば問題ないものと思います。

Commented by hamu 2013-12-10 20:33:18

WPSの./metgrid.exeまでは順調に進みmet_em.d01.2006-08-16_12:00:00.nc
met_em.d01.2006-08-16_18:00:00.nc
met_em.d02.2006-08-16_12:00:00.nc
met_em.d02.2006-08-16_18:00:00.ncは
確認済みです。
そしてWRFのテストランを実行するディレクトリに移動させ
namelist.inputを編集しました。

調べたところmpirun -n 4./real.exeを実行させて
wrfbdy、wrfinputが作成されるはずなんですが悠さんのマニュアルで作成したものしか見当たりませんでした。
これはreal.exeが何らかのエラーで作成できなかったためにwrf.exeもうまく稼働しなかったものだと思います。

少し疑問に思ったのですが作成されたファイル名は自動的に名前を決定されるのでしょうか?

また、mv namelist.input geo_em.*.nc met_em.*.nc ~/Model/WRFV3/test/em_realを実行させるときにnamelist.inputができませんとでます。これは悠さんのマニュアルをやったときに移動させたからと解釈しています。これは間違いでしょうか?

新しくnamelistを作成して移動ということなんでしょうか?

私自身どうしてエラーになったのかわからないのでこのようなことしかわかりません。何かご指摘があればお願いします。

Commented by 悠 2013-12-13 11:36:03

>hamu氏
namelist.inputは、もともとWRFのtestランディレクトリの下に置かれているものです。
DomainWizardを使ってWPSを実行した場合にのみ、DomainWizardがWPSの設定にあわせてnamelist.inputを自動出力していました。

ですので、コマンドラインから実行する場合にはnamelist.inputは手動で設定する必要があります。
勿論、実験毎にnamelist.inputは書き換える必要がありますので、コピーしたり保存したりも自分自身で管理する必要があります。

mpirun -np 4 ./real.exeを実行されたならば、マニュアルにあります通り、rslファイルに標準出力やエラー出力が保存されます。
このファイルは単なるテキストファイルですので、適当なエディタで見ることができます。
real.exeがエラーになった理由はこの中に書かれていると思います。

また、出力ファイル名は基本的に自動で決まります。
設定次第でファイル名の変更もできるかと思いますが、私は必要としなかったので、設定の方法は分かりません。

Commented by hamu 2013-12-13 15:44:00

お返事ありがとうございます。
rslファイルを確認したのですが悠さんのマニュアルで使ったサンプルデータ2000年の記述しかなかったです。これは単にreal.exe自体がなんらかの問題で作動しないのでしょうか。
自分なりに解決方法を模索してみます。

Commented by hamu 2014-01-18 18:27:05

お久しぶりです。
少しお聞きしたいのですがサンプル図の地表面温度を塗りつぶしたバージョン?にはできるのでしょうか?(今では囲った線だけなので)
もしありましたらGrADSのコマンドを教えていただきたいです。

Commented by 悠 2014-01-23 23:42:41

>hamu氏
目的はシェードの図でしょうか?
であれば、set gxout shadedでシェード出力にしてください。

Commented by くろさわ 2014-10-10 20:57:19

はじめまして。
いま大学の研究でWRFを使うため
導入途中なのですがコンパイル時に
このように
エラー 無視されましたと連発します。
お忙しいと思われますが、時間があるときに、なにか教えて貰えれば幸いです。


