Phantasy Garden

はじめに

これはWRF/WPSという気象解析予報モデルプログラム及びその初期化プログラムに関して、色々なトラブルに見舞われつつインストール＆使用していった時の覚え書きです。OSによりけりなインストールの覚え書きですが、まぁソースからのコンパイル＆インストールがほとんどなので、読み替えればだいたいのUNIX系OSなら大丈夫かと。

現在の利用環境は以下の通り。

• Fedora 12
• Intel C/C++ Compiler 11.1
• Intel Fortran Compiler 11.1

• WRF 3.1.1
• WPS 3.1.1

PDFダウンロード版

紙媒体での閲覧用にPDF版を作成しました。（最終更新: 2010年4月26日）

• WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2010年4月26日)
• WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2009年3月29日)
• WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2008年10月12日)
• WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2008年5月24日)
• WRF/WPS ユーザーガイド PDF版(2007年5月25日)

目次

WRF/WPSのインストール

• インストールに関する基礎知識
• 各種インストールの事前準備
• Intel Compiler 11.1
• NetCDF 4.0.1
• Szip 2.1
• HDF 4.2.5
• Udunits 1.12.9
• G2clib 1.1.9
• GrADS 2.0.a7.1
• WRF 3.1.1
• WPS 3.1.1
• ARWpost 2.1

WRF/WPSの使用

• WPS with GUI
• WRF
• ARWpost

参考情報：使用しなくなったソフトウェア

• Jasper 1.900.1
• NCL/NCARG 5.0.0
• WRFSI (WRF Ver2.1.2以前に対応)
• WRF2GrADS 2.0

WRF/WPSをインストール

インストールに関する基礎知識

Linuxをインストール後、各種プログラムのインストールにはコマンドライン端末を使う。背景が灰色、インデント有り、コマンドラインのシンボル（$、#）があれば、コマンドの実行を示す。端末の立ち上げは、Fedoraでは左上のメニューから「アプリケーション」→「システムツール」→「端末」を実行する。

$ vi

上記のコマンドは、vi（汎用テキストエディタ）プログラムを実行する。他に、gedit、emacsなどのテキストエディタがある。マニュアルではviコマンドの実行指示があるが、各自の使いやすいエディタへ適宜読み替えること。

#        ← root権限で実行するコマンド
$        ← ユーザ権限で実行するコマンド

上記の表記の違いは、プログラムを実行する権限の違いを示している。権限の一時的な切り替えにはsuコマンドを用いる。{User_Name}は実際のユーザ名に読み替えること。

$ su {User_Name}
$ exit
$ su -
#

コマンドオプションにハイフンを用いると、そのユーザでのログインを行う。用いない場合、権限のみの変更となる。またユーザ名を省略するとrootでのログインを試す。ユーザの一時切り替えを終わるには、exitコマンドを用いる。

各プログラムをインストールするための圧縮ファイルは、/tmpにダウンロードされていると仮定する。他のディレクトリにダウンロードしてある場合は、mvコマンド等を用いて/tmpに移動しておくことを勧める。

各種インストールの事前準備

はじめに、WRF/WPSを使用するためのプログラムをインストールするために、開発ツールやライブラリが必要となる。以降のインストールにおける依存性を解決するソフトウェアをインストールしておく。出来ればインストール時に開発系ツールを全てインストールしておくのが良い。

yum（Fedoraにおけるアップデートマネージャ）のgroupinstall機能で、開発ツール・ライブラリをまとめてインストールしておく。

# yum groupinstall "development tools"
# yum groupinstall "development libraries"
# yum groupinstall "x software development"

各ソフトウェアのインストールおよび確認を行う。

# yum install csh
# yum install compat-libstdc++-33
# yum install freeglut-devel
# yum install jasper-devel

Intel Compiler 11.1

C/C++コンパイラのインストール。Intelの非商用ライセンス版コンパイラを取得。Free Non-Commercial DownloadのCompilerからC/C++ Compilerをダウンロードする。英語で非商用目的の使用かどうか、サポートを得ることはできないことへの了解が求められるが、どちらもYes。登録画面に移り、メールアドレスと所在国を入力。そのアドレスにライセンスファイルが送られてくる。（ここでは/tmp以下に一時保存）

FedoraではSecurity-Enhanced Linux (SELinux)モジュールがデフォルトで起動している。Intel Compilerをインストールする際には、SELinuxを無効化していないとインストールプロセスが進まない。OS起動時にカーネルにブートパラメータとしてselinux=0を渡すか、setenforceでSELinuxを無効化しておく。

# setenforce 0    // SELinuxを無効
# getenforce
Permissive

ちなみに有効にするには以下の通り。

# setenforce 1    // SELinuxを有効
# getenforce
Enforcing

恒常的にSELinuxを無効とすることは望ましいことではないが、/etc/sysconfig/selinuxにて有効・無効の変更は可能。

# vi /etc/sysconfig/selinux

// ---------------- Edit the file ----------------
SELINUX=enforcing    // SELinuxを有効として起動
SELINUX=permissive    // SELinuxをロギングのみで起動
SELINUX=disabled    // SELinuxを無効として起動

SELinuxをpermissive/disabledのいずれかで無効化したら、次にソースファイルを/tmp以下に解凍し、作成されたディレクトリに入る。

# cd /tmp
# tar zxvf l_cproc_p_11.1.069.tgz
# cd l_cproc_p_11.1.069

インストールプログラムを実行。

# ./install.sh

インストーラの指示に従い、デフォルトの選択通り進めば問題ない。ライセンスナンバーは、メールで送られてきた番号を入力。

次にFortranコンパイラをインストールする。C/C++コンパイラ同様、Free Non-Commercial DownloadからIntel Fortran Compilerをダウンロードする。質問内容はC/C++と全く同じ。メールアドレスと国を記入し、ライセンスファイルを貰う。

ソースファイルを/tmp以下に解凍し、作成されたディレクトリに入る。

# cd /tmp
# tar zxvf l_cprof_p_11.1.069.tgz
# cd l_cprof_p_11.1.069

インストールプログラムを実行。

# ./install.sh

デフォルトの選択通り進めば問題ない。ライセンスナンバーは、メールで送られてきた番号を入力。C/C++ Compilerとはライセンスナンバーが違うので注意。

環境設定のパスを通す。

# vi ~/.bashrc

// ---------------- Add to end of the file ----------------
# Intel Compiler
Intel="/opt/intel/Compiler/11.1/069/bin"
ICC="${Intel}/iccvars.sh"
IFORT="${Intel}/ifortvars.sh"
if [ -f ${ICC} ]; then
	. ${ICC} ia32
fi
if [ -f ${IFORT} ]; then
	. ${IFORT} ia32
fi

