はじめに
これはWRF/WPSという気象解析予報モデルプログラム及びその初期化プログラムに関して、色々なトラブルに見舞われつつインストール＆使用していった時の覚え書きです。
現在の利用環境は以下の通り。Fedora は Red Hat Enterprise Linux (RHEL) にフィードバックしているので、RHEL互換のOSではほぼ同様と考えて良いかと思います。
- Fedora 15 64bit
- WRF 3.3
- WPS 3.3
PDFダウンロード版
紙媒体での閲覧用にPDF版を作成しました。（最終更新: 2011年9月15日）
- WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2011年9月15日)
- WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2011年3月17日)
- WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2010年4月26日)
- WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2009年3月29日)
- WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2008年10月12日)
- WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2008年5月24日)
- WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2007年5月25日)
目次
はじめに
WRF/WPSのインストール
WRF/WPSの使用
Appendix
はじめに
インストールに関する基礎知識
Linuxをインストール後、各種プログラムのインストールにはコマンドライン端末を使う。背景が灰色、インデント有り、コマンドラインのシンボル（$、#）があれば、コマンドの実行を示す。端末の立ち上げは、Fedoraでは左上のメニューから「アプリケーション」→「システムツール」→「端末」を実行する。
$ vi
上記のコマンドは、vi（汎用テキストエディタ）プログラムを実行する。他に、gedit、emacsなどのテキストエディタがある。マニュアルではviコマンドの実行指示があるが、各自の使いやすいエディタへ適宜読み替えること。
# ← root権限で実行するコマンド $ ← ユーザ権限で実行するコマンド
上記の表記の違いは、プログラムを実行する権限の違いを示している。権限の一時的な切り替えにはsuコマンドを用いる。{User_Name}は実際のユーザ名に読み替えること。
$ su {User_Name}
$ exit
$ su -
#
コマンドオプションにハイフンを用いると、そのユーザでのログインを行う。用いない場合、権限のみの変更となる。またユーザ名を省略するとrootでのログインを試す。ユーザの一時切り替えを終わるには、exitコマンドを用いる。
各プログラムをインストールするための圧縮ファイルは、/tmpにダウンロードされていると仮定する。他のディレクトリにダウンロードしてある場合は、mvコマンド等を用いて/tmpに移動しておくことを勧める。
各種インストールの事前準備
はじめに、WRF/WPSを使用するためのプログラムをインストールするために、開発ツールやライブラリが必要となる。以降のインストールにおける依存性を解決するソフトウェアをインストールしておく。
yum（Fedoraにおけるアップデートマネージャ）のgroupinstall機能で、開発ツール・ライブラリをまとめてインストールしておく。
# yum groupinstall "development tools" # yum groupinstall "development libraries" # yum groupinstall "x software development"
グループインストールされない開発ライブラリをyumのinstall機能で個別に追加する。
# yum install jasper-devel # yum install hdf5-devel hdf5-static # yum install netcdf-devel netcdf-static # yum install ncview # yum install ncl-devel # yum install mpich2-devel
MPICH2設定
WRFをマルチプロセッサで走らせるため、MPICH2の設定を行う。ユーザ権限に移動し、環境設定を記述。
$ cd ~ $ vi ~/.bashrc
// ---------------- Add to end of the file ----------------
# MPICH2
export MPICH2="/usr/lib64/mpich2"
export PATH="${MPICH2}/bin:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="${MPICH2}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
編集が終わったら、環境設定を有効にする。
$ . ~/.bashrc
MPIデーモンの設定を書き出す。.mpd.confファイルにはMPD_SECRETWORD を記述する。これはMPI機能を利用する際のパスワードとなる。例では空白としている。.mpd.hostsは利用するホスト名と、そのホストにおけるCPU数をコロンで区切り、記述する。例ではlocalhostにCPUが8個あるとしている。その他には記述していないので、localhostのみでMPIランが実行される。
$ echo "MPD_SECRETWORD=" > ~/.mpd.conf $ chmod 600 ~/.mpd.conf $ echo "localhost:8" > ~/.mpd.hosts
MPI機能を利用する時は、MPIデーモンをバックグランドで起動し、ブート設定を行う。-nオプションでは使用するノード数を渡すことが出来る。CPU数ではないので注意。例ではlocalhostしかないので1とする。-fオプションでは設定したホストファイルを渡す。
$ mpd & $ mpdboot -n 1 -f ~/.mpd.hosts
WRF/WPSをインストール
WRF: Weather Research and Forecasting Model（気象解析予報モデル）。気象シミュレーション解析プログラムの一種。
WPS: WRF Preprocessing Systemの略。WRFの前処理プログラム。
ARWpost: WRFで出力したNetCDFファイルを可視化するために用いる。ここではGrADSで読み込むことを想定している。NetCDF出力のままで充分であれば、インストールする必要はない。
WRF 3.3
WRF Downloadからダウンロード可能だが、ダウンロードにはユーザ登録が必要。
WRFはユーザ権限でインストールする。インストール設定のために、環境設定を記述しておく。
$ cd ~ $ vi ~/.bashrc
// ---------------- Add to end of the file ---------------- # Jasper export JASPERLIB="/usr/lib64" export JASPERINC="/usr/include/jasper" # WRF export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1
編集が終わったら、環境設定を有効にする。
$ . ~/.bashrc
mkdirでWRF用のディレクトリを作成する。圧縮ファイルを解凍。
$ mkdir ~/Model $ cd ~/Model $ tar zxvf /tmp/WRFV3.3.TAR.gz
修正パッチを適用する。修正点はAppendixを参照。
$ patch -p0 < /tmp/WRFV3.patch
WRFV3内に移動。NetCDFのシンボリックリンクを作成する。
$ cd WRFV3 $ mkdir netcdf_links $ ln -s /usr/include netcdf_links/include $ ln -s /usr/lib64 netcdf_links/lib
configureを実行する。netcdf_links利用にyと入力。設定は18のgfortran with gcc (dm+sm)を採用。ネスティング設定は1のbasicを採用。configureが終了したらログをとりつつ、コンパイル。
$ ./configure $ ./compile em_real > log 2>&1
mainディレクトリにndown.exe、real.exe、wrf.exeが作成されていればコンパイル成功。
WPS 3.3
WRF DownloadのページからWPSをダウンロードする。また地理データとしてgeog.tar.gzもダウンロードすること。
$ cd ~/Model $ tar zxvf /tmp/WPSV3.3.TAR.gz $ tar zxvf /tmp/geog.tar.gz $ mv geog GEOG
WRF同様、修正パッチを適用する。修正点はAppendixを参照。
$ patch -p0 < /tmp/WPS.patch
WPS内へ移動。NetCDFのシンボリックリンクを作成する。
$ cd WPS $ mkdir netcdf_links $ ln -s /usr/include netcdf_links/include $ ln -s /usr/lib64 netcdf_links/lib
configureで設定。netcdf_links利用にyと入力。設定モードは8のgfortran compiler, DM PARALLELを選択する。設定後、コンパイルを実行。
$ ./configure $ ./compile > log 2>&1
geogrid.exe、ungrib.exe、metgrid.exeの3つが出力されていればコンパイル完了（plotfmt.exe/plotgrids.exeは出力しない）。
ARWpost 3.1
WRF DownloadからARWpostをダウンロードする。解凍後、ディレクトリへ移動。
$ cd ~/Model $ tar zxvf /tmp/ARWpost.tar.gz
修正パッチをあてる。修正点はAppendixを参照。
$ patch -p0 < /tmp/ARWpost.patch
ARWpost内へ移動後、NetCDFのシンボリックリンクを作成する。