/tmp/ifortxIMBDw.i90(1261): catastrophic error: Too many errors, exiting
compilation aborted for ../share/module_io_domain.f90 (code 1)
make[1]: [../share/module_io_domain.o] エラー 1 (無視されました)
rm -f ../share/module_get_file_names.o
/lib/cpp -C -P -I/home/user/WRFV3/inc -DEM_CORE=1 -DNMM_CORE=0 -DNMM_MAX_DIM=2600 -DCOAMPS_CORE=0 -DDA_CORE=0 -DEXP_CORE=0 -DIWORDSIZE=4 -DDWORDSIZE=8 -DRWORDSIZE=4 -DLWORDSIZE=4 -DNONSTANDARD_SYSTEM_FUNC -DWRF_USE_CLM -DDM_PARALLEL -DNETCDF -DUSE_ALLOCATABLES -DGRIB1 -DINTIO -DLIMIT_ARGS -DCONFIG_BUF_LEN=65536 -DMAX_DOMAINS_F=21 -DMAX_HISTORY=25 -DNMM_NEST=0 -I. -traditional -D_OPENMP ../share/module_get_file_names.F > ../share/module_get_file_names.bb
/home/user/WRFV3/tools/standard.exe ../share/module_get_file_names.bb | /lib/cpp -C -P > ../share/module_get_file_names.f90
/bin/sh: ../share/module_get_file_names.f90: 許可がありません
make[1]: [../share/module_get_file_names.o] エラー 1 (無視されました)
rm -f ../share/module_get_file_names.b ../share/module_get_file_names.bb
ifort -o ../share/module_get_file_names.o -c -O3 -ip -fp-model precise -w -ftz -align all -fno-alias -FR -convert big_endian -openmp -fpp -auto -I../dyn_em -I../dyn_nmm -I/home/user/WRFV3/external/esmf_time_f90 -I/home/user/WRFV3/main -I/home/user/WRFV3/external/io_netcdf -I/home/user/WRFV3/external/io_int -I/home/user/WRFV3/frame -I/home/user/WRFV3/share -I/home/user/WRFV3/phys -I/home/user/WRFV3/chem -I/home/user/WRFV3/inc -I/usr/local//include -i4 ../share/module_get_file_names.f90
rm -f ../share/module_soil_pre.o
/lib/cpp -C -P -I/home/user/WRFV3/inc -DEM_CORE=1 -DNMM_CORE=0 -DNMM_MAX_DIM=2600 -DCOAMPS_CORE=0 -DDA_CORE=0 -DEXP_CORE=0 -DIWORDSIZE=4 -DDWORDSIZE=8 -DRWORDSIZE=4 -DLWORDSIZE=4 -DNONSTANDARD_SYSTEM_FUNC -DWRF_USE_CLM -DDM_PARALLEL -DNETCDF -DUSE_ALLOCATABLES -DGRIB1 -DINTIO -DLIMIT_ARGS -DCONFIG_BUF_LEN=65536 -DMAX_DOMAINS_F=21 -DMAX_HISTORY=25 -DNMM_NEST=0 -I. -traditional -D_OPENMP ../share/module_soil_pre.F > ../share/module_soil_pre.bb
/home/user/WRFV3/tools/standard.exe ../share/module_soil_pre.bb | /lib/cpp -C -P > ../share/module_soil_pre.f90
/bin/sh: ../share/module_soil_pre.f90: 許可がありません
make[1]: [../share/module_soil_pre.o] エラー 1 (無視されました)
rm -f ../share/module_soil_pre.b ../share/module_soil_pre.bb
ifort -o ../share/module_soil_pre.o -c -O3 -ip -fp-model precise -w -ftz -align all -fno-alias -FR -convert big_endian -openmp -fpp -auto -I../dyn_em -I../dyn_nmm -I/home/user/WRFV3/external/esmf_time_f90 -I/home/user/WRFV3/main -I/home/user/WRFV3/external/io_netcdf -I/home/user/WRFV3/external/io_int -I/home/user/WRFV3/frame -I/home/user/WRFV3/share -I/home/user/WRFV3/phys -I/home/user/WRFV3/chem -I/home/user/WRFV3/inc -I/usr/local//include -i4 ../share/module_soil_pre.f90
../share/module_soil_pre.f90(56): error #7002: Error in opening the compiled module file. Check INCLUDE paths. [MODULE_DATE_TIME]
USE module_date_time
-------^
../share/module_soil_pre.f90(1199): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type. [START_DATE]
ELSE IF ( ( num .LE. 0 ) .AND. ( start_date .NE. current_date ) ) THEN
---------------------------------------^
../share/module_soil_pre.f90(1199): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type. [CURRENT_DATE]
ELSE IF ( ( num .LE. 0 ) .AND. ( start_date .NE. current_date ) ) THEN
-------------------------------------------------------^
compilation aborted for ../share/module_soil_pre.f90 (code 1)
make[1]: [../share/module_soil_pre.o] エラー 1 (無視されました)
rm -f ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.o
/lib/cpp -C -P -I/home/user/WRFV3/inc -DEM_CORE=1 -DNMM_CORE=0 -DNMM_MAX_DIM=2600 -DCOAMPS_CORE=0 -DDA_CORE=0 -DEXP_CORE=0 -DIWORDSIZE=4 -DDWORDSIZE=8 -DRWORDSIZE=4 -DLWORDSIZE=4 -DNONSTANDARD_SYSTEM_FUNC -DWRF_USE_CLM -DDM_PARALLEL -DNETCDF -DUSE_ALLOCATABLES -DGRIB1 -DINTIO -DLIMIT_ARGS -DCONFIG_BUF_LEN=65536 -DMAX_DOMAINS_F=21 -DMAX_HISTORY=25 -DNMM_NEST=0 -I. -traditional -D_OPENMP ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.F > ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.bb
/home/user/WRFV3/tools/standard.exe ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.bb | /lib/cpp -C -P > ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90
/bin/sh: ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90: 許可がありません
make[1]: [../dyn_em/module_big_step_utilities_em.o] エラー 1 (無視されました)
rm -f ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.b ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.bb
ifort -o ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.o -c -O3 -ip -fp-model precise -w -ftz -align all -fno-alias -FR -convert big_endian -openmp -fpp -auto -I../dyn_em -I../dyn_nmm -I/home/user/WRFV3/external/esmf_time_f90 -I/home/user/WRFV3/main -I/home/user/WRFV3/external/io_netcdf -I/home/user/WRFV3/external/io_int -I/home/user/WRFV3/frame -I/home/user/WRFV3/share -I/home/user/WRFV3/phys -I/home/user/WRFV3/chem -I/home/user/WRFV3/inc -I/usr/local//include -i4 ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(59): error #7002: Error in opening the compiled module file. Check INCLUDE paths. [MODULE_CONFIGURE]
USE module_configure, ONLY : grid_config_rec_type
-------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(68): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type ) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(185): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type ) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(929): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(1499): error #6406: Conflicting attributes or multiple declaration of name. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(1689): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type ) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(1797): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(1964): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2032): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2109): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2162): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2216): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2276): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2360): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2445): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2655): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2822): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(2989): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type) , INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(3411): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(3511): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN ) :: config_flags
--------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(3820): error #6457: This derived type name has not been declared. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
TYPE(grid_config_rec_type), INTENT(IN) &
---------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(59): error #6580: Name in only-list does not exist. [GRID_CONFIG_REC_TYPE]
USE module_configure, ONLY : grid_config_rec_type
--------------------------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(91): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type. [CONFIG_FLAGS]
if(config_flags%periodic_x) im = its-1
------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(91): error #6460: This is not a field name that is defined in the encompassing structure. [PERIODIC_X]
if(config_flags%periodic_x) im = its-1
-------------------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(91): error #6341: A logical data type is required in this context. [PERIODIC_X]
if(config_flags%periodic_x) im = its-1
-------------------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(103): error #6341: A logical data type is required in this context. [PERIODIC_X]
if(config_flags%periodic_x) im = ite
-------------------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(115): error #6341: A logical data type is required in this context. [PERIODIC_X]
if(config_flags%periodic_x) im = its-1
-------------------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(121): error #6341: A logical data type is required in this context. [PERIODIC_X]
if(config_flags%periodic_x) im = ite
-------------------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(142): error #6460: This is not a field name that is defined in the encompassing structure. [PERIODIC_Y]
if(config_flags%periodic_y) jm = jts-1
-------------------------^
../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90(142): error #6341: A logical data type is required in this context. [PERIODIC_Y]
if(config_flags%periodic_y) jm = jts-1
-------------------------^
/tmp/ifortHa6vi2.i90(3929): catastrophic error: Too many errors, exiting
compilation aborted for ../dyn_em/module_big_step_utilities_em.f90 (code 1)
make[1]: [../dyn_em/module_big_step_utilities_em.o] エラー 1 (無視されました)
make[1]: *** `ndown_em.o' に必要なターゲット `/home/user/WRFV3/external/esmf_time_f90/module_utility.o' を make するルールがありません. 中止.