環境設定を有効にし、バージョンチェック、簡易なテストプログラムのコンパイル等が成功したら終了。

# . ~/.bashrc
# icc -v
Version 11.0        // バージョンのチェック
# ifort -v
Version 11.0        // バージョンのチェック

NetCDF 4.0.1

NetCDFはNetwork Common Data Formの略である。WRFその他のコンパイルにはこのライブラリが必須となるので、早めにインストールしておく。NetCDF Downloadsにアクセスしダウンロードする。解凍後、ソースディレクトリへ移動。

# cd /tmp
# tar zxvf netcdf-4.0.1.tar.gz
# cd netcdf-4.0.1

ソースをコンパイルする。インストール用スクリプト（ここではinstallというファイル名とする）をエディタで記述する。

# vi install

// ---------------- Edit the new file ----------------
#!/bin/bash

export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F90=ifort
export CFLAGS="-O2"
export FFLAGS="-O -mp"
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran"

DIR="/usr/local/netcdf-4.0.1"

mkdir -p $DIR
./configure --prefix=$DIR
make test
make install

インストール用スクリプトを実行する。

# sh install

インストール完了後、環境設定を記述する。

# vi ~/.bashrc

// ---------------- Add to end of the file ----------------
# NetCDF
export NETCDF="/usr/local/netcdf-4.0.1"
export NCHOME="${NETCDF}"
export NETCDFHOME="${NETCDF}"
export PATH="${NETCDF}/bin:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="${NETCDF}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
export MANPATH="${NETCDF}/man:${MANPATH}"

環境設定後、設定を有効にする。

# . ~/.bashrc

Szip 2.1

SZIPはHDF、GrADSのオプションインストールの時に必要となる。次のHDFと併せてインストールしておく。ダウンロードはHDFのFTPサイトから可能。

# cd /tmp
# tar zxvf szip-2.1.tar.gz
# cd szip-2.1

インストール用スクリプトを記述。

# vi install

// ---------------- Edit the new file ----------------
#!/bin/bash

export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F90=ifort
export CFLAGS="-O2"
export FFLAGS="-O -mp"

DIR="/usr/local/szip-2.1"

mkdir -p $DIR
./configure --prefix=$DIR
make
make install

スクリプトを実行する。

# sh install

次に環境設定を行う。

# vi ~/.bashrc

// ---------------- Add to end of the file ----------------
# Szip
export SZIP="/usr/local/szip-2.1"
export LD_LIBRARY_PATH="${SZIP}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"

設定後、設定を有効にする。

# . ~/.bashrc

HDF 4.2.5

HDFはHierarchical Data FormatというNetCDFと同様データフォーマットライブラリの一つである。GrADSのオプションでHDFのファイルを扱えるようにする時に必要。HDF4とHDF5があるが、現時点ではHDF4のライブラリを必要とする。

HDF Home PageからHDF4のダウンロードページに行き、Linux用のソースファイルをダウンロードする。解凍後、ソースディレクトリに移る。

# cd /tmp
# tar zxvf hdf-4.2.5.tar.gz
# cd hdf-4.2.5

インストール用スクリプトを記述する。

# vi install

// ---------------- Edit the new File ----------------
#!/bin/bash

export CC=icc
export CXX=icpc
export F77=ifort
export FC=ifort

DIR="/usr/local/hdf-4.2.5"

mkdir -p $DIR
./configure --prefix=$DIR --with-szlib=/usr/local/szip-2.1 --disable-netcdf
make
make install

スクリプトを実行する。

# sh install

インストール後、bin以下にnc*実行ファイルが置かれるが、これはnetcdfのインストールで既にインストール済みである。パスの通し方によっては後々nc*を実行したときにnetcdfのものではなくこちらが実行されてしまい、上手く動かなくなる。oldディレクトリを作成し、実行ファイルを移しておく。

# cd /usr/local/hdf-4.2.5
# mkdir old
# mv bin/nc* old

インクルードファイルの書き換え。これをバックアップし、修正しておく。

# cp include/hdfi.h old
# vi include/hdfi.h

// ---------------- Edit lines: 919-922 ----------------
// rewrite
#include <sys¥types.h>
#include <sys¥stat.h>
#include <io.h>
#include <conio.h>
// to
#include <sys/types.h>
#include <sys/stat.h>
#include <sys/io.h>
#include <ncurses.h>

次に環境設定を行う。

# vi ~/.bashrc

// ---------------- Add to end of the file ----------------
# HDF
export HDF="/usr/local/hdf-4.2.5"
export PATH="${HDF}/bin:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="${HDF}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"

設定後、設定を有効にする。

# . ~/.bashrc

Udunits 1.12.9

GrADSのインストール時にこのライブラリが必要となる。ダウンロードはUnidataから最新バージョンを選択。解凍し、ディレクトリへ移動。

# cd /tmp
# tar zxvf udunits-1.12.9.tar.gz
# cd udunits-1.12.9/src

インストール用スクリプトを記述。

# vi install

// ---------------- Edit the new file ----------------
#!/bin/bash

export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F90=ifort
export CFLAGS="-O2"
export FFLAGS="-O"
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran"

DIR="/usr/local/udunits-1.12.9"

mkdir -p $DIR
./configure --prefix=$DIR
make
make install

スクリプトを実行する。

# sh install

次に環境設定を行う。

# vi ~/.bashrc

// ---------------- Add to end of the file ----------------
# Udunits
export UDUNITS="/usr/local/udunits-1.12.9"
export PATH="${UDUNITS}/bin:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="${UDUNITS}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"