$ cd ARWpost $ mkdir netcdf_links $ ln -s /usr/include netcdf_links/include $ ln -s /usr/lib64 netcdf_links/lib
configureで設定。netcdf_links利用にyと入力。設定モードは3のgfortran compilerを選択。設定後、コンパイルを実行。
$ ./configure $ ./compile > log 2>&1
ARWpost.exeが出力されていればコンパイル完了。
WRF/WPSの使用
WPSを使うにはFNLデータを必要とする。WRF Downloadにある「WRF Preprocessing System test data」をダウンロードし、適当なディレクトリを作成して解凍。
$ cd ~/Model $ mkdir -p FNL/sample $ tar zxvf /tmp/avn_data.tar.gz -C FNL/sample
ここではテスト用として配布されているFNLデータを用いるが、UCARのサイトで配布されているNCEP FNL Operational Model Global Tropospheric Analysesから実用的なFNLデータをダウンロードできる。ダウンロードにはユーザ登録が必要である。
WPSはJavaを用いたGUIによる実行、端末画面のみでの実行の2種類がある。用途と環境に合わせ、適宜選択すること。
WPSラン（with GUI）
WPSの設定をDomainWizardというWPS用GUIを用いて設定を行う。DomainWizardはJavaを利用しているので、当然Javaがインストールされていなければならない。FedoraではグループインストールにおいてJavaをインストールすることが出来る。初期設定のインストールオプションではJavaもインストールされるが、もし入ってない場合は次のコマンドでJavaを導入する。
# yum groupinstall java
GUIで設定するために、WRF Portalを使う。WRF Portalのページ中程にあるリンクからダウンロードが可能である。wrf-potral.zipをダウンロード後、解凍。展開されたファイルを実行する。
$ cd ~/Model $ mkdir Domains $ mkdir -p Portal/user $ unzip /tmp/wrf-portal.zip -d Portal $ cd Portal $ sh runWRFPortal
JavaによるGUIが起動する。
Portalの設定を行う。Computerに適当な名前を入力し、Saveで保存。
Portalのユーザ情報を入力。Default Output Directoryに/home/{User Name}/Model/Portal/userを入力。Local Temp Directoryに/tmpを入力。
Launch WRF Domain Wizardで、WPSのGUIツールを起動。
ディレクトリの初期設定を行う。
ドメインの設定を行う。新しく作る場合はNew Domainを選択し、Nextボタンをクリック。
ドメインの名前と説明の設定は適当。ここではName/Descriptionともにsampleと入力する。
ドメインを指定する世界地図が表示される。地図サイズが大きすぎる場合は、右上のMap設定からScale: 100%とする。テストのため、マウスを用いて日本の九州地方付近を短形で囲む。緯度・経度は33°N、131°Eを中心とする。
Projection OptionsでType: Mercatorを選択し、ActionsでUpdate Mapを行う。すると、短形選択付近の地図だけが抜き出された形で表示される。Grid Optionsを次のように指定する。
- Horizontal dimension X: 100
- Horizontal dimension Y: 100
- Grid point distance (km): 10
- Gegraphic data resolution: 10m
右上のNestタブをクリックし、Nested Domain PropertiesからNewをクリック。New Nestの設定を次のように指定する。
- Parent ID: 1
- Grid spacing ratio to parent: 5
- Geographic data resolution: 2m
- (LLI) Left: 30
- (URI) Right: 70
- (URJ) Top: 70
- (LLJ) Bottom: 30
設定が終わったらOKをクリックし、第2ネストが表示されることを確認する。
namelist.inputの設定を行う。GUI EditorとText Editorの二つをタブで切り替えて編集できる。追加行についてはText Editorで追加できる。Appendixにnamelist.inputの例を載せる。
編集が終わったらNextボタンをクリック。
WPSを実際に実行するプロセスに入る。Grib Table NameはVtable.GFSを選択し、Grib Files DirはFNLデータを置いたディレクトリを指定。Grib FilesでサンプルのFNLデータを全て加える。開始時間と終了時間は、2000-01-24-12:00:00から2000-01-25-00:00:00で、時間間隔は6(hr)である。指定したら、右のRun Preprocessorsからgeogrid、ungrib、metgridの順にクリックする。全てが成功したら、Nextボタンをクリック。
生成されたファイルの確認画面。初めは初期化に時間を要する。geo_em.*.ncが2つ、met_em.*.ncが6つ生成されていることを確認したら、Exitボタンを押して終了。
WRF Domain Wizardが終了したら、Portalもそのまま閉じる。DomainWizardで生成したnamelist.input及びncファイルをWRFV3/test/em_realディレクトリ下に置く。
$ cd ~/Model/Domains/sample $ mv namelist.input geo_em.*.nc met_em.*.nc ~/Model/WRFV3/test/em_real
WPSラン（without GUI）
WPSは前述のGUIを使用せずに実行することも出来る。X Window環境がない場合や端末のみで実行しなければならない場合など、GUIを使えない環境でのWPSの使用法を説明する。扱いに習熟すれば、こちらのほうが操作が早く終わるかもしれない。
WPSディレクトリへ移動。
$ cd ~/Model/WPS
FNLデータへのリンク、及びVtableへのリンクを作成する。
$ ./link_grib.csh ../FNL/sample/* $ ln -sf ungrib/Variable_Tables/Vtable.GFS Vtable
WPSの各プログラムを実行する際に必要となる設定ファイルを記述する。
$ vi namelist.wps
// ---------- Edit the file ---------- &share wrf_core = 'ARW', max_dom = 2, start_date = '2000-01-24_12:00:00', '2000-01-24_12:00:00', end_date = '2000-01-25_00:00:00', '2000-01-25_00:00:00', interval_seconds = 21600, io_form_geogrid = 2, / &geogrid parent_id = 1,1, parent_grid_ratio = 1,5, i_parent_start = 1,30, j_parent_start = 1,30, e_we = 100,201, e_sn = 100,201, geog_data_res = '10m','2m', dx = 10000, dy = 10000, map_proj = 'mercator', ref_lat = 33, ref_lon = 131, truelat1 = 33, truelat2 = 0, stand_lon = 131, geog_data_path = '../GEOG', ref_x = 50.0, ref_y = 50.0, / &ungrib out_format = 'WPS', prefix = 'FILE', / &metgrid fg_name = 'FILE', io_form_metgrid = 2, /
geogrid.exe、ungrib.exe、metgrid.exeの順にプログラムを実行する。
$ ./geogrid.exe $ ./ungrib.exe $ ./metgrid.exe
上記3つのプログラムが成功すると、複数のncファイルが生成される。WRFのテストランを実行するディレクトリへ移動させる。
$ mv *.nc ~/Model/WRFV3/test/em_real
さらに実行ディレクトリにあるnamelist.inputも編集する。namelist.inputについてはAppendixを参照。
$ vi ~/Model/WRFV3/test/em_real/namelist.input
WRFラン
WPSで作成したテストデータを置いたディレクトリへ移動。
$ cd ~/Model/WRFV3/test/em_real
初期値・境界値データを作成する。MPIデーモンを起動、ブート設定を行っておく。Fedoraではスタックサイズに10240KB制限があるので、real.exeを実行する前にスタックサイズを無制限にしておく。
$ mpd & $ mpdboot -n 1 -f ~/.mpd.hosts $ ulimit -s unlimited $ mpirun ./real.exe
初期値・境界値データがwrfbdy、wrfinputというファイルで作成される。MPIを使ったランではエラーやメッセージ等の出力は同階層にrsl.*ファイルに出力されているので、確認したい場合はそれらのファイルを参照すること。この後、wrf.exeを実行してシミュレーションを行う。
$ mpirun ./wrf.exe
WRFの実行は非常に時間がかかる。CPUプロセスに余裕をもてる時に実行するのが望ましい。計算範囲やタイムステップによって実行時間は大きく変化する。シミュレーションが終了すると、wrfoutファイルが作成される。
ARWpostラン
WRFで作成されたファイルはNetCDFのファイル形式をとっている。この出力ファイルをGrADSで表示できるように変換する。WRFで作成したファイルをARWpostディレクトリに移動する。
$ cd ~/Model/ARWpost $ mv ~/Model/WRFV3/test/em_real/wrfout* .