Commented by 悠 2014-10-14 10:17:31

>くろさわ氏
はじめまして。

お書きいただいたエラーについてですが、「許可がありません」と書かれた部分はいくつか要因が考えられます。

エラーが起きるタイミングは、元のソースファイルである*.Fから、プリプロセッサを通して*.f90を生成する際のようです。
エラーが起きたときに、*.bbファイルや*.f90ファイルは生成されていますか?
/home/user/WRFV3/tools/standard.exeを利用するようですが、このファイルはありますでしょうか?

考えられる要因としては、環境設定がよくない、このエラーメッセージ以前に何かエラーによって出力されているべきファイルが足りない、ファイルやディレクトリの書き込み権限が足りていない、等が挙げられます。
差支えなければWRFのconfigureの設定情報と、OSの環境を教えてください。

Commented by カイ 2014-10-23 21:02:15

はじめまして。
初投稿させてもらうかいです。
2012年3月1日版を参考に計算しようとしています。
WRFV3/test/em_realにあるNCファイルは計算毎に消去するのでしょうか?それともWRF DOMEIN WIZARD で作成したnamelist.input及びncファイルは計算毎に作成されたファイルはそのまま置いといてもいいのでしょうか?
また再計算するときに気をつける点でもあれば教えていただきたいです。
初歩的な質問だと思われますが、お時間有られるときに返信してもらえると幸いです。よろしくお願いいたします。

Commented by 悠 2014-10-30 01:35:42

>カイ氏
はじめまして。

再計算されるときは、ncファイルは消去しておくか別の場所に移動しておいたほうが間違いは少ないかと思います。
再計算のときに限定するものではないですが、namelist.inputは実行毎にとっておいたほうがあとあと見直すときに便利です。
慣れてくれば、どれを残しておいたほうがよいかわかるようになるかと思います。

Commented by カイ 2014-10-30 16:23:19

悠さん
返信ありがとうございます。
WRF初心者なもので助かりました。
また分からないことがあったらお邪魔させてもらいますがよろしくお願いいたします。お世話になりました。

Commented by カイ 2014-11-27 14:43:58

度々質問になるのですが、WRFで計算の上でWRFは海と陸をしっかり細かく識別して計算してくれるのでしょうか?
東京湾の計算を最終目的としているため、東京湾は入り組んでいるため気になりました。そしてどのように陸域と水域を分けて計算しているかも知りたいです。
また空間解像度をあげるとどのような効果が得られるのかも教えていただきたいです。 よろしくお願いいたします。

Commented by カイ 2014-11-27 14:54:48

もう一つ質問を追加させていただきたいのですが、
WRF Preprocessing System (WPS) Geographical Input Data Downloadsで取り扱っている地形データはGTOPO30で合っていますか?よろしくお願いいたします。

Commented by 悠 2014-12-01 19:13:52

>カイ氏
海陸の違いはもちろんありますが、陸と海の境を分けるのは地形ではなく土地利用データだったと思います。
海抜が0メートルでも、陸地である場所はありますので。
WRFではデフォルトではGTOPO30を使用するようになっていたかと思います。

空間解像度を細かくすることで、急峻な山を表現しやすくなる、土地利用を細かくできる可能性があります。
しかし勿論、元の地形・土地利用データの解像度に依存しますし、スキームの限界もありえます。
このあたりを一括りに論じることはできませんので、高解像度モデルを利用した論文などをご参照ください。

Commented by カイ 2014-12-03 16:36:35

悠さん

ものすごく助かりました。
有難うございました。

また分からないことがあったらお邪魔させてもらいますがよろしくお願いいたします。

Commented by カイ 2014-12-08 17:20:17

悠さん
WRFの計算で ds083.2 - 'NCEP FNL Operational Model Global Tropospheric Analyses, continuing from July 1999'からFNLデータを取ってきて計算しているのですが、現況再現がまったくできません。WRFでうまく過去の風を計算するには、どのようなことを気をつけたらいいとかあれば教えてもらいたいです。