設定後、設定を有効にする。

# . ~/.bashrc

G2clib 1.1.9

GrADSでgrib2ファイルを扱うために必要なライブラリ。ダウンロードはNCEPのGRIB2ページから選択。

# cd /tmp
# tar xvf g2clib-1.1.9.tar

makefileのコンパイラ設定を修正。

# cd /tmp/g2clib-1.1.9
# vi makefile

// ---------------- Edit lines: 24-26 ----------------
CC=icc
LIB=libgrib2c.a
ARFLAGS=

makeでコンパイル。成功すると、libgrib2c.aファイルが作成される。/usr/localに移動させ、所有者を変更。

# make
# cd ..
# mv g2clib-1.1.9 /usr/local
# chown 0:0 -R /usr/local/g2clib-1.1.9

次に環境設定を行う。

# vi ~/.bashrc

// ---------------- Add to end of the file ----------------
# G2clib
export G2CLIB="/usr/local/g2clib-1.1.9"
export JASPERLIB="/usr/lib"
export JASPERINC="/usr/include"

設定後、設定を有効にする。

# . ~/.bashrc

GrADS 2.0.a7.1

正式名称はGrid Analysis and Display System。解析データの可視化ソフトである。

まず、各種リンカファイルに対し、/usr/lib直下にシンボリックリンクを貼る。

# cd /usr/lib
# ln -s /usr/local/*/lib/*.a .
# ln -s /usr/local/*/*.a .

Downloading GrADS Softwareからソースファイルをダウンロード。解凍し、ディレクトリへ移動。

# cd /tmp
# tar zxvf grads-2.0.a7.1-src.tar.gz
# cd grads-2.0.a7.1

インストール用スクリプトを記述する。

# vi install

// ---------------- Edit the new file ----------------
#!/bin/bash

export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F90=ifort
export CFLAGS="-O2"
export FFLAGS="-O -mp"
export CPPFLAGS="-I/usr/local/netcdf-4.0.1/include -I/usr/local/szip-2.1/include -I/usr/local/hdf-4.2.5/include -I/usr/local/udunits-1.12.9/include -I/usr/local/g2clib-1.1.9"
export LIBS="-lnetcdf -lsz"

DIR="/usr/local/grads-2.0.a7.1"

mkdir -p $DIR
./configure --prefix=$DIR
make
make install

インストール用スクリプトを実行。ドキュメント等をソースディレクトリからコピーする。

# sh install
# cp -a data doc etc lib m4 /usr/local/grads-2.0.a7.1

次にスクリプトファイルをダウンロード、インストールする。wgetを使用し、FTPサイトからデータを取得する。

# cd /usr/local/grads-2.0.a7.1
# mkdir scripts
# cd scripts
# wget ftp://grads.iges.org/grads/scripts/*
# chown 0:0 -R .

インストールが完了したら、環境設定を記述しておく。

# vi ~/.bashrc

// ---------------- Add to end of the file ----------------
# GrADS
export GRADS="/usr/local/grads-2.0.a7.1"
export PATH="${GRADS}/bin:${PATH}"
export GASCRP="${GRADS}/scripts"
export GADDIR="${GRADS}/data"

環境設定を有効にしたら終了。

# . ~/.bashrc

WRF 3.1.1

Weather Research and Forecasting Model（気象解析予報モデル）。気象シミュレーション解析プログラムの一種。

WRFはユーザー権限でインストールするため、差し支えなければrootの.bashrcを一般ユーザの.bashrcにコピーする。rootと一般ユーザで設定が異なるならば、該当箇所をエディタでコピーすること。ファイルを丸ごとコピーした場合は所有者権限の変更も行っておく。

# cd /home/{USER_NAME}
# cp /root/.bashrc .
# chown {USER_NAME}:{GROUP_NAME} .bashrc
# su - {USER_NAME}

以降、一般ユーザ権限での作業となる。WRF DownloadからWRF model tar fileをダウンロード。ダウンロードにはユーザ登録が必要となる。mkdirでホームディレクトリ下にWRF用のディレクトリを作成する。

$ mkdir ~/WRF
$ cd ~/WRF
$ tar zxvf /tmp/WRFV3.1.1.TAR.gz
$ cd WRFV3

arch/configure_new.defaultsを編集する。該当行は line:3-38。変更する箇所のみを記載する。

$ vi arch/configure.defaults

// ---------------- Edit lines: 3-38 ----------------
#ARCH    Linux i486 i586 i686, ifort compiler with icc #serial smpar dmpar dm+sm

SFC            =       ifort
SCC            =       icc

FORMAT_FIXED   =       -FI -ffixed_form
FORMAT_FREE    =       -FR -ffree_form -ffree-line-length-none
BYTESWAPIO     =       -frecord-marker=4

TRADFLAG       =       
CPP            =       fpp -C -P -free

設定の変更が終了したらconfigureを実行する。画面中設定は1を採用。ネスティングの設定は1. basicを採用。

$ ./configure

configureが終了すると、configure.wrfが生成される。これがコンパイル時に実際に使用される設定ファイルとなる。一部のモジュールの追加を行うため、エディタでこのファイルを編集する。

// ---------------- Edit lines: 349-350 ----------------
// rewrite
solve_interface.o : solve_interface.F
start_domain.o : start_domain.F
// to
solve_interface.o : solve_interface.F
solve_em.o : solve_em.F
shift_domain_em.o : shift_domain_em.F
start_domain.o : start_domain.F

// ---------------- Edit lines: 432-433 ----------------
// rewrite
solve_interface.o ¥
start_domain.o ¥
// to
solve_interface.o ¥
solve_em.o ¥
shift_domain_em.o ¥
start_domain.o ¥

ログをとりつつ、コンパイル。

$ ./compile em_real >& log &

runディレクトリにndown.exe、real.exe、wrf.exeが作成されていればコンパイル成功。

デフォルトでrunディレクトリにあるバイナリデータはBig Endianであるため、通常のPCではLittle Endianに変換する必要がある。変換プログラムをFortranで記述。

$ cd run
$ mkdir old
$ cp *DATA *DBL old
$ vi endian_b2l.f90

// ---------------- Edit the new file ----------------

program convert_endian_big_to_little
implicit none
! const
integer,parameter :: maxfn=64
integer,parameter :: maxsize=1024*1024*1024 ! Giga byte
! variable
integer :: i,ierr
integer :: byte_unit
character(len=maxfn) :: fn

! --- Initialize ---
ierr=0

! Read filename
if(iargc()>1) then
 write(*,*) 'Error :: required one specific file'
 stop
else
 call getarg(1,fn)
end if