GrADS変換プログラムを走らせるために、namelist.ARWpostを編集する。
$ vi namelist.ARWpost
// ---------- Edit the file ---------- &datetime start_date = '2000-01-24_12:00:00', end_date = '2000-01-25_00:00:00', interval_seconds = 3600, tacc = 0, debug_level = 0, / &io io_form_input = 2, input_root_name = './wrfout_d02*' output_root_name = './sample' plot = 'all_list' fields = 'height,pressure,tk,tc' output_type = 'grads' mercator_defs = .false. / &interp interp_method = 0, /
編集が終了したら、変換プログラムを走らせる。
$ ./ARWpost.exe
出力が完了すると、GrADS形式のsample.ctlとsample.datが作成される。GrADSを起動し、出力を確認する。
$ grads ga-> open sample.ctl ga-> set t 10 ga-> d tk ga-> d skip(u10,10,10);v10
設定通りに行うと、以下のような画像が出力される。
Appendix
コンパイル途中、diffコマンドで差分をとって作成したパッチをあてている。パッチの修正内容は本文に書くと長くなるので、Appendixとして付記する。diffでとった修正内容は、前半に修正前、後半に修正後を書くという記述法をとっている。詳しくはmanコマンドにてdiffを参照すること。
WRFの修正パッチ
パッチの要旨は次の通り。
- Problem with Program real.exe (posted 5/27/11) 取り込み
- Problem with New Configure Script (posted 4/8/11) 取り込み
- Bug in SKEB code (posted 4/6/11) 取り込み
- configure コンパイラテスト修正
- arch/noopt_exceptions_f モジュール設定追加
- phys/module_cu_g3.F バグ修正
パッチの中身はWRFV3.patchをダウンロード後、確認のこと。
WPSの修正パッチ
パッチの要旨は次の通り。
- geogrid/src/Makefile ライブラリ設定修正
- metgrid/src/Makefile ライブラリ設定修正
- ungrib/src/ngl/Makefile リンカ設定修正
パッチの中身はWPS.patchをダウンロード後、確認のこと。
ARWpostの修正パッチ
パッチの要旨は次の通り。
- src/Makefile ライブラリ設定修正。
パッチの中身はARWpost.patchをダウンロード後、確認のこと。
namelist.inputの例
編集した部分を強調してある。DomainWizardを用いた場合は自動で編集している部分もあるので、GUI Editorでの表示をよく読んで書き換えること。
&time_control run_days = 0, run_hours = 12, run_minutes = 0, run_seconds = 0, start_year = 2000, 2000, start_month = 01, 01, start_day = 24, 24, start_hour = 12, 12, start_minute = 00, 00, start_second = 00, 00, end_year = 2000, 2000, end_month = 01, 01, end_day = 25, 25, end_hour = 00, 00, end_minute = 00, 00, end_second = 00, 00, interval_seconds = 21600, input_from_file = .true., .true., history_interval = 180, 60, frames_per_outfile = 1000, 1000, restart = .false., restart_interval = 5000, io_form_history = 2, io_form_restart = 2, io_form_input = 2, io_form_boundary = 2, debug_level = 0, / &domains time_step = 60, time_step_fract_num = 0, time_step_fract_den = 1, max_dom = 2, e_we = 100, 201 e_sn = 100, 201, e_vert = 28, 28, p_top_requested = 5000, num_metgrid_levels = 27, num_metgrid_soil_levels = 2, dx = 10000, 2000, dy = 10000, 2000, grid_id = 1, 2, parent_id = 1, 1, i_parent_start = 1, 30, j_parent_start = 1, 30, parent_grid_ratio = 1, 5, parent_time_step_ratio = 1, 5, feedback = 1, smooth_option = 0, / &physics mp_physics = 3, 3, ra_lw_physics = 1, 1, ra_sw_physics = 1, 1, radt = 30, 30, sf_sfclay_physics = 2, 2, sf_surface_physics = 2, 2, bl_pbl_physics = 2, 2, bldt = 0, 0, cu_physics = 1, 0, cudt = 10, 10, isfflx = 1, ifsnow = 0, icloud = 1, surface_input_source = 1, num_soil_layers = 4, sf_urban_physics = 0, 0, mp_zero_out = 2, mp_zero_out_thresh = 1.e-8, / &fdda / &dynamics w_damping = 0, diff_opt = 0, km_opt = 1, diff_6th_opt = 0, 0, diff_6th_factor = 0.12, 0.12, base_temp = 290., damp_opt = 0, zdamp = 5000., 5000., dampcoef = 0.2, 0.2, khdif = 0, 0, kvdif = 0, 0, non_hydrostatic = .true., .true., moist_adv_opt = 1, 1, scalar_adv_opt = 1, 1, / &bdy_control spec_bdy_width = 5, spec_zone = 1, relax_zone = 4, specified = .true., .false., nested = .false., .true., / &grib2 / &namelist_quilt nio_tasks_per_group = 0, nio_groups = 1, /
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はじめまして。daydreamerと申します。いつもHP楽しませてもらってます。大学院生活とはいろいろ大変なんだな、遊びも研究も精力的に取り組んでいらっしゃるなと感心しています。最近は御巫さんの撮る水中写真に癒されてます。私はダイビングはしたことはありませんが、シュノーケルで沖縄県の瀬底には潜ったことがあります。HPで写真を拝見する度に、その当時のことを思い出してリラックスさせてもらってます。
さて私は気象学に興味があって、以前からWRF/WPSやGrADSのインストールを御巫さんのHP記述を読みながらやっていました。OSはVine Linux 4.2を使っています。しかしあまりコンピュータに詳しくありません。最近新しいPCを買ったので、それにGrADSやWRF/WPSをインストールしようとしています。そこでトラブルに見舞われたので、こうして質問を出すことにしました。
2008年5月24日更新のWRF/WPSユーザガイドのうち、以下の項目は無事インストールが完了しました。
# Intel C/C++ Compiler 10.1
# Intel Fortran Compiler 10.1
しかしNetCDF3.6.2のインストールでつまづきました。
------------御巫さんの本文より抜粋----------------------------------------------------------
インストール先のディレクトリを作成し、インストール用スクリプトを実行する。
# mkdir -p /usr/local/netcdf-3.6.2
# sh install
----------------------------------------------------------------------------------
上記のところまではやったのですが、以下のようなエラーが出ました。
------------------エラーの内容------------------------------------------------------------------
configure: netCDF 3.6.2
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
configure: checking user options
checking whether CXX is set to ''... no
checking whether FC is set to ''... no
checking whether F90 is set to ''... no
checking whether documentation is to be installed... no
checking whether Fortran compiler(s) should be tested during configure... yes
checking whether configure should try to set compiler flags... yes
checking whether FFIO will be used... no
checking whether to skip C++, F77, or F90 APIs if compiler is broken... yes
checking whether only the C library is desired... no
checking whether examples should be built... yes
checking whether F77 API is desired... yes
checking whether F90 API is desired... yes
checking whether fortran type sizes should be checked... yes
checking whether C API is desired... yes
checking where to get netCDF C-only library for separate fortran libraries...
checking whether CXX API is desired... yes
checking whether v2 netCDF API should be built... yes
checking whether the ncgen/ncdump should be built... yes
checking whether large file (> 2GB) tests should be run... no
checking whether extreme numbers should be used in tests... yes
checking where to put large temp files if large file tests are run... .
checking whether a win32 DLL is desired... no
checking whether separate fortran libs are desired... no
configure: finding C compiler
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲット `test' を make するルールがありません。中止。
make: `install' に対して行うべき事はありません。
------------------------------------------------------------------------------------------------
これは何がいけないのでしょうか。ここで作業が止まっています。「#sh install」しても/usr/local/netcdf-3.6.2/には何もファイルやフォルダが生成されていません。
なおNetCDFはヴァージョンが4.0に上がっているようですが、御巫さんのテキストに沿っ てWRF/WPSまでインストールすることを考えて、古いヴァージョンの3.6.2をインストールしようとしました。
またGrADSも使うので、上記の段階を放棄してオプションツールのSzipもインストールしようと試みました。そこでまたエラーが出て作業が止まってしまっています。Szipのソースは以下のURLからもらってきました。
ftp://ftp.hdfgroup.org/lib-external/szip/
作業は以下のところまでやっています。
-----------御巫さんの本文より抜粋---------------------------------------------------------------
インストール先ディレクトリを作成し、スクリプトを実行する。
# mkdir -p /usr/local/szip-2.1
# sh install
------------------------------------------------------------------------------------------------
そうすると以下のようなエラーが出ました。
------------------------------------------------------------------------------------------------
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-pc... no
checking for config linux-gnu... found
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず、makefile も見つかりません。中止。
make: `install' に対して行うべき事はありません。
------------------------------------------------------------------------------------------------
上記のエラー表示が出て、結局 /usr/local/szip-2.1には何もファイルが生成されませんでした。ググってみても情報はほとんどなく、困り果てています。英語は苦手なので日本語サイトしかチェックしてませんが。なおGrADSはヴァージョンが2.0に上がっているようですが、御巫さんのテキストに沿ってWRF/WPSをインストールすることを考えて、古いヴァージョン（1.9b4）をインストールしようとしました。
周囲にこんなことを聞ける友人知人がいないので、一人悶々としています。ROM専から脱皮して、恥を忍んでお聞きします。お時間のあるときで構いませんので、お返事宜しくお願いします。
>daydreamer氏
はじめまして。管理人の御巫 悠（みかなぎ ゆう）と申します。
旧HN「みかぐら」を御存じのようで、ようこそというのが適切かどうかは分かりませんが、ようこそ辺境のブログへいらっしゃいました。
私の趣味と暇潰しで成り立っているこのブログでお楽しみ頂いているならば、管理人として嬉しく思います。
ご質問いただいたエラーについてですが、NetCDFでは、
checking whether CXX is set to ''... no
checking whether FC is set to ''... no
checking whether F90 is set to ''... no
とあるように、環境変数の設定が行われていないようです。インストール用スクリプトにて、これらの環境変数を正しく記述しているかどうかご確認ください。
記述されているのに設定が行われないのであれば、コンパイラのインストール時のパス設定がおかしかったのかもしれません。端末にて、
# icc -v
# ifort -v
# icpc -v
などと入力し、正しくバージョン番号が返ってくることをご確認ください。
GrADSのエラーでは、
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
とあるので、Cコンパイラとして「icc」という設定を認識しているようですが、Cコンパイラが正しく機能していないよ うです。NetCDFと同様にiccのパスが通っているかどうかをご確認ください。
もし、コンパイラが動かないようでしたら、コンパイラのインストールに何か問題があったのかもしれません。問題を切り分けるために、