Commented by カイ 2014-12-08 18:17:07

あとGRADSで風を表示する時に風速の方向と長さ(風強)は出すのは分かるのですが、風の強さを具体的な数字やグラフで出すにはどのようなコマンドを入れれば出せるのかを知っていたら教えていただきたいです。 よろしくお願いいたします。

Commented by ace128 2014-12-10 10:39:08

はじめまして。
ace128です。

namelist.inputの
mp_zero_out = 2,
mp_zero_out_thresh = 1.e-8,
この2つの意味をご存知でしたら教えてください。

Commented by 悠 2014-12-11 18:21:23

>カイ氏
現況再現ができない場合、必要なデータが足りないのかもしれません。
風は気圧=密度場の差で生まれますが、この密度場を再現できていないかもしれません。
例えば対流活動が活発な場では、雲の生成消滅に伴って密度場が変わり、風が生まれます。
この雲の生成消滅に必要な鉛直流や雲粒などのデータがなく、対流活動を表現できない結果、風が現況から変わっているのかもしれません。
何が必要なのかはケースバイケースですので、現況に最も影響を及ぼしていると思われる気象現象を検討し、それを再現できているか、再現するにはどうすればよいか、という視点で実験すべきかと思います。

GrADSで風の強さを表現するというのは、UとVの二乗平方和ということでしょうか。
これはsqrt( u*u + v*v )というように平方根関数を使って計算して表現するのが一般的かと思います。

Commented by 悠 2014-12-11 18:32:56

>ace128氏
はじめまして。

WRFのmp_zero_outというのは、雲微物理(MicroPhysics)スキームにおいて微小な雲物質の値をゼロに丸め込むものです。
mp_zero_out_thershはその閾値で、”微小な値”というのものを判定します。
mp_zero_outには1か2の値を設定し、水蒸気が非負値であることを保証するか否かの違いがあります。2はこれを保証する設定です。

Commented by カイ 2014-12-11 18:57:41

悠さん
有難うございました。データをよく確認したいと思います。
貴重なお時間本当にありがとうございました。

Commented by ace128 2014-12-12 15:45:23


悠さん

教えていただきありがとうございます。

Commented by ace128 2014-12-13 20:41:40

ace128です。

悠さん
wrfで一度ネスティングを行った後、再び2回目のネスティングを行う方法をご存じでしょうか?ご存じでしたら教えていただきたいです。

Commented by カイ 2014-12-17 18:00:11

いつもお世話になっています。
WRFの計算で地表から何メートルの場所で計算しているというのは
どの場所で設定するのですか?(地表から10メートル上の風を計算など)
例えばFNLデータをもってくるところで設定するのか、ネームリストを編集するのか、それとも計算は何層もしていてGRADSで層を指定して表示するのか?ということを教えていただきたいです。
もしわかるのであれば、そのやり方も教えてください。
いつも質問ばかりで申し訳ありません。

Commented by 悠 2014-12-20 12:12:02

>ace128氏
2回目のネスティングというのは、つまり親ドメイン、子ドメイン、孫ドメインの合計3領域で計算したいということでしょうか。
それでしたら、WPSやWRFのnamelistを親ドメイン、子ドメインの2つを記述している箇所に、孫ドメイン用の設定を追記することで対応できます。

Commented by ace128 2014-12-20 12:20:23

悠さん
そうです。real.exeまでは、実行できたのですがndown.exeが実行できませんでした。

Commented by 悠 2014-12-20 12:20:24

>カイ氏
WRFの高度設定は、namelistで鉛直層数と最大高度を指定します。
高度10Mというのは、モデル計算において非常に低い値であり、乱流や山岳その他の影響によってしばしば数値不安定が起きます。
そのため、この高度で風を直接解くようなことはあまりしません。

ですので、通常再解析データなどで目にする10M高度風というのは、モデル最下層の風速と地表面の情報を使い、オブコフの相似則によって診断的に計算しています。
そういった診断量を計算する箇所はWRF本体ではなく、ARWpostという後処理プログラムで行っています。
この変換処理によってUのほかに、U10という変数もでてきます。

Commented by 悠 2014-12-20 12:27:57

>ace128氏
エラー内容が分からないので実行できない理由は不明ですが、WPSから全て設定を見直してみてください。
設定箇所が抜けていると動かなくなります。

他、DomainWizardというJAVAを利用したGUIプログラムで、視覚的にドメインを生成することもできます。
このGUIプログラムであれば、整合的なネスティング設定を行うことができるので、3段ネストも比較的楽に設定できます。
ご利用になったことがありましたらお試しください。

Commented by ace128 2014-12-20 12:44:20

悠さん、ありがとうございます。
real.exeを実行したときにwrf_inputがd02とd03が生成されたのですが、これをどう変更すればよいでしょうか。

Commented by ace128 2014-12-21 00:51:39

悠さん
 ndown.exeも実行でき、wrf.exeを実行したのですが、次のエラーが出ました。
 FATAL CALLED FROM FILE LINE:1885
QG,QG(NK).LT.0
このエラーの原因をご存じでしょうか?