! --- Main Process ---
open(unit=10,file=fn,form='unformatted',access='direct',convert='big_endian',recl=1)
open(unit=20,file='le_'//fn,form='unformatted',access='direct',convert='little_endian',recl=1)

do i=1,maxsize
 read(unit=10,rec=i,iostat=ierr) byte_unit
 ! EOF
 if(ierr/=0) then
  write(*,*) 'IOSTAT :: ',ierr
  exit ! loop end
 end if

 write(unit=20,rec=i) byte_unit
end do

close(unit=10)
close(unit=20)

end program

プログラムをコンパイルし、走らせる。名称を変更して上書き。

$ ifort endian_b2l.f90
$ for nm in *DATA *DBL; do ./a.out $nm; done
$ for nm in le_*; do mv -f $nm ${nm#le_}; done

WPS 3.1.1

WRF Preprocessing Systemの略。WRFSIに代わり、WRF Version2.2からWPSが前処理プログラムとなる。WRFSIから大きく変更された点は、WPSの前にWRFをインストールする必要があること、GUIだけでなくCUIでも処理が可能になったこと等。

WRF DownloadのページからWPSをダウンロードする。また地理データとしてgeog.tar.gzもダウンロードすること。WRFSIのものと若干異なるので、WPS用に新しくインストールする必要がある。

$ cd ~/WRF
$ tar zxvf /tmp/WPSV3.1.1.TAR.gz
$ tar zxvf /tmp/geog_v3.1.tar.gz
$ mv geog GEOG
$ cd WPS

WRF同様、arch/configure.defaultsの該当個所を修正。変更点のみ記載する。

$ vi arch/configure.defaults

// ---------------- Edit lines: 310-322 ----------------
FFLAGS          =       -FR
F77FLAGS        =       -FI

CC              =       icc
SCC             =       icc

CPP             =       fpp -C -P -free

configureで設定。設定モードは6を選択する。設定後、コンパイルを実行。コンパイルには、WPSのディレクトリと同階層に"WRFV3"というディレクトリが存在し、その中にWRFがインストールされている必要がある。

$ ./configure
$ ./compile >& log &

geogrid.exe、ungrib.exe、metgrid.exeの3つが出力されていればコンパイル完了。

ARWpost 2.1

WRFで出力されたファイルをGrADSで可視化する。この出力がうまくいけば、一通りの解析とその表示が可能になる。WRF Downloadの「WRF Post-Processing Software」からARWpostをダウンロードする。これはWRF2GrADSの後継となる。解凍後、ディレクトリへ移動。

$ cd ~/WRF
$ tar zxvf /tmp/ARWpost.tar.gz
$ cd ARWpost

arch/configure.defaultsの該当個所を修正。変更点のみ記載する。

$ vi arch/configure.defaults

// ---------------- Edit lines: 110-120 ----------------
FFLAGS          =       -FR
F77FLAGS        =       -FI

CC              =       icc

CPP             =       fpp -C -P -free

configureで設定。設定モードは3を選択する。設定後、コンパイルを実行。

$ ./configure
$ ./compile >& log &

ARWpost.exeが出力されていればコンパイル完了。

WRF/WPSの使用

WPS with GUI

WPSの設定をテキストファイルのみで行うのは実用的ではないので、DomainWizardというWPS用GUIを用いて設定を行う。DomainWizardはJavaを利用しているので、当然Javaがインストールされていなければならない。FedoraではOpenOffice.orgが自動インストールされており（初期インストール設定による）、OpenOffice.orgに付属のJava Runtime Environmentで問題はない。インストールされていなければ、yumでインストールするか、OpenOffice.orgのサイトから該当圧縮ファイルをダウンロードしインストールすること。

WPSを使うにはFNLデータを必要とする。WRF Downloadにある「WRF Preprocessing System test data」をダウンロードし、適当なディレクトリを作成して解凍。

$ cd ~/WRF
$ mkdir Domains
$ mkdir FNL/sample
$ tar zxvf /tmp/avn_data.tar.gz -C FNL/sample

ここではテスト用として配布されているFNLデータを用いるが、UCARのサイトで配布されているNCEP FNL Operational Model Global Tropospheric Analysesから実用的なFNLデータをダウンロードできる。ダウンロードにはユーザ登録が必要である。

GUIで設定するために、WRF Portalを使う。WRF Portalのページ中程にあるリンクからダウンロードが可能である。wrf-potral.zipをダウンロード後、解凍。展開されたファイルを実行する。

$ mkdir -p Portal/user
$ unzip /tmp/wrf-portal.zip -d Portal
$ cd ~/WRF/Portal
$ sh runWRFPortal

JavaによるGUIが起動する。

Portalの設定を行う。Computerに適当な名前を入力し、Saveで保存。

Portalのユーザ情報を入力。Default Output DirectoryにWRF/Portal/userを入力。Local Temp Directoryに/tmpを入力。

Launch WRF Domain Wizardで、WPSのGUIツールを起動。

ディレクトリの初期設定を行う。

ドメインの設定を行う。新しく作る場合はNew Domainを選択し、Nextボタンをクリック。

ドメインの名前と説明の設定は適当。ここではName/Descriptionともにsampleと入力する。

ドメインを指定する世界地図が表示される。地図サイズが大きすぎる場合は、右上のMap設定からScale: 100%とする。テストのため、マウスを用いて日本の九州地方付近を短形で囲む。Projection OptionsでType: Lambert Conformalを選択し、ActionsでUpdate Mapを行う。すると、短形選択付近の地図だけが抜き出された形で表示される。Grid Optionsを次のように指定する。

• Horizontal dimension X: 100
• Horizontal dimension Y: 100
• Grid point distance (km): 10
• Gegraphic data resolution: 30s

右上のNestタブをクリックし、Nested Domain PropertiesからNewをクリック。New Nestの設定を次のように指定する。

• Parent ID: 1
• Grid spacing ratio to parent: 5
• Geographic data resolution: 30s
• (LLI) Left: 30
• (URI) Right: 70
• (URJ) Top: 70
• (LLJ) Bottom: 30

設定が終わったらOKをクリックし、第2ネストが表示されることを確認する。

namelist.inputの設定を行う。GUI EditorとText Editorの二つをタブで切り替えて編集できる。追加行についてはText Editorで追加できる。以下、namelist.inputの例。編集した部分を赤で記載している。DomainWizard側が自動で編集している部分もあるので、GUI Editorでの表示をよく読んで書き換えること。