# icc -v
# /opt/intel/cc/10.1.015/bin/icc -v
と入力し、結果を比較してみてください。上はパス、インストールともに正しければバージョンが返ってきます。下はiccコンパイラの位置を指定し実行していますので、上で失敗し下が成功すれば、インストールに問題はなくパスの設定の問題かと 思われます。~/.bashrcに正しい記述がなされているかどうかをご確認ください。
また、~/.bashrcの記述は新しい端末ウィンドウから適用されるので、一度端末を閉じて新しいウィンドウを立ち上げてください。
どちらともバージョンが返ってこなければ 、インストールのミスの可能性があります。コンパイラをアンインストール（/opt/intel/cc/.../bin/uninstall.shをrootで実行）し、再度インストールを試みてください。
はじめまして、以下のページを参照し連絡をいたしました。
http://www.spherewind.com/id-1174316400.html
「G2clib 1.1.8」ライブラリを入手しようとしたところ、リンクされているページでは「G2clib 1.1.9」しか入手できませんでした。（色々と探してみたのですが・・・）しかたないので、「G2clib 1.1.9」にてmakefileの変更を行ってみたのですが、makeした時に・・・
[root@localhost g2clib-1.1.9]# make
icc -c -I/usr/include -DUSE_JPEG2000 -DUSE_PNG gridtemplates.c
make: execvp: icc: ディレクトリではありません
make: *** [libgrib2c.a(gridtemplates.o)] エラー 127
というメッセージが出てしまいます。
「G2clib 1.1.9」ではダメなのでしょうか？
というか・・・この問題の解決方法を教えてもらえませんか？
>押領司 功氏
はじめまして。
ご質問の件ですが、こちらの環境（ガイドに沿ってIntelコンパイラ、NetCDF等全てコンパイル済み）ではG2clib-1.1.8、G2clib-1.1.9ともにコンパイルできることを確認しました。
同様の事例がないか検索してみたところ、iccへのパスが通っていないのではないかと推測されます。
# icc -v
として、iccのバージョン表示が行われるかどうかを確認してみてください。
早々の連絡有難うございます。
教えて頂いたとおり、以下を実行したところ・・・
[root@localhost ＊＊＊]# icc -v
bash: icc: command not found
と言う結果でした・・・
事前作業の「# yum install csh」が影響することはないのでしょうか？？
Linuxを扱い始めて、まだ一月位しかないもので・・・申し訳ありません。
申し訳ありません。
再度、設定内容を確認しなおしたところ、私の間違いを発見しました。
「g2clib-1.1.9」が make できました。
悠さんの指摘どおり、iccへのパスの通し方が間違っていたようです。
本当に申し訳ありません。
引き続きGrADSの作業に入りたいと思います。
ちなみに、GrADSは「a6」の最新でも大丈夫でしょうか？
もう一つ質問・・・WRFのバージョンは何故「3.1」ではないのですか？
お忙しいところ、何度も何度もすいません
GrADSの作業に入ったところ・・・以下のような結果となりました。
gxdxwd.c(16): catastrophic error: could not open source file "X11/Xmu/WinUtil.h"
#include
この source file は、どの様に入手・・・？ すればよいのでしょうか？？
悲劇的な状況でしょうか？？
念のため、install.sh を実行した後の様子も以下につけました。
ホントに何度も申し訳ありません。お時間の許す限りで構いませんので御教授下さい。
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
[root@localhost grads-2.0.a5]# sh grads-2.0.a5.sh
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no
Checking for programs
------------------
checking for gawk... (cached) gawk
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether icc accepts -g... yes
checking for icc option to accept ISO C89... none needed
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether icpc accepts -g... yes
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether ln -s works... yes
Setting host specific options
-------------------------
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
Host machine: i686-pc-linux-gnu
Checking system libraries, headers, and compiler features
-----------------------------------------
checking for cos in -lm... yes
checking how to run the C preprocessor... icc -E
checking for X... libraries , headers
checking for gethostbyname... yes
checking for connect... yes
checking for remove... yes
checking for shmat... yes
checking for IceConnectionNumber in -lICE... yes
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking malloc.h usability... yes
checking malloc.h presence... yes
checking for malloc.h... yes
checking sys/file.h usability... yes
checking sys/file.h presence... yes
checking for sys/file.h... yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking whether byte ordering is bigendian... no
checking for strtod... yes
checking for off_t... yes
checking for special C compiler options needed for large files... no
checking for _FILE_OFFSET_BITS value needed for large files... 64
checking for _LARGEFILE_SOURCE value needed for large files... no
Checking for optional feature support
------------------------------------
checking for supplibs directory... not found
checking whether to use dynamic linking... yes (Warning: binaries may not be suitable for distribution)
Checking for libraries to support GUI interface ...
checking for main in -lXext... yes
checking for main in -lXt... no
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes
checking for XAW7... no
checking for main in -lXt... (cached) no
- GUI disabled
Checking in system locations for libraries to support command line editing ...
checking for a readline compatible library... -lreadline
checking readline.h usability... no
checking readline.h presence... no
checking for readline.h... no
checking readline/readline.h usability... yes
checking readline/readline.h presence... yes
checking for readline/readline.h... yes
checking whether readline supports history... yes
checking history.h usability... no
checking history.h presence... no
checking for history.h... no
checking readline/history.h usability... yes
checking readline/history.h presence... yes
checking for readline/history.h... yes
+ Command line editing enabled
- geotiff disabled
Checking in system locations for libraries to support printim ...
checking for GD... yes
checking gd.h usability... yes
checking gd.h presence... yes
checking for gd.h... yes
checking for gdImageCreate in -lgd... yes
checking for gdCompareInt... no
+ printim enabled
Checking in system locations for grib2 libraries ...
checking grib2.h usability... yes
checking grib2.h presence... yes
checking for grib2.h... yes
checking for main in -lgrib2c... yes
checking for main in -lpng12... yes
checking for main in -lz... yes
checking for main in -ljasper... yes
+ grib2 enabled
Checking in system locations for libraries to support hdf ...
checking udunits.h usability... yes
checking udunits.h presence... yes
checking for udunits.h... yes
checking for utInit in -ludunits... yes
checking for SZ_BufftoBuffCompress in -lsz... yes
checking for deflate in -lz... yes
checking for jpeg_start_compress in -ljpeg... yes
checking for Hopen in -ldf... yes
checking for SDstart in -lmfhdf... yes
checking for mfhdf.h with compiler... yes
checking for mfhdf.h with preprocessor... yes
checking for sd_ncopen... yes
checking hdf4_netcdf.h usability... yes
checking hdf4_netcdf.h presence... yes
checking for hdf4_netcdf.h... yes
checking for netcdf.h with compiler... yes
checking for netcdf.h with preprocessor... yes
+ hdf4 enabled
Checking in system locations for libraries to support netcdf ...
checking for udunits.h... (cached) yes
checking for utInit in -ludunits... (cached) yes
configure: searching netcdf includes in
checking for netcdf.h with compiler... yes
checking for netcdf.h with preprocessor... yes
checking for netcdf 3 interface... yes
+ netcdf enabled
Checking in system locations for libraries to support OPeNDAP access ...
checking for udunits.h... (cached) yes
checking for utInit in -ludunits... (cached) yes
checking for NC_DAP... no
checking for opendap-config... no
checking for ncdap-config... no
checking DODS specific root... disabled
checking for DAP... no
checking for DAP_CLIENT... no
checking for DAP_SERVER... no
checking for dap-config... no
checking for libdap version >= 3.5.0... no
configure: The dap-config script could not be found.
checking for opendap-config... no
checking for libdap with opendap-config... no
checking for ncdap-config... (cached) no
checking for libnc-dap version >= 3.5.0... no
configure: The ncdap-config script could not be found.
checking for libnc-dap with opendap-config... no
checking for netcdf.h with compiler... yes
checking for netcdf.h with preprocessor... yes
checking gadap.h usability... no
checking gadap.h presence... no
checking for gadap.h... no
- gradsdap (OPeNDAP/netCDF) build disabled
+=========================================================================+
GrADS 2.0.a5 : Built Fri Jul 24 09:19:43 JST 2009 for i686-pc-linux-gnu
+=========================================================================+
+----------------------------------+
| |
| Configuration Summary |
| |
| + readline enabled |
| + printim enabled |
| + netcdf enabled |
| + hdf4 enabled |
| + grib2 enabled |
| - geotiff disabled |
| - GUI disabled |
| |
| Build Summary |
| |
| + grads enabled |
| - gradsdap (OPeNDAP) disabled |
| |
| + Dynamic linking enabled |
| |
+----------------------------------+
configure: creating src/VERSION
configure: creating src/buildinfo.h
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile
config.status: creating src/Makefile
config.status: creating src/config.h
Run 'make && make install' to build GrADS.