Commented by カイ 2014-12-22 17:30:36

悠さん
ありがとうございます。
そうなのですね。勉強になります!
namelistの編集ははWPSそれともWRFのnamelistでしょうか?
あとそれはなんていう英語名のところをどのように編集すればいいのでしょうか?

Commented by 悠 2014-12-24 22:00:47

>ace128氏
3段ネストの場合、d01, d02, d03の3領域分のファイルが生成されるはずです。
wrf_inputのd02やd03だけ生成されたのであればバグですが、d01も含めて3領域分あるならば問題ありません。

QGがゼロ未満ということは、雲微物理におけるGraupel (雪あられ)の値がおかしいということです。
これが出るエラーは様々考えられますが、一つの可能性としてはファイルを正常に読み込めていないというものがあげられます。
3段ネストで生成されたinputファイルが、正しくデータを書き出せていないとしたらそのようなエラーも考えられます。

Commented by 悠 2014-12-24 22:03:27

>カイ氏
U10やV10を出すだけであれば、本ユーザガイドの通りにARWpostを実行すると出力されます。
ARWpostのサンプルのところで、GrADSを使って表示しているベクトルはU10, V10です。
現在、ioのplotがall_listになってますので、全て書き出すという設定になっています。
詳しい情報は本家の英語ユーザガイドにて、パラメータをご確認ください。

Commented by ace128 2014-12-25 12:05:22

悠さん

ありがとうございます。
それと、wrfのu,vの正の向きは西風等のどれでしょうか?

Commented by 悠 2014-12-28 15:22:11

>ace128氏
U,Vの正の向きは、西風、南風をとっています。

Commented by ace128 2014-12-28 22:05:01

悠さん
ありがとうございます。

Commented by カイ 2015-01-15 19:03:12

昨年は色々とありがとうございました。
質問なのですが、時系列の風速と風向のグラフをつくりたいのですが、GRADSなら風向と風速のベクトルは作れるのはわかるのですが、
数字で風の結果を見たいのですが、それらの見方をわかりませんか?よろしくお願いします。

Commented by 悠 2015-01-23 13:24:42

>カイ氏
風の時系列図を作るのであれば、まず風の強さは単純にUVの平方和で説明できると思います。
風向については、UとVのベクトルがどの方向を向いているのかを、8方位、16方位、36方位に直すのが一般的かと思います。
これを時系列で描くのがよくあるやり方ではないでしょうか。
方位角については気象庁が出している気象観測の手引き(下記PDF)等をご参照ください。
http://www.jma.go.jp/jma/kishou/know/kansoku_guide/tebiki.pdf

Commented by tomi 2016-12-13 14:04:57

WRFのインスールがうまくいかず、インターネットを調べていたのですが、それで内容を見てすこしアドバイスしていただきたいなと思い、失礼ながらメールさせていただきました。
ubuntuでのWRFインストールの途中のWPSのコンパイルがどうしてもうまくいかず、ネットの載っている通りに何回かしたのですが、 ungrib.exeだけは入るのですがgeogrid.exeとmetgrid.exeがうまく入らずgeogrid.compileだけすると最後の 箇所が

    -L/home/tominaka/Build_WRF/WPS/../WRFV3/external/io_grib1 -lio_grib1 -L/home/tominaka/Build_WRF/WPS/../WRFV3/external/io_grib_share -lio_grib_share -L/home/tominaka/Build_WRF/WPS/../WRFV3/external/io_int -lwrfio_int -L/home/tominaka/Build_WRF/WPS/../WRFV3/external/io_netcdf -lwrfio_nf -L/home/tominaka/Build_WRF/WPS/netcdf_links/lib  -lnetcdf \
    
make[1]: g95: コマンドが見つかりませんでした
Makefile:13: ターゲット 'geogrid.exe' のレシピで失敗しました
make[1]: [geogrid.exe] エラー 127 (無視されました)
このようになります。またMACでもためしてみたのですが
-L/Users/suzuki/Downloads/WRF/WRFV3/external/io_grib_share -lio_grib_share -L/Users/suzuki/Downloads/WRF/WRFV3/external/io_int -lwrfio_int -L/Users/suzuki/Downloads/WRF/WRFV3/external/io_netcdf -lwrfio_nf -L/lib -lnetcdf \
ld: warning: directory not found for option '-L/lib'
ld: library not found for -lnetcdf
collect2: エラー: ld はステータス 1 で終了しました
make[1]: [metgrid.exe] Error 1 (ignored)


となってしまいます。MACの方はファイルがないのはわかるのですが、どの段階でそのファイルが生成されなければ良いのかまた、どのように生成するのかがわかりません。
失礼かと思いますがアドバイスしていただけたらと思います。
お願いいたします。


Commented by 悠 2016-12-14 14:47:46

>tomi氏
はじめまして、管理人の悠です。
ubuntuのほうではコマンドが見つからないと出ていますが、何かしら不足がある可能性が高いです。
ただ、書かれている情報から何が足りないかを推測することはできません。
よろしければ、make実行時の最後の数十行程度を記述してみてください。

Macのほうはnetcdfが見つからず、/libというディレクトリもないとなっています。
netcdfに関する環境設定がうまく為されていないように見えます。
環境変数でNETCDFなどを適切に設定してみてください。