&time_control
run_days                 = 0,
run_hours                = 12,
run_minutes              = 0,
run_seconds              = 0,
start_year               = 2000,     2000,
start_month              = 01,       01,
start_day                = 24,       24,
start_hour               = 12,       12,
start_minute             = 00,       00,
start_second             = 00,       00,
end_year                 = 2000,     2000,
end_month                = 01,       01,
end_day                  = 25,       25,
end_hour                 = 00,       00,
end_minute               = 00,       00,
end_second               = 00,       00,
interval_seconds         = 21600,
input_from_file          = .true.,   .true.,
history_interval         = 180,       60,
frames_per_outfile       = 1,        1,
restart                  = .false.,
restart_interval         = 5000,
io_form_history          = 2,
io_form_restart          = 2,
io_form_input            = 2,
io_form_boundary         = 2,
debug_level              = 0,
/

&domains
time_step                = 60,
time_step_fract_num      = 0,
time_step_fract_den      = 1,
max_dom                  = 2,
s_we                     = 1,        1,
e_we                     = 100,      201,
s_sn                     = 1,        1,
e_sn                     = 100,      201,
s_vert                   = 1,        1,
e_vert                   = 28,       28,
num_metgrid_levels       = 27,
num_metgrid_soil_levels  = 2,
dx                       = 10000,     2000,
dy                       = 10000,     2000,
grid_id                  = 1,        2,
parent_id                = 1,        1,
i_parent_start           = 1,       30,
j_parent_start           = 1,       30,
parent_grid_ratio        = 1,        5,
parent_time_step_ratio   = 1,        5,
feedback                 = 1,
smooth_option            = 0,
/

&physics
mp_physics               = 3,        3,
ra_lw_physics            = 1,        1,
ra_sw_physics            = 1,        1,
radt                     = 30,       30,
sf_sfclay_physics        = 2,        2,
sf_surface_physics       = 2,        2,
bl_pbl_physics           = 2,        2,
bldt                     = 0,        0,
cu_physics               = 1,        0,
cudt                     = 10,       10,
isfflx                   = 1,
ifsnow                   = 0,
icloud                   = 1,
surface_input_source     = 1,
num_soil_layers          = 4,
sf_urban_physics         = 0,
mp_zero_out              = 2,
mp_zero_out_thresh       = 1.e-8,
maxiens                  = 1,
maxens                   = 3,
maxens2                  = 3,
maxens3                  = 16,
ensdim                   = 144,
/

&fdda
/

&dynamics
w_damping                = 0,
diff_opt                 = 0,
km_opt                   = 1,
base_temp                = 290.,
damp_opt                 = 0,
zdamp                    = 5000.,    5000.,
dampcoef                 = 0.01,     0.01,
khdif                    = 0,        0,
kvdif                    = 0,        0,
smdiv                    = 0.1,      0.1,
emdiv                    = 0.01,     0.01,
epssm                    = 0.1,      0.1,
time_step_sound          = 4,        4,
h_mom_adv_order          = 5,        5,
v_mom_adv_order          = 3,        3,
h_sca_adv_order          = 3,        5,
v_sca_adv_order          = 2,        3,
non_hydrostatic          = .true.,   .true.,
pd_moist                 = .true.,   .true.,
pd_scalar                = .true.,   .true.,
pd_chem                  = .true.,   .true.,
pd_tke                   = .true.,   .true.,
/

&bdy_control
spec_bdy_width           = 5,
spec_zone                = 1,
relax_zone               = 4,
specified                = .true.,  .false.,
periodic_x               = .false.,  .false.,
symmetric_xs             = .false.,  .false.,
symmetric_xe             = .false.,  .false.,
open_xs                  = .false.,  .false.,
open_xe                  = .false.,  .false.,
periodic_y               = .false.,  .false.,
symmetric_ys             = .false.,  .false.,
symmetric_ye             = .false.,  .false.,
open_ys                  = .false.,  .false.,
open_ye                  = .false.,  .false.,
nested                   = .false.,   .true.,
/

&grib2
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group      = 0,
nio_groups               = 1,
/

&dti_control
/

編集が終わったらNextボタンをクリック。

WPSを実際に実行するプロセスに入る。Grib Table NameはVtable.GFSを選択し、Grib Files DirはFNLデータを置いたディレクトリを指定。Grib FilesでサンプルのFNLデータを全て加える。開始時間と終了時間は、2000-01-24-12:00:00から2000-01-25-00:00:00で、時間間隔は6(hr)である。指定したら、右のRun Preprocessorsからgeogrid、ungrib、metgridの順にクリックする。全てが成功したら、Nextボタンをクリック。

生成されたファイルの確認画面。初めは初期化に時間を要する。geo_em.*.ncが2つ、met_em.*.ncが6つ生成されていることを確認したら、Exitボタンを押して終了。

WRF Domain Wizardが終了したら、Portalもそのまま閉じる。

WRF

DomainWizardで生成したnamelist.input及びncファイルをWRFV3/test/em_realディレクトリ下に置く。

$ cd ~/WRF/Domains/sample
$ mv namelist.input geo_em.*.nc met_em.*.nc ~/WRF/WRFV3/test/em_real
$ cd ~/WRF/WRFV3/test/em_real

設定が完了したら、初期値・境界値データを作成する。Fedoraではスタックサイズに10240KB制限があるので、real.exeを実行する前にスタックサイズを無制限にしておく。

$ ulimit -s unlimited
$ ./real.exe

初期値・境界値データがwrfbdy、wrfinputというファイルで作成される。この後、wrf.exeを実行してシミュレーションを行う。

$ ulimit -s unlimited
$ ./wrf.exe

WRFの実行は非常に時間がかかる。CPUプロセスに余裕をもてる時に実行するのが望ましい。計算範囲やタイムステップによって実行時間は大きく変化する。シミュレーションが終了すると、wrfoutファイルが作成される。

ARWpost

WRFで作成されたファイルはNetCDFのファイル形式をとっている。この出力ファイルをGrADSで表示できるように変換する。WRFで作成したファイルをARWpostディレクトリに移動する。

$ cd ~/WRF/ARWpost
$ mv ~/WRF/WRFV3/test/em_real/wrfout* .