Executables will be installed to bin/ in current dir, unless prefix was specified.
Making all in src
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' に入ります
make all-am
make[2]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' に入ります
icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include -I/usr/local/szip-2.1/include -I/usr/local/hdf-4.2r4/include -I/usr/local/udunits-1.12.9/include -I/usr/local/g2clib-1.1.9 -O2 -rdynamic -c gxdxwd.c
gxdxwd.c(16): catastrophic error: could not open source file "X11/Xmu/WinUtil.h"
#include
^
compilation aborted for gxdxwd.c (code 4)
make[2]: *** [gxdxwd.o] エラー 4
make[2]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' から出ます
make[1]: *** [all] エラー 2
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' から出ます
make: *** [all-recursive] エラー 1
Making install in src
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' に入ります
icc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include -I/usr/local/szip-2.1/include -I/usr/local/hdf-4.2r4/include -I/usr/local/udunits-1.12.9/include -I/usr/local/g2clib-1.1.9 -O2 -rdynamic -c gxdxwd.c
gxdxwd.c(16): catastrophic error: could not open source file "X11/Xmu/WinUtil.h"
#include
^
compilation aborted for gxdxwd.c (code 4)
make[1]: *** [gxdxwd.o] エラー 4
make[1]: ディレクトリ `/home/XXXX/ダウンロード/grads-2.0.a5/src' から出ます
make: *** [install-recursive] エラー 1
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
>功氏
iccのほうは通ったようで、何よりです。
GrADSのコンパイルエラーですが、”X11/Xmu/WinUtil.h”というファイルがない、というものですね。
これはコンパイルで読み込まれるヘッダファイルが足りてないということです。
# yum install libXmu-devel
で、X開発ライブラリを導入してみてください。/usr/include/X11/Xmu/WinUtil.h にファイルがインストールされるかと思います。
他、開発ライブラリが足りないという場合もあるかと思いますが、グループインストールである程度必要な環境をまとめてインストールしておくと早いかと。
# yum groupinstall "X software development"
ちなみに、こちらの環境ではGrADS-2.0.a6もコンパイルと動作を確認しました。使い込んでいませんので細かな動作の差異はあるかもしれませんが、基本的に同じように扱えると思います。
WRFの3.1についてですが、現在WRF 2.2.1を使用中ですので、環境を一新する機会がなくインストールも行っておりません。おおよそ春頃に環境を更新していますので、申し訳ありませんが次の更新をお待ち下さい。
またまた、早々の回答を有難うございます。
早速、今から試してみます。 悠さん、今の私にとって神様のような存在です！！ 貴重な時間を使わせてしまい申し訳ありません。
お世話になってます。
X開発ライブラリ等を導入し、「GrADS-2.0.a5」のインストールに成功したようです。
ありがとうございました。
しかしながらWRFV2,WPSをそれぞれインストールし、WRF2GrADSをサイト上で探したところ見当たらず、ためしにARWpost2.1（現在、WRF2GrADSに変わるもの？）を導入してみました。namelist.ARWpostを編集し、実行しようとしたところ、どうもWRFV2、WPSの出力結果「wrfout」を読み込みできないようでした。
やっぱり、「WRF2GrADS」じゃないとダメなのでしょうか？？
そもそも私がインストールしたARWpostはconfigure.arwpというファイルの２７行目に
「WRF_DIR ＝ ../WRFV3」なーんて書かれてますし・・・
・・・ここを「../WRFV2」と無理矢理に編集し実行したのですが・・・
ちなみに、WRF3.1を導入しようとした場合、このページに書かれている設定方法とは大きく異なってくるのでしょうか？ 他に必要なライブラリ等が多くあるのでしょうか？
ホントに何度も申し訳ありません！！
以下、実行結果
#################################################
・・・最新ARWpostの結果・・・
[XXXX@localhost ARWpost2.1]$ ./ARWpost.exe
!!!!!!!!!!!!!!!!
ARWpost v2.1
!!!!!!!!!!!!!!!!
FOUND the following input files:
/home/XXXX/WRF2.1/2002.1.21_data/wrfout_d02_2002-01-21_06
Error: No valid value for io_form_input was specified in the namelist.
Valid io_form_input values are:
#######################################################
・・・一つ古いARWpostの結果・・・
[XXXX@localhost ARWpost]$ ./ARWpost.exe
!!!!!!!!!!!!!!!!
ARWpost v2.1
!!!!!!!!!!!!!!!!
FOUND the following input files:
/home/XXXX/WRF2.1/2002.1.21_data/wrfout_d02_2002-01-21_06
START PROCESSING DATA
Interpolating to PRESSURE levels
Processing time --- 2002-01-20_18:00:00
Found 2002-01-21_06:00:00
Date is close enough - continue
forrtl: severe (66): output statement overflows record, unit 11, file /home/XXXX/WRF2.1/ARWpost/2002_01_21_06.dat
Image PC Routine Line Source
ARWpost.exe 081CDEFD Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 081CCCF5 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0818B3D8 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 08140EC9 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0814085B Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0816F3EE Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0816D077 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0805851E Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 08061720 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0806000C Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0804B780 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0804A191 Unknown Unknown Unknown
libc.so.6 006436E5 Unknown Unknown Unknown
ARWpost.exe 0804A0A1 Unknown Unknown Unknown
####################################################
>功氏
こちらでも確認してみました。今はARWpostというのが、wrf2vis5dとwrf2gradsの代替プログラムとなっているようですね。
本記事中からリンクされているDownloadページではARWpostのバージョン1.0が説明されているので、バージョン2以降はWRF V3以降と対応していると考えられます。
一応、”Convert WRF model output in netCDF to GrADS format”というリンクでWRF2GrADSがダウンロードできるようなので、そちらをお試しになってみて下さい。
WRF2GrADSを本日入手し、Installしました。
後は、使い方を覚えて・・・！？ 頑張ります。
今日は、NCL/NCARG の入手 Install にチャレンジしてみました。
・・・つまづきました・・・悔しいのでまた明日チャレンジします。・・・
有難うございました。
こんにちは・・・またお世話になりたくて・・・
現在、RIP4.5のインストールを試みております。
進めていく中で、NCL/NCARG も完全にインストールできていないことが判明しました。
NCL/NCARGのバージョンは5.1.1でやったのですが、できた中身をよくよく確認すると
「idt」ができていなかったり・・・
そもそも、このページの説明にある「# apt-get install ncurses ncurses-devel」
を入力すると私のFedora10では
####################################################################
[root@localhost XXXX]# apt-get install ncurses ncurses-devel
bash: apt-get: command not found
####################################################################
・・・となってしまいます。
あと、/ncl_ncarg-5.1.1/config/LINUX.INTEL 等の
### ./config/LINUX.INTEL line:24-25 の始めに記載されている
#define ArchRecLibSearch -L/usr/X11R6/lib ・・・
#define ArchRecIncSearch -I/usr/X11R6/include・・・
そもそも、この「/usr/X11R6」が存在してないことに気がつきました。
「# apt-get install ncurses ncurses-devel」及び「/usr/X11R6」の入手設定の件で
何かアドバイス頂けると嬉しいのですが・・・
ちなみに以前、教えて頂いた
# yum install libXmu-devel
# yum groupinstall "X software development" は実行済みです。
そして、「/usr/include/X11」ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘには色々なファイル入っていますが、
「/usr/lib/X11」は何も入っていません。
お盆休み開けでも結構ですので、何卒、御教授お願いします。
>功氏
参考情報のプログラムインストールについて、現在はNCLを使用していないのでインストール情報が古くなっていることと、ディストリビューションを以前はVineで使用したのでその名残があることを申し添えておきます。
まずapt-getというのは、Debian系やVine Linuxで使われているアップデートマネージャです。Fedoraではyumがこれに該当します。
なので、Fedoraでのncursesの導入には、
# yum install ncurses ncurses-devel
とすればOKです。
/usr/X11R6については、これは古いLinux（更新の遅いVineも含まれています）のX環境において使用されていたディレクトリで、現在のFedora等では/usr下に同じように置いています。ですので、
/usr/X11R6/lib => /usr/lib
/usr/X11R6/include => /usr/include
のように読み替えてください。
FedoraでNCLを導入したことはないのでどの程度インストール情報が当てはまるのかが分かりかねますが、ifortのパス等も以前のバージョン用になっている箇所がございますので、変更の必要があります。パッチを当てる必要はないかもしれません。
御教授、有難うございます。
色々と（初心者の）質問にお付き合い頂きあり難うございます。
教えて頂いたことに関しては理解しました。 ホントにすいません！
ですが「ncl_ncarg-5.1.1」のインストールではやはり同じ状況が続いています。 所々でエラーが出ています。 ・・・とほほ、です。
明日もMy、Fedoraと格闘してみます。
はじめまして
すみません 教えていただきたいことがあるのですが
WRF/WPSを使用（サンプルモード）のところで
WPSを使うために「WRF Preprocessing System test data」をダウンロードして
「geogrid.exe」ー「ungrib.exe」の順番にプログラムを走らせようと思ったのですが
「ungrib.exe」を走らせると
**************************************************************************
Start_date = 2000-01-24_12:00:00 , End_date = 2000-01-25_00:00:00
output format is WPS
Path to intermediate files is ./
ERROR: Grib2 file or date problem, stopping in edition_num.