Commented by Seikichi Izumi 2017-05-18 10:06:34

大変かつてなお願いですが、次の件についてのアドバイスをお願い申し上げます。
CentOS 6.8 64bit上でARWpost_V3.tar.gzのコンパイルは可能(gfortran with gcc ver.4.4.7)
CentOS 7.3 64bit 上でARWpost_V3.tar.gzのコンパイルすると次のようなgfortranエラーがでるのは何故でしようか
(gfortran with gcc ver.4.8.5)
**** Compiling ARWpost ****

/bin/rm -f module_model_basics.o module_model_basics.mod
/bin/cp module_model_basics.f90 module_model_basics.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_model_basics.f
/bin/rm -f module_model_basics.f
/bin/rm -f constants_module.o constants_module.mod
/bin/cp constants_module.f90 constants_module.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c constants_module.f
/bin/rm -f constants_module.f
/bin/rm -f misc_definitions_module.o misc_definitions_module.mod
/bin/cp misc_definitions_module.f90 misc_definitions_module.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c misc_definitions_module.f
/bin/rm -f misc_definitions_module.f
/bin/rm -f module_debug.o module_debug.mod
/bin/cp module_debug.f90 module_debug.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_debug.f
/bin/rm -f module_debug.f
/bin/rm -f module_get_file_names.o module_get_file_names.mod
/lib/cpp -C -P -traditional -DIO_NETCDF -DIO_GRIB1 -DIO_BINARY -DRECL4 -Dbytesw module_get_file_names.F90 > module_get_file_names.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_get_file_names.f
module_get_file_names.f:1.1:

/* Copyright (C) 1991-2012 Free Software Foundation, Inc.
1
Error: Invalid character in name at (1)
module_get_file_names.f:2.3:

This file is part of the GNU C Library.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:4.3:

The GNU C Library is free software; you can redistribute it and/or
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:4.39:

The GNU C Library is free software; you can redistribute it and/or
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:5.3:

modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:6.3:

License as published by the Free Software Foundation; either
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:6.57:

License as published by the Free Software Foundation; either
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:7.3:

version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:9.3:

The GNU C Library is distributed in the hope that it will be useful,
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:10.3:

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:10.29:

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:11.3:

MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:12.3:

Lesser General Public License for more details.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:14.3:

You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:15.3:

License along with the GNU C Library; if not, see
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:15.41:

License along with the GNU C Library; if not, see
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:16.4:

. */
1
Error: Invalid character in name at (1)
module_get_file_names.f:19.1:

/* This header is separate from features.h so that the compiler can
1
Error: Invalid character in name at (1)
module_get_file_names.f:20.3:

include it implicitly at the start of every compilation. It must
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:21.3:

not itself include or any other header that includes
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:22.4:

because the implicit include comes before any feature
1
Error: Invalid character in name at (1)
module_get_file_names.f:23.3:

test macros that may be defined in a source file before it first
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:24.3:

explicitly includes a system header. GCC knows the name of this
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:25.3:

header in order to preinclude it. */
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
module_get_file_names.f:27.1:

/* We do support the IEC 559 math functionality, real and complex. */
1
Error: Invalid character in name at (1)
Fatal Error: Error count reached limit of 25.
make: [module_get_file_names.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f module_get_file_names.f
/bin/rm -f gridinfo_module.o gridinfo_module.mod
/bin/cp gridinfo_module.f90 gridinfo_module.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c gridinfo_module.f
gridinfo_module.f:12.7:

USE module_get_file_names
1
Fatal Error: Can't open module file 'module_get_file_names.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: [gridinfo_module.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f gridinfo_module.f
/bin/rm -f module_date_pack.o module_date_pack.mod
/bin/cp module_date_pack.f90 module_date_pack.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_date_pack.f
/bin/rm -f module_date_pack.f
/bin/rm -f input_module.o input_module.mod
/bin/cp input_module.f90 input_module.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c input_module.f
input_module.f:3.7:

USE gridinfo_module
1
Fatal Error: Can't open module file 'gridinfo_module.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: [input_module.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f input_module.f
/bin/rm -f module_arrays.o module_arrays.mod
/bin/cp module_arrays.f90 module_arrays.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_arrays.f
module_arrays.f:75.6:

USE gridinfo_module
1
Fatal Error: Can't open module file 'gridinfo_module.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: [module_arrays.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f module_arrays.f
/bin/rm -f module_pressure.o module_pressure.mod
/bin/cp module_pressure.f90 module_pressure.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_pressure.f
/bin/rm -f module_pressure.f
/bin/rm -f module_interp.o module_interp.mod
/bin/cp module_interp.f90 module_interp.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_interp.f
module_interp.f:3.7:

USE input_module
1
Fatal Error: Can't open module file 'input_module.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: [module_interp.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f module_interp.f
/bin/rm -f output_module.o output_module.mod
/lib/cpp -C -P -traditional -DIO_NETCDF -DIO_GRIB1 -DIO_BINARY -DRECL4 -Dbytesw output_module.F90 > output_module.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c output_module.f
output_module.f:1.1:

/* Copyright (C) 1991-2012 Free Software Foundation, Inc.
1
Error: Invalid character in name at (1)
output_module.f:2.3:

This file is part of the GNU C Library.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:4.3:

The GNU C Library is free software; you can redistribute it and/or
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:4.39:

The GNU C Library is free software; you can redistribute it and/or
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:5.3:

modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:6.3:

License as published by the Free Software Foundation; either
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:6.57:

License as published by the Free Software Foundation; either
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:7.3:

version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:9.3:

The GNU C Library is distributed in the hope that it will be useful,
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:10.3:

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:10.29:

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:11.3:

MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:12.3:

Lesser General Public License for more details.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:14.3:

You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:15.3:

License along with the GNU C Library; if not, see
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:15.41:

License along with the GNU C Library; if not, see
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:16.4:

. */
1
Error: Invalid character in name at (1)
output_module.f:19.1:

/* This header is separate from features.h so that the compiler can
1
Error: Invalid character in name at (1)
output_module.f:20.3:

include it implicitly at the start of every compilation. It must
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:21.3:

not itself include or any other header that includes
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:22.4:

because the implicit include comes before any feature
1
Error: Invalid character in name at (1)
output_module.f:23.3:

test macros that may be defined in a source file before it first
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:24.3:

explicitly includes a system header. GCC knows the name of this
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:25.3:

header in order to preinclude it. */
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
output_module.f:27.1:

/* We do support the IEC 559 math functionality, real and complex. */
1
Error: Invalid character in name at (1)
Fatal Error: Error count reached limit of 25.
make: [output_module.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f output_module.f
/bin/rm -f module_basic_arrays.o module_basic_arrays.mod
/bin/cp module_basic_arrays.f90 module_basic_arrays.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_basic_arrays.f
module_basic_arrays.f:3.6:

USE gridinfo_module
1
Fatal Error: Can't open module file 'gridinfo_module.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: [module_basic_arrays.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f module_basic_arrays.f
/bin/rm -f module_calc_height.o module_calc_height.mod
/bin/cp module_calc_height.f90 module_calc_height.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_height.f
/bin/rm -f module_calc_height.f
/bin/rm -f module_calc_pressure.o module_calc_pressure.mod
/bin/cp module_calc_pressure.f90 module_calc_pressure.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_pressure.f
/bin/rm -f module_calc_pressure.f
/bin/rm -f module_calc_tk.o module_calc_tk.mod
/bin/cp module_calc_tk.f90 module_calc_tk.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_tk.f
/bin/rm -f module_calc_tk.f
/bin/rm -f module_calc_tc.o module_calc_tc.mod
/bin/cp module_calc_tc.f90 module_calc_tc.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_tc.f
/bin/rm -f module_calc_tc.f
/bin/rm -f module_calc_theta.o module_calc_theta.mod
/bin/cp module_calc_theta.f90 module_calc_theta.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_theta.f
/bin/rm -f module_calc_theta.f
/bin/rm -f module_calc_td.o module_calc_td.mod
/bin/cp module_calc_td.f90 module_calc_td.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_td.f
/bin/rm -f module_calc_td.f
/bin/rm -f module_calc_td2.o module_calc_td2.mod
/bin/cp module_calc_td2.f90 module_calc_td2.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_td2.f
/bin/rm -f module_calc_td2.f
/bin/rm -f module_calc_rh.o module_calc_rh.mod
/bin/cp module_calc_rh.f90 module_calc_rh.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_rh.f
/bin/rm -f module_calc_rh.f
/bin/rm -f module_calc_rh2.o module_calc_rh2.mod
/bin/cp module_calc_rh2.f90 module_calc_rh2.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_rh2.f
/bin/rm -f module_calc_rh2.f
/bin/rm -f module_calc_uvmet.o module_calc_uvmet.mod
/bin/cp module_calc_uvmet.f90 module_calc_uvmet.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_uvmet.f
/bin/rm -f module_calc_uvmet.f
/bin/rm -f module_calc_slp.o module_calc_slp.mod
/bin/cp module_calc_slp.f90 module_calc_slp.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_slp.f
/bin/rm -f module_calc_slp.f
/bin/rm -f module_calc_dbz.o module_calc_dbz.mod
/bin/cp module_calc_dbz.f90 module_calc_dbz.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_dbz.f
/bin/rm -f module_calc_dbz.f
/bin/rm -f module_calc_cape.o module_calc_cape.mod
/bin/cp module_calc_cape.f90 module_calc_cape.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_cape.f
/bin/rm -f module_calc_cape.f
/bin/rm -f module_calc_wdir.o module_calc_wdir.mod
/bin/cp module_calc_wdir.f90 module_calc_wdir.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_wdir.f
/bin/rm -f module_calc_wdir.f
/bin/rm -f module_calc_wspd.o module_calc_wspd.mod
/bin/cp module_calc_wspd.f90 module_calc_wspd.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_wspd.f
/bin/rm -f module_calc_wspd.f
/bin/rm -f module_calc_clfr.o module_calc_clfr.mod
/bin/cp module_calc_clfr.f90 module_calc_clfr.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_calc_clfr.f
/bin/rm -f module_calc_clfr.f
/bin/rm -f module_diagnostics.o module_diagnostics.mod
/bin/cp module_diagnostics.f90 module_diagnostics.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_diagnostics.f
module_diagnostics.f:6.6:

USE output_module
1
Fatal Error: Can't open module file 'output_module.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: [module_diagnostics.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f module_diagnostics.f
/bin/rm -f process_domain_module.o process_domain_module.mod
/lib/cpp -C -P -traditional -DIO_NETCDF -DIO_GRIB1 -DIO_BINARY -DRECL4 -Dbytesw process_domain_module.F90 > process_domain_module.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c process_domain_module.f
process_domain_module.f:1.1:

/* Copyright (C) 1991-2012 Free Software Foundation, Inc.
1
Error: Invalid character in name at (1)
process_domain_module.f:2.3:

This file is part of the GNU C Library.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:4.3:

The GNU C Library is free software; you can redistribute it and/or
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:4.39:

The GNU C Library is free software; you can redistribute it and/or
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:5.3:

modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:6.3:

License as published by the Free Software Foundation; either
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:6.57:

License as published by the Free Software Foundation; either
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:7.3:

version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:9.3:

The GNU C Library is distributed in the hope that it will be useful,
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:10.3:

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:10.29:

but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:11.3:

MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:12.3:

Lesser General Public License for more details.
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:14.3:

You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:15.3:

License along with the GNU C Library; if not, see
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:15.41:

License along with the GNU C Library; if not, see
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:16.4:

. */
1
Error: Invalid character in name at (1)
process_domain_module.f:19.1:

/* This header is separate from features.h so that the compiler can
1
Error: Invalid character in name at (1)
process_domain_module.f:20.3:

include it implicitly at the start of every compilation. It must
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:21.3:

not itself include or any other header that includes
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:22.4:

because the implicit include comes before any feature
1
Error: Invalid character in name at (1)
process_domain_module.f:23.3:

test macros that may be defined in a source file before it first
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:24.3:

explicitly includes a system header. GCC knows the name of this
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:25.3:

header in order to preinclude it. */
1
Error: Unclassifiable statement at (1)
process_domain_module.f:27.1:

/* We do support the IEC 559 math functionality, real and complex. */
1
Error: Invalid character in name at (1)
Fatal Error: Error count reached limit of 25.
make: [process_domain_module.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f process_domain_module.f
/bin/rm -f ARWpost.o ARWpost.mod
/bin/cp ARWpost.f90 ARWpost.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c ARWpost.f
ARWpost.f:9.7:

USE gridinfo_module
1
Fatal Error: Can't open module file 'gridinfo_module.mod' for reading at (1): No such file or directory
make: [ARWpost.o] Error 1 (ignored)
/bin/rm -f ARWpost.f
/bin/rm -f module_map_utils.o module_map_utils.mod
/bin/cp module_map_utils.f90 module_map_utils.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -c module_map_utils.f
/bin/rm -f module_map_utils.f
gfortran -ffree-form -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 -o ARWpost.exe module_model_basics.o constants_module.o gridinfo_module.o ARWpost.o input_module.o output_module.o module_map_utils.o misc_definitions_module.o module_date_pack.o module_debug.o process_domain_module.o module_get_file_names.o module_interp.o module_basic_arrays.o module_diagnostics.o module_arrays.o module_pressure.o module_calc_height.o module_calc_pressure.o module_calc_theta.o module_calc_tk.o module_calc_tc.o module_calc_td.o module_calc_td2.o module_calc_rh.o module_calc_rh2.o module_calc_uvmet.o module_calc_slp.o module_calc_dbz.o module_calc_cape.o module_calc_wdir.o module_calc_wspd.o module_calc_clfr.o \
\t-L/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/lib -I/home/iseikichi/model/ARWpost/netcdf_links/include -lnetcdf -lnetcdff
gfortran: error: gridinfo_module.o: No such file or directory
gfortran: error: ARWpost.o: No such file or directory
gfortran: error: input_module.o: No such file or directory
gfortran: error: output_module.o: No such file or directory
gfortran: error: process_domain_module.o: No such file or directory
gfortran: error: module_get_file_names.o: No such file or directory
gfortran: error: module_interp.o: No such file or directory
gfortran: error: module_basic_arrays.o: No such file or directory
gfortran: error: module_diagnostics.o: No such file or directory
gfortran: error: module_arrays.o: No such file or directory
make: [ARWpost.exe] Error 1 (ignored)

Commented by 悠 2017-05-21 00:45:55

> Seikichi Izumi氏
はじめまして、管理人の悠です。
提示いただいたログを見る限り、ARWpostのソースコードが、FortranファイルなのにCのコメントスタイルで書かれているようですね。
以前までのgfortranではコンパイルできたとのことなので、gfortranのバージョンによってはCスタイルのコメントが受け付けなくなった、ということなのかもしれません。
エラーがでたファイルのCスタイルコメントを全て削除すれば、コンパイルできる可能性があります。

Commented by Seikichi Izumi 2017-05-22 07:28:26

ご丁寧なアドバイスありがとうございました。
早速試してみたいとおもいます。

Commented by Seikichi Izumi 2017-05-25 10:52:40

1. ARWpost_V3.tar.gzについて
コメントを頂き、色々試してみたが、エラー修正できず
2. WRFV3,WPSコンパイル正常、./real.exe ./wrf.exe正常に作動
3. netcdf fileをGrADS用に変換できず、CentOS 7.3 64bit使用を
あきらめて、CentOS 6.8 64bitを使用することにしました。
色々と御面倒をおかけして申し訳ありませんでした。
取りあえずご報告まで

Commented by Seikichi Izumi 2017-05-25 10:52:51

1. ARWpost_V3.tar.gzについて
コメントを頂き、色々試してみたが、エラー修正できず
2. WRFV3,WPSコンパイル正常、./real.exe ./wrf.exe正常に作動
3. netcdf fileをGrADS用に変換できず、CentOS 7.3 64bit使用を
あきらめて、CentOS 6.8 64bitを使用することにしました。
色々と御面倒をおかけして申し訳ありませんでした。
取りあえずご報告まで

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