GrADS変換プログラムを走らせるために、namelist.ARWpostを編集する。

&datetime
 start_date = '2000-01-24_12:00:00',
 end_date   = '2000-01-25_00:00:00',
 interval_seconds = 3600,
 tacc = 0,
 debug_level = 0,
/

&io
 io_form_input  = 2,
 input_root_name = './wrfout_d02'
 output_root_name = './sample'
 plot = 'all_list'
 fields = 'height,pressure,tk,tc'
 output_type = 'grads'
 mercator_defs = .true.
 split_output = .true.
 frames_per_outfile = 1
/

&interp
 interp_method = 0,
 interp_levels = 1000.,950.,900.,850.,800.,750.,700.,650.,600.,550.,500.,450.,400.,350.,300.,250.,200.,150.,100.,
/

編集が終了したら、変換プログラムを走らせる。

$ ./ARWpost.exe

出力が完了すると、GrADS形式のsample.ctlとsample.datが作成される。ctlファイルを修正。

$ vi sample.ctl

// ---------------- Edit line: 3 ----------------
options template

GrADSを起動し、出力を確認する。

$ grads
ga-> open sample.ctl
ga-> q file
ga-> d tk
ga-> c
ga-> d skip(u10,20,20);v10

設定通りに行うと、以下のような画像が出力される。

参考情報：使用しなくなったソフトウェア

Jasper 1.900.1

g2clibのインストールにはjasper(JPEG-2000)が必須となるが、jasper、jasper-develともにVine Linuxではaptから入手できる。しかし、ソースファイル中にtmpnam関数を使用している箇所があり、これはmkstemp関数を使うよう推奨されている。このため、jasperをインストールする際にはこの修正を行ってからインストールする必要がある。aptでjasperのソースを入手する。

# apt-get source jasper

apt-getのsourceオプションでダウンロードするのはSRPMというソース用RPMである。これを通常のRPMのようにインストールすると、RPMルート以下にソースファイルが展開される。SRPMインストール後は元のファイルを削除しても構わない。現時点でのバージョンは1.900.1-0vl2.1である。

# rpm -ivh jasper-1.900.1-0vl2.1.src.rpm
# rm -f jasper-1.900.1-0vl2.1.src.rpm

RPMルートに該当するディレクトリに移動する。RPMルートは環境によってに変化するが、概ね次の二つのどちらかである。

# cd /usr/src/{OS名}/SOURCES
// または、
# cd /root/rpm/SOURCES

ソースファイルを確認し、該当ソースの含まれるzipファイルを解凍。

# unzip jasper-1.900.1.zip
# cd jasper-1.900.1

該当箇所を修正。

# vi src/libjasper/base/jas_stream.c

// ---------------- line: 368 ----------------
mkstemp(obj->pathname);        // tmpnam関数をmkstemp関数へリネーム

zipで圧縮し直し、rpmにまとめる。

# cd ../
# rm -f jasper-1.900.1.zip
# zip -r9 jasper-1.900.1.zip jasper-1.900.1/
# cd ../SPECS
# rpmbuild -bb jasper.spec

作成されたrpmを、デベロッパも一緒にインストール。

# cd ../RPMS/i386
# rpm -ivh jasper-*.rpm

NCL/NCARG 5.0.0

NCARGはNCAR Graphics、NCLはNCAR Command Languageの略。ダウンロード、インストールともにNCLのページに統合されたため、NCARGをダウンロード、インストールだけでも以下のユーザー登録が必要となる。EarthSystem Gridにアクセスし、「Scientific Data Processing and Visualization Software」→「NCAR Command Language (NCL)」→「NCL 5.0.0 Release」→「NCL 5.0.0 source code」の順にアクセスする。ログイン画面が現れるので、IDとパスワードを入力する。

新規ユーザーの場合：

1. 「request」をクリックして新アカウントを作成する。
2. アカウント申請ページでは「ESG Contact Person:」以外の全項目に記入。「Request」をクリック。
3. websiteから申請確認メールが届く。メールの指示に従い、メール内のURLにアクセス。
4. 登録完了までしばらく待つ（一晩ほどかかる）。登録完了メールが来たらメールの指示に従う。
5. ログインページにてIDとパスワードを入力。ログインページ下の「I Accept」をクリック。

「NCL/NCAR Graphics 5.0.0 source code」をクリックし、ファイルをダウンロードする。ダウンロードしたファイルは/tmpに移動して、解凍する。

まず、HDFインクルードファイルにあったncursesがインストールされている必要がある。

# apt-get install ncurses ncurses-devel

解凍後、ソースディレクトリに移る。

# cd /tmp
# tar zxvf ncl_ncarg-5.0.0.src.tar.gz
# cd ncl_ncarg-5.0.0

インストールファイルを修正する必要があるので、適宜修正。

### ./ncarview/src/lib/libncarg_ras/hdf.c line:67-69
#include <hdf.h>
#include <df.h>
#include <dfgr.h>

### ./ni/src/ncl/NclHDF.c line:26-27
#include <netcdf.h> (順番を入れ替える)
#include <hdf.h>

### HDF-EOS使用時
### ./ni/src/ncl/NclHDFEOS.c line:26-27
#include <netcdf.h>（順番を入れ替える）
#include <hdf.h>

### ./ni/src/lib/hlu/CnTriMeshRenderer.c line:33-34
#ifdef BuildTRIANGLE
#define REAL double
#include <ncarg/hlu/triangle.h>
#endif

公式サイトのトラブルシューティングから、修正されたwrapit.cをダウンロードして新しいファイルに入れ替える。

# cp /tmp/wrapit.c ./ni/src/mkwrap
# touch ./ni/src/mkwrap/wrapit.c

./config/LINUX.INTELのFortranコマンドifcは古いコマンド名。現在のifortに修正しておく。ライブラリのパスに各種のlib、includeを追加。修正後、LINUXファイルにコピー。

### ./config/LINUX.INTEL line:29-34
#define CppCommand 'ifort -E -free'
#define CCompiler   icc -mp
#define FCompiler   ifort -mp -Vaxlib
#define CtoFLibraries   "-L/opt/intel/fc/10.1.015/lib" -lCEPCF90 -lF90 -lcxa -lifcore -lcprts -lm
#define CcOptions      -ansi -w -lpng -lsz
#define FcOptions      -cm -w