**************************************************************************
というエラーが出てしまうのですがどうしたらいいでしょうか？
お時間があれば何かアドバイスをいただいてもいいですか？
すいません
解決しました！
管理人様、ご無沙汰しております。2010年4月26日更新分のマニュアルに沿って、インストール作業を行っていたところ、リンク切れに気づきました。Intel Compiler 非商用版のダウンロードページへのリンクが切れているようです。2010年6月3日現在、有効なアドレスは以下の通りです。
http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-development/
お時間のある折に、マニュアルを修正していただけると助かります。
P.S. Ubuntu10.04でもGrADSのインストールまでは上手くいきました。それ以降の手順はまだ試していません。
>daydreamer氏
お久しぶりです。
ご連絡有り難うございます。修正しておきました。
はじめまして。こちらのHPを大変参考にさせていただいております。ディストリビューションはUbuntu09.10で、LINUX初心者です。
ユーザーガイドに従って、インストールをしておりますが、
HDF4.2.5とUdunits2.1.19でうまくいかず、お時間があるときに教えていただけますとありがたいです。よろしくお願いします。
icc -vではバージョン番号がでますが、Cコンパイラーが実効ファイルを作成できないようなメッセージがでます。
Udunitsで、sh install実効時のエラーは、以下です。
-----------------
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: in `/tmp/udunits-2.1.19':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず, makefile も見つかりません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.
----------------
>jo氏
はじめまして。ようこそいらっしゃいました。
UbuntuではWRF等のインストールを行ったことがありませんが、iccがうまく動いていないのは確かなようです。
HDF及びUdunitsがインストール失敗ということですが、NetCDFはインストール完了されていますか？
ログから推測するに、iccコンパイラそのものがうまく動いてないように思えます。
この場合、良くあるのは外部の必須ライブラリが足りてない（glibc等）パターンです。Ubuntuではyumは存在しませんが、aptを使ってライブラリがインストールされていることを確認してください。
# sudo apt-get install build-essential
最新Verがインストールされていれば、外部ライブラリ等の問題はないと思います。
ご回答ありがとうございます。再度、教えていただけますでしょうか。OSを入れ直し、こちらのガイドに従って、1からやり直しました。
apt-get install build-essentialを行い、JAVA JRE5.0をインストールした状態で、
Intel C++ Composer XE for LinuxとIntel Fortran Composer XE for Linux（ともにia32）はインストールできました。
念のため、1つ前のバージョンのprofessional edition 11.1.073 ia32のインストールを試みました。
libstdc++.so.5はDebianのHPよりダウンロード、インストールしました。
しかし、glibcのカーネルバージョン及びbinutils（2.13以降）について、サポートされていないか、検出されないとのメッセージが出ました。原因がよく分からず、professional editionは諦めました（binutilsは2.20がインストールされています。glibcはglibc-doc2.10.1というものがインストールされています）。
仕方なく、Composer XEを、.bashrcに記載し、bashの実効、icc -vの実効でエラーがでないことを確認しました。
次に、netcdf3.6.3を、こちらのガイドに従って、インストールできました。.bashrcに記載し、bash実効でエラーはでていません。
今日は、szip2.1で以下のエラーが出てしまい、何かライブラリーが不足しているのかと思っています。
開発ツール／ライブラリーのインストールは、apt-get install build-essentialだけでは不十分なのでしょうか？
（途中でOpenRTM-aistというものもインストールしました）
（以下エラー）
----------------------------------------------------------------------
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config i686-pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config pc-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-linux-gnu... no
checking for config i686-pc... no
checking for config linux-gnu... found
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず, makefile も見つかりません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.
>jo氏
NetCDFのインストールは完了とのことなので、少なくともNetCDFのコンパイルに関するライブラリは問題ないと判断します。
とすれば、szipをコンパイルする際のチェックで引っかかると言うことなのでLDFLAGS等の環境変数がまずいんじゃないかと考えますが……。config.logはどうなっていますでしょうか？
念のため、icc及びgccのコンパイルテストは、次のようなCファイルを作ってコンパイルしてみてください。
--- test.c ---
#include <stdio.h>
int main(){
printf("OK!");
return 0;
}
--- ここまで ---
このコンパイルが問題なく終わり、端末に「OK！」と表示されればコンパイラそのものの問題ではないと思います。
ご回答ありがとうございます。お時間があるときに、教えて下さい。
上記のtest.cファイルを作成し、
icc test.cを実行しましたが、エラーも何も表示されずに、プロンプトの入力待ちになりました。
すみません。LDFLAGS等の環境変数は、初心者のため、何をみれば良いか分かりません。
度々失礼します。よろしくお願いします。
上記のtest.cを実行したところ、a.outというファイルが作成され、./a.outを実行したところ、端末に「OK!」が表示されました。コンパイルできたということかと思います。
szip-2.1のエラー時は相変わらずです。config.logの関係ありそうな部分を以下に示しました。
-----------------------
## ----------- ##
## Core tests. ##
## ----------- ##
（省略）
configure:2642: checking for gcc
configure:2669: result: icc
configure:2907: checking for C compiler version
configure:2914: icc --version >&5
./configure: line 2915: icc: command not found
configure:2917: $? = 127
configure:2924: icc -v >&5
./configure: line 2925: icc: command not found
configure:2927: $? = 127
configure:2934: icc -V >&5
./configure: line 2935: icc: command not found
configure:2937: $? = 127
configure:2960: checking for C compiler default output file name
configure:2987: icc -O2 conftest.c >&5
./configure: line 2988: icc: command not found
configure:2990: $? = 127
configure:3028: result:
configure: failed program was:
| /* confdefs.h. */
| #define PACKAGE_NAME "SZIP"
| #define PACKAGE_TARNAME "szip"
| #define PACKAGE_VERSION "2.1"
| #define PACKAGE_STRING "SZIP 2.1"
| #define PACKAGE_BUGREPORT "help@hdfgroup.org"
| #define PACKAGE "szip"
| #define VERSION "2.1"
| /* end confdefs.h. */
|
| int
| main ()
| {
|
| ;
| return 0;
| }
configure:3035: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
>jo氏
んー、ログを見ると、
icc: command not found
となっています。これがクサイですね。
jo氏がユーザ権限かルート権限かのどちらでszipをインストールされているかは分かりませんが、これはおそらくシェルを実行しているユーザorルートでiccのパスが通っていないと考えられます。
ソフトウェアのインストールは多くの場合ルート権限で行うので、もしユーザのみ.bashrcを書き換えているのでしたらルートにも.bashrcでiccを見えるようにしてあげてください。
# which icc
とすると、iccというコマンドがどこに配置されているか、パスが通っているかを確認できます。ユーザ、ルートでは使えるコマンドも異なるので、どちらにもコンパイラのパスを通しておくのが無難です。
悠様
ご回答ありがとうございます。
su -
which iccでは、
/opt/intel/composerxe-2011.0.084/bin/ia32/icc
と出ます。
勉強不足のため、悠様のユーザーガイドと同様の状況となるように、Fedora12に変更してみようかと思います。
悠様
申し訳ございません。度々失礼します。
Fedora12をインストールし、ライブラリーのバージョン以外はガイドに従い、GrADSの前までは順調でしたが、GrADSで以下のエラーが出ました。お時間があるときに教えて下さい。
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles... no
Checking for programs
------------------
checking for gawk... (cached) gawk
checking for gcc... icc
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
make: *** ターゲットが指定されておらず, makefile も見つかりません. 中止.
make: `install' に対して行うべき事はありません.
(config.log抜粋)
## ----------- ##
## Core tests. ##
## ----------- ##
configure:1946: checking for a BSD-compatible install
configure:2002: result: /usr/bin/install -c
configure:2013: checking whether build environment is sane
configure:2056: result: yes
configure:2084: checking for a thread-safe mkdir -p
configure:2123: result: /bin/mkdir -p
configure:2136: checking for gawk
configure:2152: found /bin/gawk
configure:2163: result: gawk
configure:2174: checking whether make sets $(MAKE)
configure:2195: result: yes
configure:2381: checking whether to enable maintainer-specific portions of Makefiles
configure:2390: result: no
configure:2465: checking for gawk
configure:2492: result: gawk
configure:2551: checking for gcc
configure:2578: result: icc
configure:2816: checking for C compiler version
configure:2823: icc --version >&5
icc (ICC) 11.1 20100806
Copyright (C) 1985-2010 Intel Corporation. All rights reserved.
configure:2826: $? = 0
configure:2833: icc -v >&5
Version 11.1
configure:2836: $? = 0
configure:2843: icc -V >&5
Intel(R) C Compiler Professional for applications running on IA-32, Version 11.1 Build 20100806 Package ID: l_cproc_p_11.1.073
Copyright (C) 1985-2010 Intel Corporation. All rights reserved.
FOR NON-COMMERCIAL USE ONLY
configure:2846: $? = 0
configure:2869: checking for C compiler default output file name
configure:2896: icc -O2 -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include -I/usr/local/szip-2.1/include -I/usr/local/hdf-4.2.5/include -I/usr/local/udunits-2.1.19/include -I/usr/local/g2clib-1.2.1 conftest.c -lnetcdf -lsz >&5
ld: cannot find -lnetcdf
configure:2899: $? = 1
configure:2937: result:
configure: failed program was:
| /* confdefs.h. */
| #define PACKAGE_NAME "GrADS"
| #define PACKAGE_TARNAME "grads"
| #define PACKAGE_VERSION "2.0.a7.1"
| #define PACKAGE_STRING "GrADS 2.0.a7.1"
| #define PACKAGE_BUGREPORT "jma@iges.org"
| /* end confdefs.h. */
|
| int
| main ()
| {
|
| ;
| return 0;
| }
configure:2944: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.
悠様
失礼します。
些細な入力ミスで、シンボリックリンク(?:勉強不足ですみません)がうまくいっていなかったようです。無事、GrADSまでインストールできました。自己完結で申し訳ございません。
次に、WRF3.2のインストールに着手しようとしておりますが、WRFの英文ユーザーズガイドよりも、悠様のガイドでは手続きが多いようですので困惑しています。
>jo氏
ガイドのバージョンは現在WRF3.1.1でして、これにはこのバージョン特有のTipsも含まれております。
バージョンアップによってどの程度変更があるかはまだ調査中ですが、他のソフトウェアではバージョンアップによってこのガイドの通りにインストールができないことを確認しています。
もしWRF3.2の導入を急がれるようでしたら、正規の英語版ガイドに従っていただくほうが無難かと。
来春ごろに、その時点での最新バージョンのソフトウェア導入を行う予定です。
>悠様
ご回答ありがとうございます。初心者のため、悠様のガイドに従い、WRF3.1.1をインストールします。
悠様のガイドでは、WRF-Var(WRF-DAV)をインストールしていませんが、観測データを取り込まない場合には必要ないということでしょうか。
また、WRF3.1.1と同時にリリースされたWRF-Chem3.1.1も利用したいと思っています。
v3英文ガイドを読むと、最初にWRFをuntarした後に、chem codeをWRFV3ディレクトリの中にuntarしなければならないことは分かりました。
英文ガイドでは、./configureのときに、
For WRF/Chem, do not use the shared memory OPENMP option (smpar, or dm + sm), these are not supported.
とあるのですが、
悠様のガイドのWRF3.1.1で示されているconfigure.defaultsファイルのままで大丈夫でしょうか。よろしくお願いします。
>jo氏
このガイドでは、観測データの取り込みは考慮していません。
あくまでNCEP等のFNLデータを用い、hindcastに使うことを前提としています。
研究用に観測データの取り込み、予測を行う場合、別の手順が発生することも考えられます。
申し訳ありませんが、現状では私自身がhindcastくらいまでしか行っていないため、これ以上は保証できません。
ご了承くださいませ。
併せてWRF-Chemも、現段階ではインストールしていません。
ただし注意にあるOpenMPは現段階では利用していないため、関係ないと思われます。
こちらも私が保証できる限りではございません。
>悠様
お邪魔いたします。ご回答ありがとうございました。また、困っています。
WRF3.1.1のインストールを、悠様のガイドに従って行っておりますが、うまくいきません。
./compile em_real >& log &を実行すると、非常に長いlogファイルが作成され、runディレクトリにはwrf.exeしか生成されません。configure.wrfは、ガイド通りに編集しました。logファイルにみられるものをいくつか以下に示します。
: error #5118: ファイルの最初の文は続行していてはなりません。
io_grib_share.f90(13): error #5149: 文ラベルフィールドの不正な文字です [I]。
IMPLICIT NONE
(21): catastrophic error: errors が多すぎます。終了します。
コンパイルは io_grib_share.f90 で異常終了しました (コード 1)。
make[4]: [io_grib_share.o] エラー 1 (無視されました)
ar ru ./libio_grib_share.a io_grib_share.o get_region_center.o gridnav.o open_fi
le.o
ar: creating ./libio_grib_share.a
ar: io_grib_share.o: No such file or directory
make[4]: [thisdir_archive] エラー 1 (無視されました)
>悠様
失礼しました。再度、実行したところ、うまくいきました。
コンパイルには時間がかかるようでした（勉強不足ですみません）。
研究で忙しいなか、申し訳ございませんでした。
悠様
失礼します。いつもすみません。
WPSまでは順調にインストールできましたが、ARWpost2.2のインストールがうまくいかず、ARWpost.exeが生成されませんでした。logの最後の部分を以下に示しましたので、対処方法を教えて下さい。お願いします。
(logの最後の部分)
/bin/rm -f process_domain_module.f
/bin/rm -f ARWpost.o ARWpost.mod
/bin/cp ARWpost.f90 ARWpost.f
ifort -FR -c ARWpost.f -I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_netcdf -I/ho
me/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib_share -I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV
3/external/io_grib1 -I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_int -I/home/jo/W
RF/ARWpost/../WRFV3/inc
ARWpost.f(9): error #7002: コンパイル済みモジュールファイルを開くときのエラーで
す。INCLUDE パスを確認してください。 [GRIDINFO_MODULE]
USE gridinfo_module
-------^
ARWpost.f(11): error #7002: コンパイル済みモジュールファイルを開くときのエラーで
す。INCLUDE パスを確認してください。 [PROCESS_DOMAIN_MODULE]
USE process_domain_module
-------^
コンパイルは ARWpost.f で異常終了しました (コード 1)。
make: [ARWpost.o] エラー 1 (無視されました)
/bin/rm -f ARWpost.f
ifort -FR -o ARWpost.exe wrf_debug.o module_model_basics.o constants_module.o
gridinfo_module.o ARWpost.o input_module.o output_module.o module_map_utils.o v5
d_module.o misc_definitions_module.o module_date_pack.o module_debug.o process_d
omain_module.o queue_module.o module_get_file_names.o module_interp.o module_bas
ic_arrays.o module_diagnostics.o module_arrays.o module_pressure.o module_calc_h
eight.o module_calc_pressure.o module_calc_theta.o module_calc_tk.o module_calc_
tc.o module_calc_td.o module_calc_td2.o module_calc_rh.o module_calc_rh2.o modul
e_calc_uvmet.o module_calc_slp.o module_calc_dbz.o module_calc_cape.o module_cal
c_wdir.o module_calc_wspd.o module_calc_clfr.o \
\t\t/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/frame/module_internal_header_util.