### ./config/LINUX.INTEL line:38-39
#define ArchRecLibSearch    -L/usr/X11R6/lib -L/usr/local/netcdf-3.6.2/lib -L/usr/local/hdf-4.2r3/lib -L/usr/local/udunits-1.12.4/lib -L/usr/local/g2clib-1.0.5
#define ArchRecIncSearch    -I/usr/X11R6/include -I/usr/local/netcdf-3.6.2/include -I/usr/local/hdf-4.2r3/include -I/usr/local/udunits-1.12.4/include -I/usr/local/g2clib-1.0.5

# cp ./config/LINUX.INTEL ./config/LINUX

インストール先ディレクトリを作成後、設定用スクリプトを実行する。各種オプションは無論インストール済みのプログラム（HDF/Udunits/G2clib）のみを選択する。インストール先ディレクトリ指定は/usr/local/ncl_ncarg-5.0.0とする。設定後、コンパイル実行。

# mkdir -p /usr/local/ncl_ncarg-5.0.0
# ./Configure
# make Everything >& make-output & tail -f make-output

次に高解像度海岸線データをインストールする。Rainer Feistelにアクセスし、ページ中程にあるrangs*.zip、gshhs*.zipを全てダウンロードする。インストール先ディレクトリを作成し、インストール。

# mkdir /usr/local/ncl_ncarg-5.0.0/rangs
# cd /tmp
# for i in 0 1 2 3 4; 
> do unzip rangs($i).zip;
> unzip gshhs($i).zip; 
> done; 
> mv *.rim *.cat *.cel /usr/local/ncl_ncarg-5.0.0/rangs

インストール後、環境設定を行う。

### ~/.bashrc

### NCL/NCARG
export NCARG="/usr/local/ncl_ncarg-5.0.0"
export NCARG_ROOT="${NCARG}"
export NCARG_BIN="${NCARG}/bin"
export NCARG_LIB="${NCARG}/lib"
export NCARG_INCLUDE="${NCARG}/include"
export NCARG_RANGS="${NCARG}/rangs"
export NCLCOMMAND="${NCARG}/bin/idt"
export NCL_COMMAND="${NCARG}/bin/ncl"
export PATH="${NCARG}/bin:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="${NCARG}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
export MANPATH="${NCARG}/man:${MANPATH}"

設定後、設定を有効にする。

# . ~/.bashrc

WRFSI

※ WRF Version2.2からWRFSIの代わりにWPSが前処理プログラムとして使われるようになっている。

WRFSIは次にインストールするWRFの初期化処理プログラム（Standard Initialization：SI）である。WRFSIからダウンロードする。研究開発用のARW型と、現業用のNMM型があるが、ここではARWを選択。また、ダウンロードページから地理データ（Geog Data）にアクセスするスクリプトファイルもダウンロードしておく。

WRFSIはPerl-Tkを使ってGUIを提供している。2006年10月現在のVine Linux 3.2の場合、このPerl-Tkのバージョンは804.026であるが、このバージョンではGUIがうまく動かない。バージョン800.025が必要になる。このバージョンのPerl-Tkがあればアンインストールしておき、独自にPerl-Tkをインストールする。SourceForge.netから該当バージョンのソースファイルをダウンロード。解凍し、ディレクトリへ移動する。

# apt-get remove perl-Tk
# cd /tmp
# tar jxvf perl-Tk-800.025-2-src.tar.bz2
# tar jxvf Tk-800.025.tar.bz2
# cd Tk-800.025

MakefileをPerlスクリプトで作成し、インストールする。インストール先は/usr/local/perl-Tk-800.025とする。作成したMakefileを一部修正してインストール。このときはインストールにgccを使うので、初期設定のままでよい。

# perl Makefile.PL

### Makefile
PREFIX = /usr/local/perl-Tk-800.025
PERLPREFIX = /usr/local/perl-Tk-800.025
SITEPREFIX = /usr/local/perl-Tk-800.025
VENDORPREFIX = /usr/local/perl-Tk-800.025

# mkdir /usr/local/perl-Tk-800.025
# make
# make test
# make install

これらが完了したら、パスを通すためのシンボリックリンクを作成する。その後、テストがうまくいったら完了。

# cd /usr/local/lib
# rm -rf site_perl
# ln -s /usr/local/perl-Tk-800.025/lib/perl5/site_perl
# perl -e 'use Tk; print "	o This is Perl/Tk, version $Tk::VERSION installed in library $Tk::library
"'

WRFSIはユーザ権限でインストールする。インストール先はホームディレクトリ直下にWRFディレクトリを作成し、その中とする。解凍し、ディレクトリへ移動。

$ cd ~
$ mkdir WRF
$ cd WRF
$ tar zxvf /tmp/wrfsi_v2.1.2.tar.gz
$ cd wrfsi

WRFSIのコンパイルにはNetCDFのインストールが必須であり、同じコンパイラでコンパイルする必要がある。もしコンパイルが上手く通らない場合は、ちゃんとNetCDFのインストールが同じコンパイラで成功しているかどうか確認すること。ここではicc/ifortを一貫して使っているので問題はないと思うが。

ソースファイルの記述を修正する。./src/include/makefile_pcintel.inc.inの該当箇所を確認し、修正。

### ./src/include/makefile_pcintel.inc.in
CC = icc
NCARGFC = /usr/local/ncarg-4.4.1/bin/ncargf77    # PATHは適宜変更
CPP =  ifort -E -free
CPPFLAGS = $(INC) $(DEFS)

また、このバージョンではhinterp.exeのコンパイルエラー問題がある。hinterp.exeをコンパイルする際に、「undefined reference to nc*...（nc*関数が定義 されていない）」という一見してNetCDFのインクルードがうまくいっていないように思えるエラーが発生する。これはNetCDFの問題ではなく、hinterpのMakefileにバグが存在するためである。以下に修正用のMakefileを記述しているので、これをsrc/hinterp/Makefileと差し替えること。

参考：

• http://tornado.meso.com/wrf_forum/index.php?showtopic=694
• http://cfa-www.harvard.edu/~tkurosu/OnE/WRF/index.html