o \
\t\t/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/frame/module_machine.o \
\t\t/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/frame/pack_utils.o \
\t\t-L/usr/local/netcdf-3.6.3/lib -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include
\
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib1 \
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_int \
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_netcdf \
\t\t-I/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib_share \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_netcdf \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib1 \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_int \
\t\t-L/home/jo/WRF/ARWpost/../WRFV3/external/io_grib_share \
\t\t-lwrfio_int -lwrfio_nf -lio_grib1 -lio_grib_share -lnetcdf \
\t\t
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'ARWpost.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'v5d_module.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_interp.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_basic_arrays.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_diagnostics.o'
ifort: error #10236: ファイルが見つかりません: 'module_arrays.o'
make: [ARWpost.exe] エラー 1 (無視されました)
>jo氏
ARWpostのソースを確認してみました。
エラーの原因はモジュールのインクルード失敗によるものですが、該当するモジュールはARWpostのsrcディレクトリにある以下の二つのようです。
gridinfo_module.F90
process_domain_module.F90
おそらくこの二つを正常にコンパイルできなかったのではないでしょうか。
ログを見た限りではこの二つに関するコンパイル情報が含まれていないので、失敗の理由は分かりません。
cleanを実行した後、再度コンパイルを試してみてください。
それでも失敗する場合は、上記二つのコンパイルに何らかの問題があるものと考えられます。
>悠様
ご回答ありがとうございました。お陰様で、
ARWpostのインストールは、./cleanを実行後にうまくいきました。
ガイドに従い、WRF Portalでの操作も順調に進みました。
今回は、
sampleデータをWRFで計算する前段階で止まっています。
./real.exeを実行すると、
bash: ./real.exe: そのようなファイルやディレクトリはありません
と出力されます。WRFがうまくインストールされていないのでしょうか？
ls -lでみると、
real.exe -> ../../main/real.exe
ですが、runフォルダにreal.exeがあると思うのですが、関係ないでしょうか。
初心者で申し訳ございません。
＊肩こり嫌ですね。私は首を回すとジャリッとします。
>jo氏
WRFV3からreal.exe等はrunからmainへ移動していますね。
runにはシンボリックリンクのみ残っています。ガイドの説明は訂正されていませので、次の更新で修正します。
mainディレクトリにreal.exeがあるかどうかを確認してください。
もしrealやwrfといったexeファイルがなければ、WRFV3のインストールは失敗しています。
悠様
ご回答ありがとうございました。wrfのmain内に、exeファイルがなく、wrfのインストールが失敗していたようでしたので、wrfをインストールし直しました。
Portalで生成したsampleデータを移動させて、wrfを動かそうとしましたが、今回は、以下のエラーがでました。申し訳ございませんが、お時間があるときに教えて下さい。
（./real.exe実行後のエラー）
Namelist dfi_control not found in namelist.input. Using registry defaults for v
ariables in dfi_control
Namelist tc not found in namelist.input. Using registry defaults for variables
in tc
Error while reading namelist physics
Namelist scm not found in namelist.input. Using registry defaults for variables
in scm
Error while reading namelist dynamics
Are pd_moist, pd_chem, pd_tke, or pd_scalar still in your dynamics namelist?
-------------- FATAL CALLED ---------------
FATAL CALLED FROM FILE: stdin LINE: 12571
Replace them with moist_adv_opt, chem_adv_opt, tke_adv_opt and scalar_adv_opt,
respectively.
-------------------------------------------
>jo氏
V3.1.1でのWPSとWRFでは、WPSが生成するnamelistに使用されている変数名がWRFにおいて「古い変数名」と認識されているようです。
他にも様々な理由で、WPSが自動生成したnamelistではWRFランでエラーが発生することを確認しています。
>Are pd_moist, pd_chem, pd_tke, or pd_scalar still in your dynamics namelist?
>Replace them with moist_adv_opt, chem_adv_opt, tke_adv_opt and scalar_adv_opt, respectively.
移流に関するオプション設定で旧変数名を新変数名へ変更しろという指示ですが、とりあえずテストランでは該当する変数をWPSでの設定時に削除しておくのが無難です。
これらの設定例はユーザーガイド中のWPS使用の箇所にありますで、参考にしてみて下さい。
>悠様
ご回答ありがとうございました。
Portalのnamelistで削除すべきところを、消していませんでした。
おかげさまで、悠様のガイドの最後まで実行できました！
大掃除や研究でお忙しいなか、大変ありがとうございました。
悠様
以前に質問させていただいたjoです。
大変、お忙しいなか申し訳ございませんが、
再度、教えていただけますでしょうか。
（ブログを拝見しました。御就職、おめでとうございます。）
前回までに、2010.4.26のユーザーガイドに従い、WRF3.1.1のサンプル計算の確認までは終了しております。
今回は、NCEPのNFLデータをダウンロードし、計算しようとしています。
(1)WRF計算用ディレクトリ
別のdomain内で計算／出力した*.ncと、namelist.inputを、
サンプル計算と同様に、WRFV3/test/em_real/の下に置いて、
WRFの計算を行うのでしょうか？
(2)namelist.input
サンプルをベースにnamelist.inputを作る場合、日付、時刻、全時間以外に、
物理／力学モデルの設定パラメーターの変更等、気をつけることはありますか？
（./real.exeや./wrf.exeが動かないような要素？）
よろしくお願いします。
>jo氏
どうも、お久しぶりです。
計算のさせかたは同じです。test/em_realディレクトリにncファイルを置き、同様の手順で実行するだけです。
namelistの設定では、数値シミュレーション上妥当な値を設定する必要があります。
たとえば、空間解像度と時間解像度の関係性ですね。
これはCFL条件ともいわれ、空間解像度を細かくした場合は適宜時間解像度も細かくしないといけないというものです。
これはコメントで説明するのは難しいので、CFL条件などで検索してみてください。
もしくは、既に学術誌に掲載されている論文から、実験設定をそのまま利用してみるというのもいいと思います。
悠様
ありがとうございました。
ひとまず、サンプルデータで九州以外の地域の計算で練習してみます。
CFLは、Δx/Δtを情報伝達速度c以上にするということのようですが、いまいちcをどの程度に考えるのか分かりませんので、新たなNFLデータの計算時には、格子間隔とtime-stepの比をサンプル計算と同じようにしてみるつもりです。
>jo氏
そうですね。色々試しながら調べるのも面白いと思います。
CFL条件は、計算する方程式系によって異なるので、一概に言えないところがあります。
たとえば非圧縮性流体の方程式系では音波（340m/s）は扱わなくてもよくなりますが、
圧縮性流体の方程式系では音波が最も高速で、CFL条件に加味されます。
※参考
http://www.eto.titech.ac.jp/contents/sub02/chapter09-1.html
気象モデルでは大気の密度を一定とすることが多いので、音波のCFL条件に合わない実験設定をしているものもあると思います。
他にも重力波、風などが比較的高速な情報伝達速度を持っています。
冬季のジェット気流の速度はおよそ200m/sに達することもあり、音速の半分程度です。
実験の空間スケールと時間スケールの参考になれば幸いです。
悠様
joです。大変お忙しいところ、お時間があればで結構ですので、教えて下さい。
FNLデータをダウンロードして計算を行うところです。
./real.exeで、num_metgrid_soil_levelsでエラーがあったので、修正し、wrfbdy,wrfinputファイルは生成できました。
./wrf.exeを実行したところ、次のエラーがでて、困っています。よろしくお願いします。
WRF V3.1.1 MODEL
*************************************
Parent domain
ids,ide,jds,jde 1 100 1 100
ims,ime,jms,jme -4 105 -4 105
ips,ipe,jps,jpe 1 100 1 100
*************************************
DYNAMICS OPTION: Eulerian Mass Coordinate
alloc_space_field: domain 1, 192793536 bytes allocated
med_initialdata_input: calling input_model_input
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND 33 CATEGORIES 2 SEASONS
WATER CATEGORY = 16 SNOW CATEGORY = 24
-------------- FATAL CALLED ---------------
FATAL CALLED FROM FILE: stdin LINE: 7412
module_ra_rrtm: error reading RRTM_DATA on unit 10
-------------------------------------------
>jo氏
RRTM_DATAが読めない、というものですね。
このファイルはWRFV3/runディレクトリにあるはずです。
まずこのファイルが存在していることを確認してください。
ファイルが存在しているなら、wrf.exeはファイルの読み込みを始めます。
このファイルはソースを展開したときに配置されるもので、配布元ではビッグエンディアンで作られたようです。
（エンディアンをご存じなければ検索してみてください）
しかし、以前までリトルエンディアン形式でwrf.exeをコンパイルしていたため、読み込み時に不整合が発生します。
このため、RRTM_DATA等々、runディレクトリにある幾つかのファイルはリトルエンディアン形式に変換する必要があるのです。
新しいドキュメントからはwrf.exeをビッグエンディアンでコンパイルするようにしてあるので、不整合が発生しなくなっています。
前まではリトルエンディアンで変換したデータも配布していたのですが、サーバ容量の問題で削除しています。
runディレクトリにある*_DATAや*_DBLをリトルエンディアンに変換するか、新しいドキュメントでWRFをリコンパイルしてみてください。
悠様
ご丁寧にありがとうございました。
もう1度、endian_b2l.f90をコンパイルして対応したところ、
./wrf.exeが動いてくれました。毎回必要なのですね。。
以下、込み入ったお話で失礼かもしれませんので、お答えいただかなくても、よいのですが、、
こちらの日記を見ていると、悠様は相当数の論文や学会発表を行っているように思うのですが、学内の審査基準が厳しいのですか？ というのも、分野は全く異なるのですが、来年から課程で勉強しようと思っており、参考に伺いたかったためです。
>jo氏
runの都度というわけではないので、一度変換してしまえばOKです。
学位について、おおまかな話で良ければ。
学位審査基準は、どの大学でも論文数に関係すると思いますが、
私の場合は指導教員の意向も関係しています。
最終的に、指導教員が認めなければ学位は出ませんしね。
所属する研究室で求められる水準は個々に異なりますので、
指導教員との綿密な相談が必要だということだけ申し添えておきます。
悠様
いつもご親切にありがとうございます。
仕事との両立が大変かと思いますが、
良いD論が書けますことをお祈りいたします。
ご様子を励みにして、私も頑張ります。