#dis   
#dis    Open Source License/Disclaimer, Forecast Systems Laboratory
#dis    NOAA/OAR/FSL, 325 Broadway Boulder, CO 80305
#dis    
#dis    This software is distributed under the Open Source Definition,
#dis    which may be found at http://www.opensource.org/osd.html.
#dis    
#dis    In particular, redistribution and use in source and binary forms,
#dis    with or without modification, are permitted provided that the
#dis    following conditions are met:
#dis    
#dis    - Redistributions of source code must retain this notice, this
#dis    list of conditions and the following disclaimer.
#dis    
#dis    - Redistributions in binary form must provide access to this
#dis    notice, this list of conditions and the following disclaimer, and
#dis    the underlying source code.
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#dis    software, the FSL Software Policy Manager
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#dis    NO RESPONSIBILITY (1) FOR THE USE OF THE SOFTWARE AND
#dis    DOCUMENTATION; OR (2) TO PROVIDE TECHNICAL SUPPORT TO USERS.
#dis   

SRCROOT=../..

include $(SRCROOT)/src/include/makefile.inc

RM=rm -f 

.SUFFIXES:              .F .o

.F.o: $(FOBJS)
	$(RM) $@
	$(FC) -c $(FFLAGS) $(FREE) $(INC) $(MODULELIB) $(LAPSLIB) -c $< -o $@

EXE=	hinterp.exe

FSRC= 	hinterp.F 
        module_domain_info.F 
        module_gridded_data.F 
        module_hinterp_setup.F 
        module_hinterp_gribprep.F 
        proc_make_variable_metadata.F 
        proc_output_variable.F 
        proc_store_global_metadata.F 
        wrf_debug.F

FOBJS=$(FSRC:.F=.o)

all:		$(EXE)

$(EXE):		$(FOBJS)
		$(FC) -o $(EXE) $(LDFLAGS) $(FOBJS) $(LAPSLIB) $(MODULELIB) $(IOAPI) 
                $(OTHERLIBS)

hinterp.o:	module_hinterp_setup.o module_domain_info.o module_gridded_data.o 
		module_hinterp_gribprep.o wrf_debug.o

module_domain_info.o:	module_hinterp_setup.o

module_hinterp_gribprep.o:	module_hinterp_setup.o module_domain_info.o 
				module_gridded_data.o

proc_output_variable.o:	module_hinterp_setup.o module_gridded_data.o

proc_store_global_metadata.o:	module_hinterp_setup.o

debug:
	($(RM) *.o *.exe *.mod *.M ; $(MAKE) $(EXE) 	
	"MODULELIB  	=	$(MODULELIBDEBUG)" 	
	"FFLAGS	=	$(DBFLAGS)" 	)

clean:
		$(RM) $(FOBJS) $(EXE) *.o *.mod *.M core

install:	$(EXE) 
		$(INSTALL) $(EXE) $(INSTALLROOT)/bin/$(EXE)

修正が完了したら、コンパイルを実行する。

$ ./install_wrfsi.pl --machine=pcintel --install_ui=y

次に地理データをインストールする。「SI Geographical Data」を取得する。wgetを用いたダウンロードスクリプトがあるのでこれを使用する。ファイアーウォールでwgetが成功しない場合は、--passive-ftpオプションをスクリプト中のwgetに追加する。

$ cd ~/WRF
$ sh /tmp/wget_geog.shx
$ mv geog GEOG
$ cd wrfsi/extdata
$ rm -rf GEOG
$ ln -s ../../GEOG

これで./wrf_toolsでWRFSIを実行できるが、Vine Linux 3.2ではスタックサイズが8192KBに制限されており、この制限にひっかかってLocalizationに失敗してしまう。ログを見ると、Signal 11を吐いて強制終了していることが分かる。

### wrf_tools
ERROR: 65280 Command /usr/bin/perl (...)/localize_domain.pl

### localize_domain.log
ERROR: (...)/gridgen_model.exe ran with signal 11

このエラーを回避するためには、スタックサイズを無制限にしてツールを実行する必要がある。次のコマンドを用いる。

$ ulimit -s unlimited
$ ./wrf_tools

WRF2GrADS 2.0

WRFで出力されたファイルをGrADSで可視化する。この出力がうまくいけば、一通りの解析とその表示が可能になる。WRF Downloadの「WRF Post-Processing Software」から「Convert WRF model output in netCDF to GrADS format」にアクセスし、WRF2GrADSをダウンロードする。解凍後、ディレクトリへ移動。

$ cd ~/WRF
$ tar zxvf /tmp/wrf2grads.tar.gz
$ cd WRF2GrADS

インストールの設定を行う。Makefileの「linux flag (INTEL)」の箇所を修正。コメントアウトを解除し、ライブラリファイル、インクルードファイルへのパスを修正する。CPPやフラグも修正しておく。

$ vi Makefile

// ---------------- Edit lines: 29-34 ----------------
LIBNETCDF = -L/usr/local/netcdf-3.6.3/lib -lnetcdf -lm
INCLUDE = -I/usr/local/netcdf-3.6.3/include -I./
FC = ifort
FCFLAGS = -C -FR
CPP = ifort -E -free
CPPFLAGS = -I. -C -DRECL1

また、このままコンパイルすると「forrtl: severe (193): Run-Time Check Failure. The variable 'module_wrf_to_grads_util_mp_time_calc_$HOUR1' is being used without being defined」という実行時エラーを起こす。これは初期化されていない変数を使用しているというエラー。詳細は「インテル(R) Visual Fortran コンパイラー 9.1 Windows* 版 リリースノート」の変更点のうちの該当箇所を参照（Linux版のリリースノートでは9.0、9.1ともにそのような変更点は記載されていない）。これを回避するために、module_wrf_to_grads_util.Fの1066-1068行目を修正する。

$ vi module_wrf_to_grads_util.F

// ---------------- Edit lines: 1066-1068 ----------------
// rewrite
hour1=hours
mins1=minutes
elseif ( it == 2) then
// to
elseif ( it == 2) then
hour1=hours
mins1=minutes

アルゴリズムやインデントの状態を考慮すると、書き順ミスによる単純なバグ？のようである。

修正が終わったらコンパイルを実行しても良いが、他のソースファイルまで実行可能になっているので色分けをしているときに見づらくなる。属性を変更してからコンパイル。

$ chmod 644 *
$ make

wrf_to_grads実行ファイルが作成されていればコンパイル終了。